TimeTree网站-生信工具37

TimeTree网站简介
 

https://timetree.org/   #官网

TimeTree 是一个免费的在线工具和数据库，主要用于 推断物种的分化时间（即物种在进化树上的分歧时间）。该网站通过汇总和整合大量已发表的分子时间尺度数据，为生物学家、进化生物学家以及教育工作者提供一个 用户友好 的平台，帮助研究和理解不同物种之间的进化历史及时间关系。

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主要功能

        1 物种分化时间查询 用户可以查询两个或多个物种的共同祖先的分化时间。通过输入物种名称，TimeTree 会提供一个估算的分化时间，并列出数据来源（参考文献）。

        2 进化时间树可视化 TimeTree 可以生成物种间的进化树，树上标注了分化时间点，帮助用户直观地了解物种分化历史。

        3 时间尺度数据库 TimeTree 包含大量已发表的分子时钟数据，涵盖各类物种（从细菌到植物和动物），包括最新的分子生物学和系统发育研究数据。

        4 可下载数据和文献支持 提供详细的参考文献列表、原始数据和相关统计信息，便于进一步深入分析。

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应用领域

1. 进化生物学研究

• 分化时间估算：研究不同物种、基因或谱系之间的分化时间，理解物种起源与进化历程。

• 系统发育分析：构建时间校正的系统发育树，用于进化分析。

2. 生物多样性研究

• 探索物种多样性起源和演化的时间框架，例如植物、昆虫、哺乳动物等物种的分歧时间。

• 研究物种分化与环境变化、地质历史事件的相关性。

3. 比较基因组学

• 比较不同物种的基因组，推测基因的保守性与适应性进化的时间窗口。

• 研究基因家族的分化历史与功能演化。

4. 宏观生态学与气候变化

• 研究气候、地理变迁与物种分化之间的关系，理解生物多样性的形成与适应过程。

• 分析古环境变化对物种扩散与分化的影响。

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使用步骤示例

1. 访问TimeTree网站： 打开 timetree.org。

2. 输入物种名称：

   • 在搜索框中输入两个或多个物种名称（例如：Homo sapiens 和 Pan troglodytes）。

   • 点击查询按钮。

3. 查看结果：

   • 网站会生成一个物种分化的时间图（如时间树或分歧时间点）。

   • 提供分化时间的估算值及其统计信息，并列出相关参考文献。

4. 导出结果：

   • 可以下载进化树图表和数据用于进一步分析。

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特点总结

• 全面的数据来源：基于大量经过同行评审的分子生物学研究结果。

• 直观的可视化：用户友好的界面与图形输出。

• 科学参考支持：提供详细的文献出处，方便验证与深入学习。

• 跨学科应用：适用于进化生物学、生态学、基因组学等多个领域。

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通过TimeTree，研究者和学生可以快速、高效地了解物种之间的分化时间，从而更好地揭示生命演化的历史及规律。这使它成为进化生物学领域的一个不可或缺的工具。