conda安装qiime2-清华镜像源替换法解决安装失败

conda安装qiime2（目前最有效的方法）

作者：杨帅

单位：徐州医科大学

研究方向：动脉粥样硬化与肠道菌群

联系方式：shuai_yang8@163.com

一、环境

linux-ubuntu

anaconda3/miniconda

二、实操演示

1.conda是安装QIIME2的首选工具，但是很多国内的朋友苦于无法链接网络问题导致无法安装。

该教程的精髓放在开头：conda安装qiime2出问题，国内网友的普遍问题是.yml文件中的镜像源没修改对，目前网上的大部分教程只修改了conda-forge和bioconda的镜像源，却没有更换qiime2镜像源，这里给大家介绍一下，qiime2也是存在镜像源的，它便是来自清华的镜像源，如图1。只要将他们的镜像源都进行更换，则可以轻松解决conda安装qiime2的问题。

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/qiime2  #qiime2镜像源地址

图1 qiime2镜像源截图

网上的教程各种各样，但真正有效的几乎没有，像删除q2后续再单独下载的方法无法解决环境依赖的问题，也十分繁琐，令人生厌。这里我将以最新版的qiime2-2021.11为例子来向大家演示如何使用conda成功对qiime2-2021.11进行安装。（安装步骤与QIIME2官网教程类似，但结合了国内无法翻墙下载的普遍情况）

1.1 运行如下代码下载.yml文件

wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2021.11-py38-linux-conda.yml #获取安装文件

很多人这一步就进行不下去，显示与下图类似的网络报错问题，见图2。那么继续往下看，相信你的问题一定会得到解决。

如果你的问题是可以下载.yml文档但是仍无法用conda安装qiime2，请转至1.5部分，相信你的问题一定会得到解决。

图2 网络报错详细信息

为了辅助大家理解，这里我说一下，上面的这条wget命令本质上只是从QIIME2官网下载.yml格式的一个安装包的目录，以方便我们下一条conda命令去下载安装.yml文件中罗列的包，大部分我们运行这条命令报错的原因都是无法访问外网，链接无效，你们可以把网址复制到浏览器验证一下，大概率是打不开页面的。这时候我们其实也不需要翻墙去科学上网，只需要手动下载这个.yml文件然后把它放到我们Ubuntu系统对应的工作目录中即可。这里我把最新版的.yml放在文末附录部分，大家可以粘贴到文本文档然后把.txt后缀改为.yml放到你的Ubuntu系统对应的目录中即可接着往下进行。

1.2 .yml文件放置到对应位置后，执行下面的命令开始安装QIIME2环境。

友情提醒：请先保证自己有足够的内存和良好的网络，安装所需要的时间由电脑配置与网速共同决定。

conda env create -n qiime2-2021.11 --fileqiime2-2021.11-py38-linux-conda.yml #安装qiime2

输入命令后，出现如下图所示信息，见图3、4。恭喜你，等待安装成功即可

图3 安装成功开始部分截图

图4 安装成功结束部分截图

1.3最后运行代码，删了这个.yml文件即可

rm qiime2-2021.11-py38-linux-conda.yml  #删除用于安装qiime2的.yml文件

1.4 激活qiime2并查看帮助文档以验证是否安装成功

condaactivate qiime2-2021.11  #激活qiime2

qiime –help                 #验证qiime2是否安装成功

安装成功界面如下，见图5。

图5 qiime2安装成功截图

1.5 修改你下载好的.yml文件的镜像源

具体操作如下，将.yml文件打开后修改channels部分

原内容:

channels:

    - qiime2/label/r2021.11

    - conda-forge

    - bioconda

    - defaults

修改为：

channels:

    -https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/qiime2

    -https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

    -https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

    - defaults

再次运行如下命令即可

conda env create -n qiime2-2021.11 --fileqiime2-2021.11-py38-linux-conda.yml #安装qiime2

最后，如果大家觉得有用，欢迎大家点赞并关注我，我在简书的ID是R语言_茶味先生，后续我会更新更多关于关于肠道菌群的扩增子分析以及宏基因组分析的心得体会，欢迎大家交流讨论。原创不易，引用请注明出处，谢谢！

三、附录

2021.11版本的.yml 文件内容如下，镜像源我已更换。

channels:

    -https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/qiime2

    -https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

    -https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

    - defaults

dependencies:

  - _libgcc_mutex=0.1

  - _openmp_mutex=4.5

  - _r-mutex=1.0.1

  - alsa-lib=1.2.3

  - argcomplete=1.12.3

  - argon2-cffi=21.1.0

  - async_generator=1.10

  - attrs=21.2.0

  - backcall=0.2.0

  - backports=1.0

  - backports.functools_lru_cache=1.6.4

  - bibtexparser=1.1.0

  - binutils_impl_linux-64=2.36.1

  - binutils_linux-64=2.36

  - bioconductor-biobase=2.50.0

  - bioconductor-biocgenerics=0.36.0

  - bioconductor-biocparallel=1.24.1

  - bioconductor-biostrings=2.58.0

  - bioconductor-dada2=1.18.0

  - bioconductor-delayedarray=0.16.3

  - bioconductor-genomeinfodb=1.26.4

  - bioconductor-genomeinfodbdata=1.2.4

  - bioconductor-genomicalignments=1.26.0

  - bioconductor-genomicranges=1.42.0

  - bioconductor-iranges=2.24.1

  - bioconductor-matrixgenerics=1.2.1

  - bioconductor-rhtslib=1.22.0

  - bioconductor-rsamtools=2.6.0

  - bioconductor-s4vectors=0.28.1

  - bioconductor-shortread=1.48.0

  - bioconductor-summarizedexperiment=1.20.0

  - bioconductor-xvector=0.30.0

  - bioconductor-zlibbioc=1.36.0

  - biom-format=2.1.10

  - blast=2.12.0

  - bleach=4.1.0

  - bokeh=2.4.2

  - bowtie2=2.4.2

  - brotli=1.0.9

  - brotli-bin=1.0.9

  - brotlipy=0.7.0

  - bwidget=1.9.14

  - bzip2=1.0.8

  - c-ares=1.18.1

  - ca-certificates=2021.10.8

  - cachecontrol=0.12.10

  - cached-propert

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