文献阅读-Pan-Cancer Analysis of lncRNA Regulation Supports Their Targeting of Cancer Genes in Each Tumor

Pan-Cancer Analysis of lncRNA Regulation Supports Their Targeting of Cancer Genes in Each Tumor Context

文献阅读记录(LncRNA 与其靶向的mRNA，通过mRNA的GSEA过程，间接的推断LncRNA的生物学过程)

在本文中，研究人员通过对5185个TCGA肿瘤和1019个ENCODE肿瘤样本进行分析，结果发现在多种肿瘤(14个肿瘤里)有很多LncRNA的体细胞突变非常显著，尽管大多数的LncRNA在肿瘤里的突变具有特异性，按时对于大多数的LncRNA来说，它们在肿瘤里突变具有协同性。

在引言部分，研究者提出了一个重要的问题，即在目前所研究的LncRNA中，那么有多少LncRNA在肿瘤的发生发展中起作用呢? (在此，基于这个想法，这些LncRNA又是如何发挥这些功能的呢?是通过它们自身的转录本呢?还是另外通过它们编码产生的小肽发挥生物学功能?)

这篇文章的Figure 的大致思路是，首先作者总结了LncRNA的常见的生物学功能，主要是从几个不同的方面来讲LncRNA激活或者是抑制转录，接着用具体的lncRNA在肿瘤里的高表达和地表达(分别选取乳腺癌样品中最高25%的高表达和最低25%低表达)作为高表达和低表达，检测检测PIK3R和TCF4以及ZEB1几种效应癌基因的距离相关性，认为相关性高，则是LncRNA起到了激活作用。对于FOXA1以及FOXP1和PTEN 等几种效应基因的表达被LncRNA-OIP5-AS1抑制。

接着作者利用自己构建的模型—即用LncRNA的表达量以及拷贝数的改变来预测靶基因的表达水平。在这里，作者选择的靶基因包括4类，主要是TF和RBP和miRNA还有和常见的潜在的癌症基因。至于他文章里说的lncCN/ExP feature这些特征暂时还没有看太懂，他是用什么来表征的?