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lncRNASNP数据库收集整理了人和小鼠中位于lncRNA基因上的SNP位点信息,通过以下两种思路将lncRNA与SNP结合起来
探究SNP位点对于lncRNA结构的影响
分析SNP位点对于lncRNA与miRNA结合的影响
除此之外,还提供了lncRNA,SNP在TCGA数据库中的相关信息,比如lncRNA在各种肿瘤中的表达谱,SNP位点在各种疾病中的突变情况。该数据库的网址如下
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP2
对于一个lncRNA, 包含了以下几种信息
1. 基本信息
2. 位于lncRNA上的SNP位点
包含以下3种来源的SNP位点
dbsnp
TCGA
Cosmic
以dbsnp
数据库为例,结果示意如下
3. lncRNA相关疾病
包含lncDisease
数据库中提供的实验证据支持的相关疾病和使用TAM
软件预测的信息,示意如下