今日事件
是的，TBtools-II 论文 Online 了。相比于 TBtools-I 论文（2020年）见刊时的心情，兴许并没有那么激动，尽管，我仍然觉得非常高兴。一方面是对我们过去三年工作的认可，是对30万用户支持的认可；另一方面有一不一定有二，而我们已经做出来 II，就完全有信心做 III 甚至 IV，V，VI....云云。
很多时候，我们做的工作得到认可，这个认可本身很重要。不然，也不至于三年前，我会写下来《我的挣扎与TBtools的开发》。今天的内容会相对平淡一些，但也是记录这三年间的 TBtools 的完善与我的三年生活的部分碎片。
或许有人会疑问，你写TBtools就写TBtools呗，总扯上你自己的生活干什么？原因很简单，我不得不承认，写TBtools就是我生活的一部分，反之亦然。不然吴老师也不至于总说TBtools更像我的大儿子。
今天周六，正好也回顾过去三年，给自己，也给其他一个交代。至于为什么写这个推文，逻辑简单。
已经有不少人看过三年前我写的《我的挣扎与TBtools的开发》，这个正如童话故事《丑小鸭》或者《灰姑娘》，我们看到的只是他们的蜕变过程，但蜕变之后呢？蜕变之后，故事又是如何？尤其是“灰姑娘”结婚之后？真的就幸福了？我想，这个很难说。生活不止眼前的苟且，还有未来的苟且。于是，今天的推文，也可以理解为一个续集。与诸位分享琐琐碎碎。
回到主题，我们还是聊聊 TBtools-II。
回顾与思考
2020年，TBtools 工作发表前后，我想，不会有人觉得这个工作会有如何影响，无非是又多了一篇论文，并且同时多了一个可能有人用也可能出道即巅峰的软件。也包括我们自己，也觉得这个事情，也就这样了，告一段落。毕竟，作为课题副产品之一，找到了特别好的去处。但一切就是这么魔幻。自 TBtools 论文发表，被引频次一路猛涨，连年翻倍（接下来不知道是否到平台期，现在是 09 月）。
这反过来说明，是的，我们的工作得到了许多朋友的认可，得到许多用户的引用。或许，我们不小心做对了一件小事，那就是开发了 TBtools。但是为什么？为什么就做对了？对在哪里？
我在这个事情上是有思考的，但更多时候是被迫去思考...因为这个没得选，大伙希望你能分享出一些经验，但是你没经验。没经验就只能一直回顾一直反思，为什么是这样子？
当然，不仅仅许多湿实验工作有一堆 M2 ，生物软件也一样。TBtools 发表后，甚至发表前（TBtools开发了5年才发表......但是有 TBtools 的 M2 软件更晚开始但更早发表）也有类似的 M2 软件出来（当然发表后就更多了）。为什么他们没有获得类似的关注度？我一直思考，最终只有一个答案：
最好的软件开发者就是用户本身
为什么一直以来没什么广受认可的生物软件？或者应该说界面化的生物软件？原因很简单。很多软件只是写出来，发表出来，然后就结束了。写软件开发软件的出发点是我发现了一个缺口，这个需要有一个工作来填充，于是我写了，然后发表论文让大伙知道，然后就没有然后了。这个是的，是一个完整的科研工作，但就到此结束了。软件写出来，开发者自己都不会再使用，那会是一个好用的软件吗？这个就太难说。我仔细去观察了认识的开发出来广受认可的软件，无一例外。他们开发软件的出发点是，我需要用这个软件，所以我开发出来；我开发出来之后，我是重度用户；至于分享出来，我只是顺便。于是我明白 TBtools-I 为什么会得到用户的认可，因为我本身就是 TBtools 的重度用户，每天我都会打开他，使用一些功能。遇到一些数据分析问题，我也会第一时间想着，是不是TBtools就三两下搞定了，省时省事？非常好。就是这样。这个也就是为什么 TBtools 所有功能都是在做植物生物数据分析，因为我就是写来做自己的课题的。至于应用到其他领域，比如动物，微生物，人类医学？这些到底还是用户挖掘。用户的脑洞，是无法估量。
如此，转念一想：
反之亦然，用户本身就是最好的软件开发者
于是，有了 TBtools-II。
当然，我其实还规划了3.0，4.0，5.0... 但是再远真的规划不出来，我们不知道十年后是如何。
收获与非议
实话说，TBtools 为我带来了诸多益处，如果说的夸张一点，那么就是写了 TBtools，所以：
硕士毕业了，还是优秀毕业
博士毕业了，基本也是优秀毕业
找到工作了
每个月还有稿费（当然年底都捐出去了）
....
自然，还有其他许多。有一些由于 TBtools 传播扩散所带来的隐形增益，无法具体小结。
有人认可，也自然有人非议。其中，最为明显或许是去年暑期前后？到底就还是一个原因，TBtools 论文的引用次数太高，对 IF 的计算来说，会有一点影响。于是存在一些人有心无心如何如何。无法理解他们的出发点，或者他们甚至不知道自己的出发点是什么，还是只是为了说点什么所以说点什么？从来不考虑别人怎么去思考，尤其是我们作为 TBtools 开发人员，怎么去思考？
是工作没做对？还是工作没做好？或者不应该发表？更或者最好还是回去投 Bioinformatics 这个顶刊？然后遇到个编辑直接就拒绝送审？我们真的一点不爽没有？原因是工作没做好？还是这个编辑不相信我们的童话故事？不认可我们的工作？那我们怎么办？是不是最好一开始就不要去做这个工作？发表也不对，不发表也不对。
很多人都只会说说，我们要如何如何，做成一流什么什么，掌握什么什么话语权，行动呢？行动在哪里？规划呢？规划了什么？没有，就只会说。
我们不一样，我们就干，干了再说。说完继续干，时间会说话。
如果他们也做类似的工作，那么我会为他们祈祷，一开始运气没有我们差，后来运气跟我们一样好，遇上愿意听 TBtools 这个故事的编辑部，愿意认可我们工作的期刊，从而能够让工作为更多人所知，加速推进更多人的科研工作。
过去这三年
三年间，应该说发生了许多事情。写着写着，似乎我是在给老友们分享过去三年的变化，尤其是在 TBtools-I 发表之后。家里小朋友陈及时长大了，现在也三岁，跟 TBtools-II 的时间相仿。或许如果不是带娃时真的只能放下工作来胡思乱想，那么也不会有 TBtools-II。Emmm..... 我尝试去找出一些收获，但似乎还是没想出来特别值得记录的事情。但如果说遗憾，到底就还是与吴老师和陈及时的异地生活，对彼此都不是好事，尤其是对于小朋友。有时候想想，为了什么？何至于此？读了三十年书，就是为了异地？我在追求什么？三年飞机高铁，让我成为尊贵的VIP.....不知是喜是悲。当然，此时再想也一笑了之。如果硬是要说收获，或许是每两周飞机或者高铁上没有信号的情况下，我不得不去听一些播客，也因此拓展了不少认知。能力有限，做了理性的决定，却违背自己。当然，我不知道多少人也与我一样，只期望各位顺利。至于围绕 TBtools，下述随意写写，与大伙分享。
我的有趣想法
TBtools-II 文稿提及内容其实不止插件模式。因为软件主程序本身也有系列功能优化和改进，详细可以看文稿。此处我把其中我觉得有趣的部分提一提。
软件用户增长，伴随的是更多使用问题。但是很多朋友遇到使用问题，往往不知道如何更好更详细的描述问题。有一天不知道是在做什么，大体也是洗澡或者上洗手间，我想到了一个 good idea。于是加上了 「Report」摁钮。
一般用户遇到使用问题或者报错之类，只需要点击一次，生成一个 Report.html 文件，就可以轻松作为求助信息与其他用户讨论沟通。这个从很大程度加速了 TBtools 用户之间的沟通效率。我觉得这个想法很好。
类似的有「!Help」摁钮，这个摁钮可以自动基于用户当前使用功能，直接搜索具体功能的实例文档，尽管，有时候没那么好用，但整体上我觉得还是机很不错。
「TBtools技能易物群」，是的，早前我曾经组织建立了10+个 TBtools使用交流社群，总计人数 3000*3+2000*5+1000*2 = 20,000+ 人的QQ群矩阵。然而我们必须接受很承认，慢慢这些社群并不活跃。基于个人的思考和分析，认为这是一个正反馈缺失的问题。一腔热血，坚持不久，正如TBtools的开发。点赞当然是很好的认可，但物质激励可能更为重要。为此，我尝试组织了「TBtools技能易物群」，结果就是很好。这些社群相对于其他社群都更为活跃，「问有所答，答有所获」。后续我也一并交给朋友打理，这样我自己就抽身出来。
「TBtools 奖学金」，Emmm，有关注 TBtools 的朋友应该都了解到 TBtools 奖学金。是的，通过每个月跟大伙收取2元稿费，年底捐出1.2w元用于鼓励优秀但不符合主流评价标准的硕士研究生。感兴趣的可以参考公众号历史推文。很快，今年的第二期奖学金就要开始评选，参与人员只需要做10分钟的PPT，不用填表等等。至于捐助，前述已经捐出。
为什么叫 TBtools-II
这是一个问题。逻辑上，我们完全可以叫做 TBtools，但似乎无法跟一开始的版本区分开。于是就想了几个名字，比如
TBtools2，这个比较丑，就没选他；
TBtools-2nd，这个我挺满意，但是....后面的似乎就是 3th 4th 5th... 感觉还是挺奇怪；
TBtools-Second，那肯定不行。
商量到最后，就叫 TBtools-II。或许这是最好的选择。当然，其实几乎所有人已经在用 TBtools-II，因为界面基本没变化。我们习惯做好了软件就分发，时间差不多了才考虑撰稿发表，这个或许也是 TBtools 跟其他软件不同的地方。许多软件是发表了再开放，我们相反，先开放，再考虑发表。甚至其实很多工作，sRNAminer，Sapbase，GSAman，IGV-sRNA 等等.... 我们确实都还没时间去整理发表....
插件模式的诞生
插件模式，到底还似乎来源于早期的一些想法。由于 TBtools 慢慢地体积并不小，但是我几乎每天，是的几乎每天都在更新。经常有用户吐槽，有什么又更新？软件使用的学习速度，还跟不上软件的更新速度。每天更新基本不可能。尽管我做了一个自动后台更新的功能，但说实话，效果不太明显。既然经常新增功能，那不如？做成插件，这样用户就可以按需增加功能，或者删除功能。
同时，这也解决了一个软件体积的问题。插件与主程序是相对隔离的，有时候一些功能需要依赖于较大文件，插件隔离后，确实有需要的就自行安装插件就搞定问题。自此，插件模式也就诞生了。随之而来，是吴老师提到的，比如做成App Store，我想这是一个 Good idea。
一个人的力量是有限的
插件模式诞生后，一开始只是我自己玩玩。后来想起了早些年我写的 EasyGUI（附图是三年前分享时用的PPT）。
一个人的力量是有限的，这不仅仅体现在时间和精力上，更体现在思维局限性上。不同科研人员有不同研究方向和研究思路，每个人的需求是不一样的。往往只有用户自己知道自己想要什么。其中，也有许多本身对数据分析就比较擅长的朋友。那么是不是提供一个接口，让所有人都可以轻松配置起来。具体最终就体现在 Plugin Creator。
想法来源于早年的 EasyGUI，不过操作上已经完全不同。同时稳健性也非常好。具体后续参考最近的一些优化更新，或许可以进一步做不少工作。
如果细心翻翻插件商店，就会发现，事实上绝大多数插件已经不是我开发的，而是TBtools的资深大佬用户开发的。在大伙的努力下，使得插件模式有了当前模样。
TBtools？PBtools？
关于 TBtools 的商标，这是一个事情。很多人都有了解，早前 TBtools 开放使用后，有存在团队和机构使用 TBtools 开展付费培训，因此有用户直接联系上到我就是一顿不爽，而我其实一无所知。也因此，我们在后续写明了 TBtools 不允许用于任何商用，除非授权。然而，很多人仍然希望有一场 TBtools 相关培训？于是我们每年暑期会举办一场。但后来有一天，我发现 TBtools 的商标有公司给注册掉了... 这个使事情变得非常复杂。期间通过联系做知识产权的朋友，各种申述，反对，无效等等，最终无疾而终。当然，好在对方还是以一个相对能接受的价格出售了商标。期间也产生了一个梗，也就是 TBtools -> PBtools -> ZBtools，因为我差点就把 TBtools 名字给改了。
（配图来自邵扬老铁）
说实话，当时也挺难受的。总之，折腾下来，10+w的开支。与此同时，有朋友提醒我不要去涉及RNAseq系列功能云云，我干脆就讲当时手上系列众筹插件打包赠予朋友公司，以感谢他们资助拿到TBtools商标。于是老铁又更新了一个。
（配图来自邵扬老铁）
此时此刻，唯一想说的，如果大伙觉得自己做得东西有潜力，不如早早把商标注册掉，费用并不高。一旦后续有人注册甚至拿到了，那么一系列问题紧随而至。社会并不是我们想象的那么简单，而我或许是运气比较好，交的学费并不是非常高。
文稿来迟了一年
为什么？事实上，有不少朋友一直在问，TBtools的第二版什么时候出来。当然我们相信绝大多数人是期望第二版出来，毕竟新的版本会带来更丰富的功能，软件会更好用。这个没有问题。只是时间上晚了一年左右。个中缘由，还是我自己的问题。框架和内容，我们在2022年3月份就已经定下来，但迟迟没有动笔。到底，就是在没想好啥时候写了投了，更为合适。一些出乎意料的时间发生后，计划是年底发表。但一切并未按照我个人以及身边人预期进展。索性，等等再说。一等就是一年。恰逢又一批师弟师妹毕业走人，想想拖着也没啥必要，干脆一鼓作气把文稿鼓捣了。于是就是后来的事情。
我们每个人生活上，工作上可能都会有一些预期，但或许我们不应该去设定这些预期，尤其不应该去相信一些预期，除非是在自己的完全把控范围。有期望就会有失望，有失望就会有绝望。所以，从一开始我们就不要去又期望，这样才能目标坚定，做成更出色的工作，完成更强大的自身。
感谢一些人
TBtools-II 能够开发出来，得益于诸多人的认可和帮助。
首先还是华南农业大学的夏瑞教授（也是我的博士学位导师，论文通讯作者）。早前大伙有看到我们的一场线上分享，应该会看到听到一段我打算干脆放弃开发的想法。至于原因，上述是一部分。另一部分，自然还是实实在在的经费支持，很遗憾，目前为止我确实争取过，也写过本子，不过还是没有拿到直接的经费支持（我必须说明，间接的还是有的）。本身 TBtools 开发并非主业，作为课题副产品，做得太多，属实旁门左道。不过与夏老师讨论讨论，TBtools 开发还是要继续做下去，于是前些日子，属于放弃，捡起来，再放弃，再捡起来....无限循环。
随后是要感谢吴老师，吴老师总是说我在 TBtools 上花的时间比在儿子身上花的时间还多。同时，她使用 TBtools 尤其是 TBtools-II 的插件商店和插件开发功能后，疯狂吐槽，以至于我不得不优化一下。（当然，主要还是后续论文审稿人写了，插件商店太乱，建议重写）。重写插件商店，涉及到一个界面布局云云。参考吴老师的需求，比如插件要能直接安装，直接删除等等。非常麻烦，但是我还是写了。
感谢十几位开发了插件的 TBtools 老铁用户以及后续开发 TBtools 插件的新朋友们，真是大伙的参与和贡献，使得我更加坚信，我们可以把 TBtools-II 的插件模式可以持续下去，并让更多人受益。包括但不仅限于师弟李嘉威，朋友王骁，小师弟李楚豪和周强华....大伙完全可以看看目前的插件列表中作者名字，他们都做出了许多贡献。
感谢论文数位共同作者，我们一起讨论了开发和测试方面的问题。同时要再次感谢 bioinformatics中国 社群的 30 多位老友。TBtools-II 的理念之一是“我为人人，人人为我”，其实取自社群的口号。我想社群口号目前没有变化，尽管我个人由于博士学位修学时太过忙碌就退出了社群。但是我们接近10年的生活和学习方面的讨论，使得TBtools-II等到更快完善。只是非常遗憾，我们失去了一位好友徐锡文（代号：酱油）。可能我们有机会还是要多聚聚。
感谢一些学术大佬的直接关注，比如广西大学的张积森教授、陈玲玲教授，他们不仅仅在语言上支持，在实质科研项目上也给了支持，我相信这些支持会让 TBtools-II 变得更为完善；比如华南农业大学农学院储成才教授，每每碰面，总是提起，并给与我们鼓励，受宠若惊，尤其让我觉得这个工作，还是要做下去；比如陈铭教授，直接邀请了我们写了一个 TBtools 的 Chapter；刘永鑫研究员，邀请我们在iMeta上刊文，介绍了 Advanced Circos（TBtools-II上重构后的 Circos图可视化工具）；比如罗静初老先生，前些日子联系过来，说挺早注意到我们工作。得到老先生的认可，也知道老先生也在使用TBtools，我们非常高兴。这些那些，都是我们坚持的动力。
感谢其他一时文字无法写出的朋友，比如汤程贻博士（尽管我仍然不知道他到底是谁，名字又是真是假）。未提及的朋友，多多见谅。
哦，对了，我还得感谢一下华南农业大学的廖毅教授，天天说他在做大paper，天天在做，这让我觉得很紧张。感觉他在做，我不做好像不太合适。
写在最后
「得到认可」有时候是一个太难的事情，但是是否需要这个东西，或许是一个值得思考的问题。
平平淡淡的三年，认识自己，接受自己，超越自己，比其他或许更为重要。海阔凭鱼跃，天高任鸟飞。
我心中一团火，是不会熄灭！与诸位共勉。
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