生物信息常用30个Linux命令（三）

学习生物信息，Linux是必须掌握的内容，其实常用的Linux命令也就30个左右，而且这些命令都是单词的简写，记忆起来并不困难。从这次内容开始，我们将详细介绍这30个左右的命令。
21、df
df: disk free
df用于查看磁盘消耗，显示磁盘可用空间数目信息及空间结点信息。一般加一个-h选项，然后接要查看的磁盘，默认所有磁盘。
-a 显示全部文件系统
-h 文件大小友好显示
-l 只显示本地文件系统
-i 显示inode信息
-T 显示文件系统类型

$ df -h
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
/dev/mapper/centos-root 5.5T 742G 4.7T 14% /
devtmpfs 126G 0 126G 0% /dev
22、du
du: Disk usage
df用于查看磁盘大小，du用于查看目录所占磁盘大小，一般也加-h选项
-h 方便阅读的方式
-s 只显示总和的大小

$ du -sh wgs/
27G wgs/
23、find
find顾名思义，主要用于查找文件。因为当文件越来越多的时候，由于Linux是文本界面，不方便可视化文件，这个时候就可以利用find快速找到需要的文件。find支持多种搜索方式。

与时间有关的选项：共有 -atime, -ctime 与 -mtime 和-amin,-cmin与-mmin，以 -mtime 说明

与使用者或组名有关的参数：

与档案权限及名称有关的参数：

额外可进行的动作：

24、which
which 可执行文件名称 | 查看可执行文件的位置，在PATH变量指定的路径中查看系统命令是否存在及其位置

#案例一：搜索Data目录下以点fna结尾的文件；
find …/Data -name *.fna

#案例二：搜索系统中最近5分钟内编辑过的文件；
find / -amin 5

#案例三：查找大于100M的文件；
find ./ -size 100M

案例四：按照文件类型搜索；
find ./ -type 文件类型
c 的档案
d: 目录
b: 区块装置档案 ，
p: 具名贮列
f: 一般档案
l: 符号连结
s: socket

#案例五：搜索文件，直接处理；
find ./temp/ -name *.fna -exec rm ‘{}’ ;
25、top
top可以动态显示系统进程使用情况，类似于windows系统的任务管理器。可以
显示当前系统正在执行的进程的相关信息，包括进程ID、内存占用率、CPU占用率等。

$ top
top - 21:57:57 up 64 days, 14:32, 4 users, load average: 1.03, 1.03, 1.05
Tasks: 413 total, 2 running, 411 sleeping, 0 stopped, 0 zombie
%Cpu(s): 3.2 us, 0.1 sy, 0.0 ni, 96.7 id, 0.0 wa, 0.0 hi, 0.0 si, 0.0 st
KiB Mem : 26346684+total, 49366600 free, 10640988 used, 20345926+buff/cache
KiB Swap: 33554428 total, 31772892 free, 1781536 used. 24733774+avail Mem

PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
316997 wangtong 20 0 6076392 5.7g 804 R 99.7 2.3 9074:52 dnaml
451916 root 20 0 162244 2620 1576 R 0.7 0.0 0:00.05 top
19 root rt 0 0 0 0 S 0.3 0.0 0:20.10 watchdog/2
754 root 20 0 159156 97984 97640 S 0.3 0.0 73:10.61 systemd-journal
26、ps
ps: process status
ps也是系统进程管理工具，与top不同的事，top可以动态显示，而ps则是静态显示，是某一时刻的快照，静态显示的好处是便于其他程序捕获结果，进行处理。
a 显示所有的进程
-a 显示同一终端下的所有程序
e 显示环境变量
f 显示进程间的关系
-H 显示树状结构
r 显示当前终端的程序
T 显示当前终端的所有程序
-au 显示更详细的信息
-aux 显示所有包含其他使用者的行程
-u 指定用户的所有进程

$ ps -aux
27、kill
kill的作用是杀死进程，给定一个任务的ID号，可以通过top或者ps命令获得，例如当前有一个sleep进程，pid号为12000；通过kill -9可以强制杀死。

$ kill -9 12000
28、chmod
chmod: Change mode
用于修改文件权限，Linux基础怒权限可以包括ugo模式以及421模式。

#原始权限
$ ll a1.index.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root 287 Oct 16 16:05 a1.index.sh
#421模式修改
$ chmod 644 a1.index.sh
$ ll a1.index.sh
-rw-r–r--. 1 root root 287 Oct 16 16:05 a1.index.sh
#ugo模式修改
$ chmod ug+x a1.index.sh
$ ll a1.index.sh
-rwxr-xr–. 1 root root 287 Oct 16 16:05 a1.index.sh
与之类似的还有chown与chgrp；
chown: Change owner
chgrp: Change group

29、passwd
passwd 修改密码，Linux密码要求大写字母开头，包含字母与数字组合，不能过于简单。
-l 使密码失效
-u 与-l相对，用户解锁
-S 列出登陆用户passwd文件内的相关参数
-n 后面接天数，shadow 的第 4 字段，多久不可修改密码天数
-x 后面接天数，shadow 的第 5 字段，多久内必须要更动密码
-w 后面接天数，shadow 的第 6 字段，密码过期前的警告天数
-i 后面接『日期』，shadow 的第 7 字段，密码失效日期

$ passwd
Changing password for user wangtong.
Changing password for wangtong.
(current) UNIX password:
New password:
Retype new password:
30、exit
退出登录，不要小看这个exit，exit是正确退出，最好不要直接点windows关闭窗口按钮退出，也不要使用ctrl+D给定退出信号退出。

总结
以上只是学习生物信息的基本掌握的一些命令，已经可以完成绝大部分的工作了，当然，技不压身，如果掌握更多的命令可以更好的完成工作。

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