2023.11.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 下）

6.4 多重序列比对数据库

Pfam：基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库

SMART：简易分子构型研究工具，与细胞信号传导、细胞外结构域以及染色质功能相关的蛋白质家族数据库

保守结构域数据库（CDD）：基于序列或文本对Pfam和SMART进行查询，鉴别序列中的保守结构域

多序列比对数据库整合平台：InterPro和iProClass

6.5 基因组区域的多重序列比对

基因组区域与传统多重序列比对的差别
序列数目少，但序列更长
远缘物种通常包含明显的岛状保守区段，产生了关于多重序列比对中“锚”的思想
真核生物存在很多重复区域
出现大片明显的染色体缺失或倒位
基因组的比对没有基准集

使用UCSC分析基因组DNA比对

使用Galaxy分析基因组DNA比对
比对提取器：检索，裁剪感兴趣的