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RSS订阅转载 Discovery Studio简介
discovery studio 简介 discovery studio是基于windows/Linux系统开发的面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境工具，服务于众多实验生物学家、药物化学家、结构生物学家等等，是非常强大且可靠的科研工具。特别是在最新的流程管理平台Pipeline Pilot基础上让数据能够共享和交流，使得我们的科研人员并不是一个人在研究，你可以和同样实用软件的用户进行交流，非常方便。 discovery studio 4.5还细分了众...
2020-12-05 21:52:23
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原创 Discovery studio使用之DNA建模
DNA建模通常是利用3D-DART, 但是现在3D-DART网站已经无法进入。如果还想用它进行DNA建模，需要通过docker container去运行它:https://github.com/haddocking/3D-DART-server/这里介绍如何利用Discovery studio软件对DNA进行建模。Tools—>Macromolecules—>Build and Edit Nucleic Acid左边设置中可以选择DNA的延伸方式（默认为向3‘端延伸），DNA类型（单链还
2020-12-05 21:27:58
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原创 Fatal error:No line with moleculetype ‘SOL‘ found the [molecules] section of the file ‘topol.top‘
在利用gromacs进行动力学模拟过程中，添加离子时出现报错信息：Fatal error:No line with moleculetype ‘SOL’ found the [molecules] section of the file ‘topol.top’而检查文件时发现topol.top正常。此时原因可能是由于拓扑文件在windows系统下处理过，行尾标记有问题。解决方案：用dos2unix工具处理一下拓扑文件。参考资料：https://www.cnblogs.com/luojinping
2020-12-05 20:59:20
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原创 sed命令抽离模拟结束后gro文件里的溶剂
在gromacs分子动力学模拟结束以后，可以将.gro文件转换成.pdb文件，然后抽掉里面的溶剂和离子进行后续的分析。可以使用sed命令抽掉溶剂分子，十分简单快捷。gmx editconf -f md_0_1.gro -o md_0_1.pdb #文件转换sed -i "/SOL/d" md_0_1.pdb #删除含有SOL所在的行最后可以再手动抽掉离子即可。...
2020-12-03 22:21:34
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空空如也
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