结构生物学2-生物大分子结构数据库：

请结合图片，详细解释图片中的内容，要求逻辑清晰，并给出整理与答疑

1，3D结构数据库：

2，PDB文件格式：

3，PDBX/mmCIF格式：

4，结构因子与密度图：

5，电子云密度图：

（1）2Fo-Fc map、Fo-Fc map

（2）其他：

6，利用coot观察分析模型和密度图：并思考

分析蛋白质结构模型的质量通常涉及以下几个步骤：

1. 获取数据：从蛋白质结构数据库（如PDB或mmCIF）获取蛋白质的坐标文件（PDB格式或mmCIF格式）。这些文件包含了蛋白质原子的三维坐标信息。
2. 检查坐标文件：通过软件（如PyMol）加载坐标文件，检查模型的立体化学是否合理，包括键长、键角、二面角等。同时，确认没有异常的原子间距离或角度，这些可能指示模型构建错误。
3. 获取密度文件：下载相应的电子密度图文件（如MTZ或map格式）。这些文件包含了蛋白质电子密度的分布信息，是验证模型与实验数据一致性的关键。
4. 计算结构因子：使用软件（如PHENIX）计算模型的结构因子（Fcalc），并与实验得到的结构因子（Fobs）进行比较。
5. 评估模型质量：通过比较Fobs和Fcalc的一致性来评估模型的质量。常用的评估指标包括R因子（R-factor）和相关系数（Correlation coefficient, CC）。
6. 相位问题：如果存在相位信息（如从MTZ文件中获得），可以通过相位角的准确性进一步验证模型的质量。
7. 模型优化：根据电子密度图和结构因子的比较结果，对模型进行必要的调整和优化。
8. 使用图形程序：如Coot或PHENIX，这些程序可以自动执行傅里叶变换，以获得实空间密度，并帮助识别模型与电子密度图之间的差异。
9. 分析差异图：Fo-Fc差异图可以揭示模型与实验数据不一致的地方。理想情况下，如果模型与实验数据完美拟合，差异图应该没有显著的密度。
10. 使用2Fo-Fc图：2Fo-Fc图可以显示模型与观测数据的拟合程度。在模型构建的中间阶段，这个图可以帮助识别模型中可能缺少的特征。
11. 检查电子密度图：通过检查2Fo-Fc和Fo-Fc电子密度图，可以发现模型无法解释的密度区域，或者模型与电子密度不匹配的区域。
12. 最终验证：在模型优化结束后，应该再次检查2Fo-Fc图，确保没有明显的没有相应模型的密度，这表明模型与实验数据有很好的一致性。

===================================================================

7，可视化工具：pymol主

phenix：上游

CCP4：更像是个套件（上游汇总）

coot：上游结构解析

pymol：解析结构的下游，其他都是上游工具（下游可视化）

==================================================================