多个性状的曼哈顿图合并如何做？

这里，我们用示例数据，介绍一下CMplot对多个性状进行曼哈顿图。

出图的示例：

1. 数据准备

这里用CMplot的示例数据，数据格式：

行头分别是：

• SNP，SNP名称
• Chromosome，染色体的名称
• Position，物理位置
• 其它几列是不同性状的P值，比如这里分别是trait1，trait2，trait3三个性状的P值

这里，随机选择10000个位点，进行作图：

# 挑选10000个位点
library(tidyverse)
set.seed(123)
dd = pig60K %>% sample_n(10000)

2. 绘制单性状曼哈顿图

这里，选择前四列，第四列为trait1的P值。

阈值为0.05/SNP的个数。

CMplot(dd[,1:4],plot.type = "m",threshold = c(0.05/nrow(dd)))

3. 多个性状合并曼哈顿图

这里，将multracks = TRUE，设置一下，出两个图，一个是按照顺序叠加图，一个是同一个坐标下合并图。

CMplot(dd,plot.type="m", 
       threshold=c(0.05)/nrow(dd),
       multracks=TRUE, 
       file.output=TRUE)

叠加图：
三个性状的曼哈顿图，按照顺序进行了合并。最上面为trait1，中间为trait2，下面为trait3.

合并曼哈顿图：

三个性状的曼哈顿图合并到了一张图上，用不同的颜色表示。蓝色的为trait1，黄色的为trait2，紫色的为trait3

4. 去掉多性状曼哈顿图的图例

CMplot中没有专门去掉图例的参数，但是可以设置：trait.legend.ncol 去指定图例的位置，设置比较大时，图例就不显示在图片上了，比如：

CMplot(dd,plot.type="m", 
       threshold=c(0.05)/nrow(dd),
       multracks=TRUE, cir.legend = FALSE,
       trait.legend.ncol = 120,
       file.output=TRUE)

5. 应用场景介绍

同一个性状，在不同的环境中定位了GWAS显著性位点，想着曼哈顿图上看一下相关趋势，将不同环境的结果合并在一起，用不同的颜色表示，更直观。

多个性状，有遗传相关，通过合并曼哈顿图的形式，展示趋势，更直观。