一键分析10X单细胞数据

最新推荐文章于 2024-11-14 20:04:48 发布

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文章标签：算法

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对于10X单细胞数据的预处理，我们前面介绍了详细步骤：

今天我们来介绍一种更为简单的方法：一键处理 10X 下机数据。

流程地址：https://usegalaxy.cn > 流程 > scRNA-seq_preprocessing_10X_v3_Bundle (release v0.1)

本流程使用 RNA STARSolo 分析 10X 基因组学的 v3 化学版本数据。从Fastq文件得到与 CellRanger 类似的3个输出文件：barcodes.tsv, genes.tsv 以及 matrix.mtx。

点击小眼睛图标，即可预览流程。可以看到，该流程主要调用 RNA STARSolo 进行数据处理，最后将 log文件和 gene counts 文件交给 MultiQC 进行汇总。

运行流程非常简单，这也是一键分析的含义。只需要设置：

设置完毕，点击“运行流程”就可以了。

细心的朋友可能注意到，RNA STARSolo 不需要 10X 下机的 I1（Illumina通道信息）文件。

流程会输出 9 个文件，其中3个类似于CellRanger的输出文件：

其他文件是：

本流程专用于10X基因组学的 v3 版本下机数据。目前支持输入一个Barcode文件，一个cDNA文件。暂时还不支持多Lane的情况。如果下机数据有多条 Lane，可以直接使用 RNA STARsolo 工具进行分析：

https://usegalaxy.cn > 工具 > RNA STARSolo

云上转录组分析流程（点击图片跳转）

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