2020.11.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 Dayhoff模型）

最新推荐文章于 2024-04-24 11:41:31 发布
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版权
  • Dayhoff模型
    • 第一步：可接受点突变（PAM）
      • 概念：在蛋白质被自然选择接受的单个氨基酸替换
      • 满足情况：
        • 基因发生DNA变异，使得基因编码另一种不同氨基酸
        • 整个种群都接受这种变化，改变后的蛋白质作为种群内蛋白质的优势形式
      • 可被接受的点突变：基于经验统计的保守性替换
        • 使用系统发育分析，将它们与推断的共同祖先进行比对。
      • 基于经验观察的氨基酸替换结果，描述了任意一对氨基酸对比对在一起的频率。
    • 第二步：氨基酸出现的频率
      • 为了计算一个蛋白质中比对好的氨基酸变成另一个氨基酸的概率，我们需要知道每一个氨基酸出现的频率。
      • <
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2021.11.21【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 中 ）
11-21 1539
5.3 寻找远缘相关蛋白质：位置特异性迭代BLAST（PSI-BLAST）和DELTA-BLAST PAM250矩阵给探测远缘相关蛋白质提供了一个更好的打分系统，可以改变打分矩阵来检测远缘蛋白质，但仍然有局限性： BLASTP检测到匹配蛋白，但是否同源并不明确。 PSI-BLAST 更深入地搜索数据库，以发现一个与你感兴趣地蛋白远缘相关的匹配蛋白。 比对的5个步骤： 使用某个打分矩阵对查询序列在一个目标数据库中进行搜索（同常规BLASTP） 基于成分的统计数据从起始搜索..
2022.01.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 上）
01-23 2360
学习目标 理解使用ClustalW进行多重序列比对（MSA）的三个主要阶段； 描述几种其他的多重序列比对（MSA）程序，了解他们的工作原理，比对它们与ClustalW的异同； 理解进行基准研究的重要性，并且理解关于MSA的几个基本结论； 理解关于基因组区域的MSA的几个问题。 6.1 引言 本章探讨MSA的一般性问题 介绍MSA的五种方法； 认识用于MSA的数据库，比如Pfam； 讨论基因组DNA的多重序列比对。 多重比对序列的定义 多重序列比对就是一组3条或者多条可
2021.12.19【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 下）
12-19 737
5.5 用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA 需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高 能在基因组DNA中找到外显子 比对时考虑基因组DNA包含的测序错误 有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题 有相应的算法解决DNA序列之间的小差异，如SNP位点 用标准集去评估基因组比对效果 时使用序列进化随机模型（ROSE）软件包船舰一个模拟序列集进行测试，可以得到全局比对工具LAGAN灵敏度最高，局部比对工具（如BLAST
2020.10.28【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第一章 引言）
10-28 1719
学习目标 定义生物信息学 解释生物信息学的范畴 解释为何球蛋白可以作为一个有用的例子阐释这一学科 描述何为基于网页和基于命令行的生物信息学手段 生物信息学定义 作者定义：使用计算机数据库和计算机算法来分析蛋白质、基因和组成生物体的所有DNA的完整集合（基因组）的学科。 美国国立卫生研究院（NIH）定义：研究、开发或应用计算工具和方法来拓宽对生物、医学、行为学或健康数据的使用，包括用于获取、储存、组织、分析和可视化这些数据的计算工具和方法 美国国家人类基因组研究所（NHGRI）定义：生物信
Bioinformatics生物信息学：序列和基因组分析.pdf
04-06
Bioinformatics生物信息学：序列和基因组分析.pdf 英文版
中国科技大学课件系列生物信息学.ppt
10-07
总结起来，生物信息学中的打分矩阵是序列比对的关键组成部分，通过统计和数学模型，它们能够量化氨基酸或核苷酸的相似性，帮助我们理解生物大分子的进化关系，以及在基因和蛋白质水平上的功能相似性。在生物信息学的...
生物信息学考试版.pdf
10-06
在生物信息学的基础知识中，我们还需要了解人类基因组计划的目标，包括遗传图、物理图、序列图和基因图的构建，以及人类基因组的大致组成：约32亿个碱基对，约3万个编码蛋白质的基因，占据总序列的1.5%到2%。...
Bioinformatics.Sequence.and.Genome.Analysis.-.David.W.Mount
09-30
### 生物信息学：序列与基因组分析 #### 历史引言与概述 《生物信息学：序列与基因组分析》一书由David W. Mount撰写，旨在为读者提供一个全面理解生物信息学领域内序列分析方法发展的历史视角，并概述了本书各...
记PAM250矩阵的自乘
u011919863的博客
12-21 6678
1978年，Margaret Belle (Oakley) Dayhoff教授给出了一个PAM矩阵，这个矩阵实际上是一个概率表，就是每一个氨基酸突变成另一个氨基酸的概率是多少，由于没有足够多的序列和理想的比对算法，她选择了相似程度非常高（≥85%）的蛋白质序列集。在统计了1572个突变点之后，她总结出了每一个氨基酸突变成另一个氨基酸的概率表，就是PAM1矩阵。       
PAM矩阵-可接受点突变得分矩阵
深未来技术
12-30 2940
蛋白质致病突变的计算方法(五)
最新发布
Daisy4的博客
04-24 338
Wu et al.系统地分析了20种不同遗传疾病的突变，并报道了每种可能突变的频率。从图4的数据可以看出，从发病情况来看，E→K、G→R、R→C、R→H、R→Q、R→W等特异性突变在疾病中较为普遍。图 4与遗传疾病相关的一组蛋白质的突变偏好。矩阵的每个元素表示氨基酸突变的数量(从列到行)。最高频率的2.5%用红色表示，2.5-12.5%用橙色表示，剩余的非零单元格用黄色表示。
双序列比对的基础之PAM矩阵
weixin_43770577的博客
01-27 6431
双序列比对的基础之PAM矩阵  PAM矩阵的记分方法是基于蛋白序列中单点可接受(point accepted mutation, PAM)的概念，通过对蛋白质进化模式的研究而建立的。 PAM矩阵是由Dayhoff等人构建了与71个家族的序列关联的假想系统发育树，其中每对序列间的差异不超过它们残基总数的15%，用简约法建树，统计相似序列比对中的替换发生率来得到的。即，构建一个序列间相似度很高(通常...
序列比较（上篇）
qq_40459859的博客
06-04 4253
认识序列 蛋白质序列 由20个不同的字母（氨基酸）排列组合而成。 核酸序列 包括DNA序列和RNA序列。由4个不同的字母（碱基）排列组合而成。 FASTA格式 第一行：大于号加名称或其它注释。 第二行以后：每行60个字母（也有80的，不一定）。 序列相似性 数据库中的序列相似性搜索 对于一个蛋白质或核酸序列，你需要从序列数据库中找到与它相同或相似的序列。不可能再用眼睛去比较每一对序列，因为数据库中有太多序列，甚至用眼睛去比较一对序列都是不可能做到的。 序列相似性的重要性 相似的序列往
2021.07.30【WGS/GWAS】丨全基因组分析全流程(上)
07-30 4428
目录摘要命令行三级目录 摘要 时隔半年，终于把WGS前面的分析用snakemake搭建好了。读者不要嫌我慢，确实是项目不多，流程也不算特别复杂。之前的shell脚本也能用，因此迟迟没有真正搭建。现在项目慢慢多了，考虑到提升工作效率，趁着前几天做了2个WGS的项目，把这个流程梳理出来。 命令行 #vim: set syntax=python #__author__ = "Yang Xin" #__copyright__ = "Copyright 2021, Wang lab" #__email__ = "4
PAM（Point Accepted Mutation）矩阵是一种用于比较蛋白质序列相似性的矩阵
BLOG域名:programb.blog.csdn.net
02-24 1689
在蛋白质比对过程中，根据PAM矩阵中的替代概率，可以评估两个蛋白质序列之间的相似性，并找到最佳的序列比对结果。PAM矩阵的构建基于一个假设：蛋白质序列的演化是一个渐进的过程，即在演化过程中，氨基酸的替代发生的概率是相对稳定的。PAM矩阵中的每个元素表示两个氨基酸之间的替代概率。PAM矩阵中的每个元素表示了两个氨基酸之间的替代概率，数值越大表示替代的可能性越低，数值越小表示替代的可能性越高。在比对过程中，根据PAM矩阵中的数值，可以计算出两个序列之间的相似性得分，从而确定它们的进化关系和可能的结构功能。
BLAST背后的知识(一点原理)
keepaware的博客
07-16 5962
本文简要介绍了一下生物信息学常用的BLAST工具的基本原理和使用的算法，并顺带提了一下BLAST一般会用到的各种替换计分矩阵。希望能帮助到大家！
氨基酸替换矩阵
qq_29423387的博客
02-26 4774
得分矩阵PAM与BLOSUM的比较与区别 对于蛋白质序列，计分矩阵主要用于记录在做序列比对时两个相对应的残基的相似度，一旦这个矩阵定义好了以后，比对程式就可以利用这个矩阵，尽量将相似的残基排在一起，以达到最好的比对。 得分矩阵主要有两种，第一种就是PAM（Point Accepted Multation)，另一种就是BLOSUM。 1、PAM矩阵（Point Ac...
php+mysql实现在线测试：可观测点突变矩与生物信息学应用
章节内容涵盖了序列分析、比较、基因组测序、分子进化以及蛋白质结构和功能预测等多个方面，展示了生物信息学在现代高通量测序技术背景下如何应用于实践，如小RNA分析和遗传多态性检测。 随着技术的发展，作者樊...
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