circos 可视化手册-ideogram 篇

circos 主要用于展示染色体上的相关数据，根据在染色上的位置进行不同方式的可视化。

首先我们需要一个染色体的位置文件。在circos中，染色体的位置保存在一个文件当中，通过karyotype参数进行设置，比如

染色体的位置保存在文件karyotype.human.txt中，部分内容如下：

采用\t分隔，共7列内容。前两列内容是规定的，都是chr\t-,表示这部分内容是定义染色体相关信息的，第3列是染色体的ID, ID必须是唯一的，用于区分不同的染色体，第四列代表染色体的名字，这个名字会显示在最终生成的图片中；第五列和第六列分别代表起始位置和终止位置，这里的长度都是染色体的总长度，最后一列代表的是染色体的颜色，只不过采用了chr前缀来表示颜色，注意不要和染色体的ID和name 搞混淆了。

在circos中，内置了许多的颜色，相关的配置保存在软件安装目录的etc/colors.conf文件中，其中etc/colors.ucsc.conf文件中采用RGB标准，定义了chr的各种颜色值。