OrthoFinder：生物信息学中的直系同源基因分析

同源基因是来自共同祖先、在不同物种中遗传的基因，序列相似且功能相关。主要分为三类：直系同源基因、旁系同源基因和异源同源基因。直系同源基因来自不同物种，通过物种形成保留相同功能，如人类和小鼠的α-珠蛋白基因。这类基因由物种进化形成，常用于构建系统发育树。前面我们学习了几款常用的系统发育树工具（文章：构建系统进化树到底选哪个工具？），今天就来学习一款直系同源基因分析工具——OrthoFinder。

OrthoFinder 是一款快速、准确且全面的比较基因组学分析工具。它的主要功能包括查找直系同源基因群和直系同源基因，为这些基因群推导出有根的基因树，并识别这些基因树中的所有基因复制事件，推断出物种的有根物种树。通过这些功能，OrthoFinder 能够为不同物种基因组间的比较分析提供全面的统计信息，帮助我们更好地理解物种间的进化关系。

功能特点

• • 快速准确：OrthoFinder 的运行速度非常快，而且通过基因树的使用，使得直系同源推断的准确性非常高。

• • 全面分析：它不仅能找到直系同源基因，还能为所有直系同源基因群推导出有根的基因树，并确定这些基因树中的所有基因复制事件。同时，OrthoFinder 还能为被分析的物种推导出有根的物种树，并将基因树上的基因复制事件映射到物种树的分支上。

• • 易用性：OrthoFinder 的使用非常简单，只需要一组 FASTA 格式的蛋白