扩增子分析流程1. QIIME虚拟机安装配置及挂载外部目录

QIIME

http://qiime.org/
QIIME 就定量微生物生态(Quantitative Insights Into Microbial Ecology)的缩写,读音同chime [tʃaɪm]。
QIIME分析流程;2010发表在Nature Method上,被引7689次,是目前比较主流的扩增子分析流程,而且持续的维护和创新,目前正在开发QIIME2。

QIIME的安装

QIIME的安装常见有3种方式:
1. Linux服务器安装:首先得有台Linux服务器,官方推荐方法看似很简单,但由于LINUX版本及非常个性化的环境,而QIIME又依赖了上百个包和软件,每次都会遇到各种问题,有经验的人一般都想哭。2016年6月在centos和ubuntu上都安装成功了,每个安装都超过3天。
2. Qiime docker预安装下载:也需要有服务器,还需要管理员将用户添加docker组,但安装使用非常方便,就相当于下载和运行一个程序。推荐下载yoshikiv/basespace-qiime-191-dev这个镜像;
3. 无服务器的Windows和Mac用户,可以下载虚拟机直接运行,本文重点讲解些方法。

1. 虚拟机及相关软件下载

VirtualBox最新版软件下载页:https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads ,根据操作系统选择对应版本,本文只讲Windows10系统下的操作;
下载如下两个文件:
VirutalBox 5.1.22 软件下载 http://download.virtualbox.org/virtualbox/5.1.22/VirtualBox-5.1.22-115126-Win.exe
QIIME 1.9.1 64-bit虚拟机下载 ftp://ftp.microbio.me/pub/qiime-release-VMs/QIIME-1.9.1-amd64.vdi.gz

2. 安装虚拟机

双击执行VirtualBox-5.1.22-115126-Win.exe文件,按提示下一步,全用默认选项即可,直至安装完成;

3. 加载QIIME虚拟机

下载的虚拟机压缩包有4G多,需要先解压缩才能使用,解压后有14G左右,请确保解压位置有足够空间。
按下图动画顺序配置和启动QIIME虚拟机:启动virtualbox程序 - 新建 - 名称输入”ubuntu” - 下一步 - 内存修改为4096 - 下一步 - 添加现在磁盘 - 选择QIIME-1.9.1-amd64.vdi文件 - 创建 - 启动
image

4. 安装增强功能

在启动的QIIME虚拟机中,点设备菜单 - 安装增强功能 - 弹出菜单选择Run - 要求输入密码为”qiime” - 等待出现“Press Reture to close this window”,按回车关闭窗口即安装成功
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5. 挂载外部目录

我们只有加载外部目录,才能用QIIME读取并分析数据;
点击右上角电源(齿轮形)按钮,选择“shut down”,弹出菜单再点”shut down”关闭虚拟机;
在Virutalbox主界面中:点击“设置” - 共享文件夹 - 点+号(添加共享文件夹) - 选择共享目录”QIIME”(可为任意名称,后面命令中与此一致名称及大小写一致),勾选自动挂载 - OK - OK - 启动
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打开终端 - 输入下面代码即可进入外面目录工作,# 号行为注释信息。 注意Linux中输入密码时无任何显示,是为了防止泄露密码位数,不要以为没有输入,输完回车即可。

# 切换至管理员,输入密码qiime
sudo su 
# 进入工作目录,注意下面的QIIME要与外部文件夹名大小写完全一致
cd /media/sf_QIIME
# 查看当前目录文件详细信息,可在外部挂载目录先新建个文件,是否看到文件来判断是否挂载成功
ll

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以后的分析工作可以此目录中运行。

6. 如挂载目录失败处理

可在终端中运行下面两条命令修复后,再重复上面的操作即可。

# 要求输入密码吗,输入“qiime”
sudo apt-get update
sudo apt-get install virtualbox-guest-utils

Reference

  1. http://qiime.org/
  2. Caporaso, J. G., et al. (2010). “QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.” Nat Methods 7(5): 335-336.
  3. 3.
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