利用DIALS软件进行晶体结构解析流程（一）

做晶体结构解析即Data processing通常用的软件有HKL和XDS。本文主要介绍一下如何使用DIALS进行衍射数据的处理。因为有时候如果XDS等软件解析不出来或者有问题，可以利用DIALS重新处理，能起到一个备选方案或者比较的作用，大致思路和流程基本上是一样的。
##第一步数据导入：Import

$dials.import data_path/data     #可以是.cbf格式文件，如果线站为SSRF的10U2，则可能需要再指定一下轴:axes=0,1,0

输出文件为imported.expt，可通过dials.image_viewer进行查看：

$dials.image_viewer imported.expt     ##通常用Adxv查看可能会更方便一点

##第二步 Find Spots:

$dials.find_spots imported.expt nproc=40  ##nproc为可选项，主要是用来设置进程数，根据服务器实际情况来定，我一般设置为40

输出文件为strong.refl，输出的log信息末尾中可通过“*”评估点强弱的均一性，若需要删除一些点强度波动比较大的Images,可以在上一步导入数据时，加上image_range的选项: image_range=1,500 (e.g.), 然后重新Find spots；若数据有很多冰环，此步可考虑通过ice_rings.filter选项来过滤掉冰环的影响：ice_rings.filter=True （默认为False）

##第三步 Index:

$dials.index imported.expt strong.refl 

输出文件为index.expt和index.refl。输出的log信息中，主要关注rmsd,一般在0.2或0.3左右，%index一般大于80%，Metric fit 一般小于0.1。

##第四步 Refine:

$dials.refine index.expt index.refl ##log信息中同样关注rmsd，一般不高于1

输出文件为refined.expt和refined.refl

##第五步积分 Integrate:

$dials.integrate refined.expt refined.refl nproc=40 ##默认用P1空间群去做积分。此处也可以设置一下进程数

##第六步输出用于CCP4进行Aimless，即做scale 和 merge 的mtz文件：

$dials.export integrate.expt integrate.refl mtz.hklout=integrate.mtz  ##integrate.mtz文件即为设置的输出文件

###参考官网Tutorials：
https://dials.github.io/documentation/tutorials/index.html#