GROMACS-笔记

Note from> http://jerkwin.github.io/GMX/GMXtut-1/

1、生成拓扑

>gmx_mpi pdb2gmx -f pro2.pdb -o pro2.gro -water TIP3P

>5

2、检查拓扑

3、定义单位盒子并填充溶剂

>gmx_mpi editconf -f pro2.gro -o pro2_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic

> gmx_mpi solvate -cp pro2_newbox.gro -cs spc216.gro -o pro2_solv.gro -p topol.top

4、添加离子

>gmx_mpi grompp -f ions.mdp -c pro2_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr

>gmx_mpi genion -s ions.tpr -o pro2_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 0  #没添加

5、能量最小化

> gmx_mpi grompp -f minim.mdp -c pro2_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr

> mpirun -n 32 gmx_mpi mdrun -deffnm em &

6、NVT平衡

>gmx_mpi grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr

> mpirun -n 32 gmx_mpi mdrun -deffnm nvt &

7、NPT平衡

> gmx_mpi grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr

> mpirun -n 32 gmx_mpi mdrun -deffnm npt &

8、成品MD

> gmx_mpi grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr

> mpirun -n 32 gmx_mpi mdrun -deffnm md_0_1 &