总是有小伙伴在学我们的单细胞代码教程(少走点单细胞的弯路)时深感头疼，密密麻麻的代码、繁琐的流程、巨大的数据量，这些都是劝退大家的门槛。这对这一现象，Biomamba联合寻因生物发布了科研利器——SeekSoul Online单细胞云平台及对应的《2周教你学会单细胞生信全套分析》课程，准备好零代码发单细胞文章吧！
课程链接：点击跳转
云平台访问链接：https://seeksoul.online/t_static/Biomamba/Biomamba.html
注册页面：
云平台使用视频教程可参考：单细胞云平台教程全收录
体验反馈问卷链接：https://www.wjx.cn/vm/QIX0xRI.aspx#
各位同学需要联系您的专属在线客服，获取demo数据后，进行操作学习。（点击此处跳转）
图文教程
一、资源总览
登录云平台后会进入「资源总览」，该界面主要包含四部分内容：
1、《我的项目》：创建项目及单细胞分析流程，可进行「细胞注释」及单细胞相关图片绘制。
2、《我的数据》：样本信息，包括标准分析及用户上传的样本信息。
3、《我的数据库》：查看已收集的公共数据库，用户也可以自定义数据库用于后续「差异富集」分析。
4、《我的基因集》：查看已收集的注释细胞类型及其marker，用户也可以自定义marker基因集用于注释及画图。
二、我的项目
《我的项目》主要用于管理分析流程。同一个项目下可进行大群及亚群的分析，如需新增或删减样本重新分析建议用户创建新的项目。项目创建流程如下：
1、点击【新建项目】。
2、填写<分析项目名>及<描述>，【提交】该项目，在弹出的提示信息中点击【确定】保存项目信息。
三、基础分析
「基础分析」是分析流程初始模块，该模块可进行基因线粒体过滤，去批次整合聚类，保留质量合格的细胞进行后续分析。分析流程创建及过滤整合聚类流程如下：
1、【新建流程】创建单细胞分析流程。项目开始一般选择样本进行大群分析，后续选择注释好的细胞类型进行亚群分析。
2、填写<流程名称>及<流程描述>，用于后续查找和了解流程信息。
3、【选择数据】选择待分析的样本，可选择已经整合好的多样本数据，也可选多个单样本进行过滤整合。
此处数据详细来源可查看《我的数据》。
4、【分组】对样本添加分组信息，选填，后续模块也可添加分组信息，详情可见「画图工具」添加标签功能和「差异富集」分组功能。
5、填写信息，选择待分析的数据，可以选择【开始分析】手动进行过滤整合和聚类，也可以选择【基础分析】、【基础分析+细胞注释】、【基础分析+细胞注释+差异富集】或【基础分析+细胞注释+差异富集+画图工具】快速进行自动分析。
6、【开始分析】后的《图表数据》会统计样本UMI，线粒体占比及基因表达情况，简要展示各样本质量信息。
7、展开按钮查看默认参数，用户可参考已发表单细胞文章方法中的过滤参数进行【过滤】。
注：如果选择的是已经整合的数据，点击【过滤】会提示是否需要跳过过滤整合步骤，如果不需要调整参数可跳过进行后续分析，如果需要调整过滤阈值则取消跳过，重新进行过滤整合。
8、【过滤】后可查看各样本过滤后质量信息，同时可对单样本进行个性化调整，保证整体样本质量一致。
9、质控合格的数据进行【整合】，目前提供三种整合方法，其中 CCA 和 Harmony 会对多个样本进行批次矫正。
10、【整合】后会展示样本整合情况，可调整整合参数重新整合。建议用户尝试调整多种整合方法，选择更合适的方法进行后续分析。
11、【整合】确认后进行【聚类】，可新建选择多个分辨率进行聚类，分辨率越大分群数量越多。后续模块也可新增分辨率进行聚类。
12、【聚类】后无需调整则点击【完成】，跳转「细胞注释」模块正式开始进行单细胞相关分析。该步会耗费一些时间，请用户耐心等待。
四、细胞注释
完成所构建项目的「基础分析」后，可进入「细胞注释」模块，该模块展示了细胞注释前后的降维图、cluster差异基因列表及top基因的可视化结果，并且可分别对多组聚类结果进行自动注释（singleR算法）和手动注释。
1、主要内容：
「细胞注释」 模块主要包括四部分内容：降维聚类结果、top基因或指定基因集的可视化结果、cluster差异基因列表及差异基因的表达情况。点击选择降维聚类结果，界面中相关结果也会随之发生改变。
（1）降维聚类结果包括UMAP和tSNE两种降维方式的结果，降维聚类图为交互式图片，可使用鼠标更改cluster的标签位置和查看cluster的细胞数。
（2）每次更新聚类或者注释结果时，均会计算每个cluster的差异基因列表，并且对每个cluster的top 5（logFC从大到小排序）基因进行气泡图、小提琴图和热图可视化展示以及每个样本中每组细胞的占比柱状图。
（3）top基因集可视化结果可以自定义修改展示基因，点击【top】弹出每组的基因列表，勾选或不勾选对应的基因后，点击【确定】即可对所选的基因进行重新绘图；同时也可以对指定基因进行可视化展示，点击top下拉中的【基因集】弹出基因集窗口，可从寻因数据库中选择相关基因集，也可以点击分析流程基因集后面的【+】自定义基因集进行可视化展示。
（4）基因列表记录所有基因在某个cluster或分组相对于其他细胞的logFC值。点击基因名称跳转到NCBI网站，点击基因所在的行，可绘制该基因的FeaturePlot图（位于列表右侧）。该列表默认按照logFC从大到小排序，点击表头可自定义排列顺序。
2、自动注释：
「细胞注释」模块主要可进行的分析包括自动注释和手动注释，在完成「基础分析」后，会基于最小分辨率，使用singleR软件及其参考集（人：HumanPrimaryCellAtlasData_main，小鼠和大鼠：ref_Mouse_all）进行自动注释，自动注释的标签为CellAnnotation。
（1）首先下拉选择自动注释要使用的分辨率，然后点击【新建分组】，出现添加分组弹窗，该弹窗可随意拖动位置（鼠标放置在可拖拽区域）和大小（鼠标放置在弹窗右下角）。
（2）填写<分组名称>，并选择<自动注释参考集>，最后点击【自动注释】，自动刷新分析进度。
（3）分析进度完成后，对应的注释结果自动填充到分组详情表中。同时，降维图、top基因可视化结果、基因列表和基因可视化图同步更新。注释完成后后点击弹窗底部的【关闭】，关闭弹窗。
（4）点击同一分辨率下新增分组名称的注释标签，可进行结果的切换。
3、手动注释：
当我们依据cluster间的差异基因或收集到的一些marker基因的表达情况，需要输入或修改cluster的注释结果时，可进行如下相关手动注释的操作。
（1）首先下拉选择手动注释要使用的分辨率，然后点击【新建分组】，出现添加分组弹窗，该弹窗可随意拖动位置（鼠标放置在可拖拽区域）和大小（鼠标放置在弹窗右下角）。
（2）填写<分组名称>，在分组详情中输入每个cluster对应的细胞类型。
（3）每个cluster对应的的细胞类型输入完成后，点击弹窗底部的【保存】，出现分析进度条，完成后点击【关闭】按钮，关闭弹窗。
（4）点击同一分辨率下新增分组名称的注释标签，可进行结果的切换。
（5）新建分辨率：
点击细胞分组中的【修改分组】弹出分辨率窗口，点击分辨率列表后面的【+】弹出新增分辨率窗口，输入分辨率（Resolution）和PC数量（nPCA）后，点击【保存】，即可基于新的分辨率和PC数量重新进行聚类分析。完成后，细胞分组下拉框和分辨率列表均新增对应结果，点击细胞分组可进行结果切换。
（6）修改注释结果：
点击细胞分组中的【修改分组】弹出分辨率窗口，点击分辨率对应的【编辑】可修改注释结果，如果该分辨率未做任何注释，则弹出暂无分组的提示信息；点击【删除】即可删除该分辨率及对应的细胞注释结果。
（7）保存注释结果：
点击【编辑】后弹出编辑分组弹窗，分组详情中则包括此分辨率下所有cluster的标注结果，可进行相应的编辑处理，修改完成后点击【保存】同步结果。点击【x】可删除该分辨率下的该组注释结果。
（8）注意事项
a.可以针对同一个降维聚类结果进行多次注释并修改注释；
b.可比较使用不同方法、参考集的注释结果差异；
c.当细胞数量过大时，热图会丢失label等信息，因此热图是经过降低数据量(downsample)绘制的，每个cluster或分组最多保留500个细胞；
d.为了加快计算差异基因速度，该模块基因的logFC是基于edgeR包计算得到的，与FindAllMarkers或者FindMarkers结果会存在些许差异，但两种方法计算出的基因呈线性相关；
e.降维聚类结果、top基因或指定基因集的可视化结果及差异基因的表达情况均可分享到「结果总览」，方便结果的查看和导出。
4、创建top N基因集
点击【top】按钮打开top基因界面，填写top基因的数量（如top10），点击【创建基因集】，填写基因集名称，点击【创建】完成基因集的创建。
扫一扫
762
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
