python脚本一键重置PDB文件中蛋白的bfactor值

本文主要介绍如何一键修改PDB文件中的bfactor值，并附完整的python代码

在晶体结构优化过程中，有时候由于蛋白的bfactor过高，蛋白链会出现大片奇奇怪怪差值密度的情况。这时候可以尝试在优化前对bfactor进行重置，奇怪的差值密度可能会有所改善。
在pdb文件中，手动修改bfactor这一列值会比较麻烦，尤其是序列比较长或者多条肽链的情况，修改起来会比较费时间。这里我借用Biopandas模块写了一个python脚本去实现：

'''
Usage: python reset_bfactor.py -p XXXX.pdb -b bfactor

'''
import argparse
from biopandas.pdb import PandasPdb
parser = argparse.ArgumentParser(usage='python reset_bfactor.py',description='')
parser.add_argument("--pdb", "-p", action="store",dest='pdbpath', help="please input pdb file,such as XXX.pdb")
parser.add_argument("--bfactor", "-b", action="store",dest='targetB', help="please input target bfactor value, such as 30.00")
args = parser.parse_args()

pdbpath=args.pdbpath
bfactor_value=args.targetB


data = PandasPdb().read_pdb(pdbpath)

##pdb文件信息存储在data类的df属性中。data.df是一个字典，其保存有pdb格式中常见的这几种record type：'ATOM', 'HETATM', 'ANISOU', 'OTHERS'
data.df.keys()
##取出pdb中的‘ATOM' and 'HETATM' record type来操作
df_ATOM = data.df['ATOM']
df_HETATM = data.df['HETATM']

df_ATOM['b_factor'] = float(bfactor_value)
df_HETATM['b_factor'] = float(bfactor_value)

##把原data中的df变为修改后的df
data.df['ATOM'] = df_ATOM
data.df['HETATM'] = df_HETATM
##调用”to_pdb"方法保存为新的pdb文件
data.to_pdb('out.pdb')