Pymol-电子密度图展示方法-PDB数据库已发表结构和自己晶体解析得到的结构密度图

简单来说，想要用PyMol展示电子密度图可以归为以下两种：

一是展示PDB数据库中已发表数据的结构和Map的方式

以6sps.pdb为例，在pymol中导入该数据密度图时，可以无需下载对应的密度文件，直接用fetch即可：

PyMOL> fetch 6sps
PyMOL> fetch 6sps, type=2fofc

接下来就可以通过isomesh命令对其map进行各种自定义展示了。
例如：

PyMOL> isomesh mesh_all, 6sps_2fofc
##显示所有的map

PyMOL> isomesh mesh_lig, 6sps_2fofc, 1.0, selection=(resn LR5), carve=2
##显示LR5这个配体2A范围内的map

上述两个例子的mesh_all, mesh_lig都是自定义新对象的名字，6sps_2fofc为导入的map名，1.0代表设置的map level，selection为选择想要显示的对象，carve为设置显示多少埃范围内的map。

例如还想展示5A范围内的map以及对应的残基：
将上述的carve值改为5，
选中配体并重命名(假设为lig) 后:

select interact, lig around 5
set stick_radius, 0.25
##新建了一个interact对象，Show as为Sticks，可通过set stick_radius调整粗细

二是展示自己晶体数据解析后的结构和Map的方式

蛋白晶体结构解析和优化完后得到的mtz并不能直接用于pymol展示，需要通过CCP4中的FFT程序进行转换。设置如下，输出的格式注意改为.ccp4结尾。然后就可以导入pymol并通过isomesh命令进行可视化展示了。

参考资料：

https://pymolwiki.org/index.php/Isomesh
https://www.ucl.ac.uk/~rmhasek/pymol.html