微课堂:MaxBin2——国家微生物科学数据中心云工具

国家微生物科学数据中心推出免费的全套在线视频教程——微课堂,对近百个微生物组学数据分析工具进行详细介绍和手把手教学。让您迅速上手使用国家微生物科学数据中心推出的一站式在线分析平台。

国家微生物科学数据中心一站式生物信息分析云平台可提供包括生物信息在线分析工具、计算资源、公共参考数据的整合在线服务。用户无需任何编程基础,无需配置Linux操作系统,无需安装复杂的生物信息分析软件,无需下载庞大的生物数据库,只需在图形化界面进行简单点击操作,就能一键搞定生物数据分析。并且每项分析都可以自定义分析参数,实现在鼠标点击之间即可在国家微生物科学数据中心进行在线生物信息数据分析,挖掘出准确、详细、专业的分析结果,让更多领域内科研人员能更快、更高效、更自主的完成交互分析。

      那么究竟如何快速使用这些分析工具进行线上数据分析呢,又在哪里能找到这些专业详细的分析工具教程视频和pdf版本使用说明呢,小编现在就带您一探究竟:

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     首先进入国家微生物科学数据中心首页www.nmdc.cn,选择分析工具的入口按钮,进入分析工具界面。


 · 2 · 

在分析工具主界面,选择工具进行使用,这里以MaxBin2为例。

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点击MaxBin2工具的查看详情按钮进到MaxBin2的工具详情页,链接地址:https://nmdc.cn/analyze/details?id=600679150b38496ee0c9093e

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MaxBin2工具详情页,用户可以看到使用帮助栏目的MaxBin2视频版使用教程和pdf版使用说明。点击MaxBin2使用教程可以直接观看在线视频教学。(MaxBin2视频课程链接:https://nmdc.cn/analyze/details/video?name=MaxBin2&type=analysis

点击MaxBin2使用说明可以直接在线预览pdf页面并下载该说明存入本地。

     在国家微生物科学数据中心首页,点击微课堂查看更多,可以查看所有分析工具的视频教程。

微课堂中分析工具培训课程的链接地址:http://nmdc.cn/video

MaxBin2

工具介绍

     MaxBin2是宏基因组binning软件。(Binning:指把宏基因组中不同个体微生物序列分开,使得同一类序列聚集在一起的过程,其中常见的是同种菌株的序列聚类在一起。)

MaxBin2的参数:

MaxBin2的输出文件


 如在使用分析工具的过程中有任何相关问题请联系网站下方服务邮箱、QQ或电话咨询。服务邮箱:nmdc@im.ac.cn;服务QQ: 3415782117; 联系电话:010-64806052。


官网:www.nmdc.cn

地址:北京市朝阳区北辰西路一号院3号中国科学院微生物研究所

电话:010-64806052

邮箱:nmdc@im.ac.cn

Q Q:3415782117

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以下是基于被动时反的 ac-MVDR 水下声源定位的 MATLAB 代码: ```matlab % 定义声源位置(以米为单位) sourcePos = [10, 20]; % 定义阵列位置(以米为单位) arrayPos = [0, 0; 0, 1; 0, 2; 0, 3]; % 定义声速(以米/秒为单位) c = 1500; % 定义采样率(以Hz为单位) fs = 8000; % 定义信号时长(以秒为单位) duration = 5; % 生成接收到的声音信号 [samples, t] = generateSignal(sourcePos, arrayPos, c, fs, duration); % 计算声源定位 estimatedPos = acmvdr(samples, arrayPos, c, fs); % 输出结果 disp(['Estimated source position: ', num2str(estimatedPos(1)), ', ', num2str(estimatedPos(2))]); function [samples, t] = generateSignal(sourcePos, arrayPos, c, fs, duration) % 计算声源到阵列各个麦克风的距离 distances = sqrt(sum((arrayPos - sourcePos).^2, 2)); % 计算每个麦克风接收到的信号时延 delays = distances / c; % 生成目标声源信号 sourceDuration = 2; sourceSamples = generateSource(sourceDuration, fs); % 生成每个麦克风接收到的信号 samples = zeros(length(arrayPos), duration * fs); for i = 1:length(arrayPos) micDelay = delays(i); micSamples = generateMic(fs, duration, micDelay, sourceSamples); samples(i,:) = micSamples; end % 计算时间轴 t = linspace(0, duration, duration * fs); end function sourceSamples = generateSource(duration, fs) % 生成正弦波信号 frequency = 1000; amplitude = 1; t = linspace(0, duration, duration * fs); sourceSamples = amplitude * sin(2 * pi * frequency * t); end function micSamples = generateMic(fs, duration, delay, sourceSamples) % 计算时延对应的样点数 delaySamples = round(delay * fs); % 延迟声源信号 delayedSource = [zeros(1, delaySamples), sourceSamples(1:end-delaySamples)]; % 生成噪声信号 noiseAmplitude = 0.1; noiseSamples = noiseAmplitude * randn(1, duration * fs); % 合成最终的接收到的信号 micSamples = delayedSource + noiseSamples; end function estimatedPos = acmvdr(samples, arrayPos, c, fs) % 计算阵列中心位置 arrayCenter = mean(arrayPos, 1); % 计算阵列中心到各个麦克风的距离 distances = sqrt(sum((arrayPos - arrayCenter).^2, 2)); % 计算阵列直径 arrayDiameter = max(distances) * 2; % 计算声源到阵列中心的距离 sourceDist = sqrt(sum((arrayCenter - sourcePos).^2)); % 计算声源距离阵列的方向 sourceDir = (sourcePos - arrayCenter) / sourceDist; % 计算波长 wavelength = c / fs; % 计算阵列中心处的声波到达时间 centerTime = sourceDist / c; % 计算接收到的信号的时间戳 timeStamps = centerTime - distances / c; % 对信号进行STFT windowLength = round(arrayDiameter / wavelength); [S, F, T] = spectrogram(samples(1,:), windowLength, 0, [], fs); nBins = length(F); nFrames = length(T); % 计算空间谱 spatialSpectrum = zeros(nBins, nFrames); for i = 1:nFrames frame = samples(:, (i-1)*windowLength+1:i*windowLength); frameSpectrum = fft(frame, [], 2); frameSpectrum = frameSpectrum(:, 1:nBins); R = frameSpectrum * frameSpectrum' / windowLength; W = steeringVector(F, arrayPos, sourceDir, c); spatialSpectrum(:, i) = acmvdrSpectrum(R, W); end % 计算声源位置 [maxSpatialSpectrum, maxBin] = max(spatialSpectrum(:)); [maxBinIndex, maxFrameIndex] = ind2sub([nBins, nFrames], maxBin); maxFrequency = F(maxBinIndex); estimatedDelay = timeStamps(maxFrameIndex); estimatedPos = arrayCenter + estimatedDelay * c * sourceDir; end function W = steeringVector(frequencies, arrayPos, sourceDir, c) % 计算波长 wavelengths = c ./ frequencies; % 计算到声源的距离 distances = sum((arrayPos - sourcePos).^2, 2).^(1/2); % 计算相位差 phaseDifference = 2 * pi * distances ./ wavelengths; % 计算方向向量 nMics = size(arrayPos, 1); W = zeros(nMics, length(frequencies)); for i = 1:nMics W(i,:) = exp(-1i * phaseDifference * dot(sourceDir, (arrayPos(i,:) - sourcePos)) / distances(i)); end end function spectrum = acmvdrSpectrum(R, W) % 计算噪声协方差矩阵 Rn = R - trace(R) / size(R, 1) * eye(size(R, 1)); % 计算权重向量 Wopt = inv(Rn) * W / (W' * inv(Rn) * W); % 计算空间谱 spectrum = 1 ./ (Wopt' * R * Wopt); end ``` 代码中使用了以下几个辅助函数: - `generateSignal`:生成接收到的声音信号。 - `generateSource`:生成目标声源信号。 - `generateMic`:生成每个麦克风接收到的信号。 - `acmvdr`:计算声源定位。 - `steeringVector`:计算阵列的指向向量。 - `acmvdrSpectrum`:计算空间谱。 请注意,这个代码只是一个简单的演示,可能无法处理真实世界的复杂场景。如果您需要更精确的结果,请参考相关文献,并使用更复杂的算法。

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