使用Trimmomatic对NGS数据进行质量过滤

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Trimmomatic 软件可以对NGS测序数据进行质量过滤，其去除adapter的功能只是针对illumina的序列，从reads的3’端识别adapter序列并去除，相比cutadapt，少了几分灵活性。但是在过滤低质量序列时，采用了滑动窗口的算法，给定窗口长度和步长，如果该窗口内所有碱基的平均质量值低于阈值，则将该窗口及其以后的碱基全部去除。对于数据量很多的reads, 滑动窗口算法比cutadapt的算法运行速度更快。官网如下

http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic

该软件采用java语言开发，直接下载打包好的jar文件即可。最新版本为v0.38, 官网提供了二进制文件的压缩包，如下所示

下载后，解压缩即可。该软件可以对序列执行以下几种操作

1. 去除adapter序列

在去除adapter时，需要指定一个fasta格式的文件，里面是对应的adapter序列。软件内置了几种常见的illumina adapter 序列文件，详细列表如下

1. NexteraP