玩转基因组浏览器之IGV进行序列比对

欢迎关注”生信修炼手册”!

除了动态的查看基因组学数据,IGV还内置了以下两个工具

  1. Blat

  2. Motif finder

前者用于序列比对,后者用于motif的查找,本文的重点是介绍如何用IGV来进行序列比对。

IGV通过调用UCSC的Blat软件来实现序列比对, 软件对应的网址如下

https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start

在IGV中,通过工具栏的Tools->BLAT菜单,可以自定义输入查询序列

直接在该输入框中粘贴查询序列的碱基即可,序列比对完成后,会弹出如下所示的结果框

鼠标左键选中每一行,可以在基因组浏览器中展示比对结果,示意如下

会有一个名为Blat的track, 显示查询序列的比对位置。除了上述用法外,IGV还有很多种序列比对的方式,比如对bam文件中的reads进行比对,对基因结构中的某个特征,exon,intron进行比对等等,详细的描述请参考以下链接

http://software.broadinstitute.org/software/igv/BLAT

·end·

—如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

  • 0
    点赞
  • 6
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值