Maxit: 实现PDB chain ID(s)自动重排

这里给大家介绍一个非常实用的程序: MAXIT Program Suite

尤其是对于需要上传PDB的结构。

Maxit suite was developed by the PDB，它的功能除了可以实现格式之间的转换之外，最主要的是可以用它来进行蛋白链的重排，实现配体和溶剂分子(if they exist)自动位于对应的蛋白链之后的目的，无需在coot里手动调整。

首先是下载安装

下载链接：https://sw-tools.rcsb.org/apps/MAXIT/source.html
解压安装

$zcat maxit-v11.100-prod-src.tar.gz | tar -xf-
$cd maxit-v11.100-prod-src
$make binary  ##需要编译一下

设置环境变量

##For Bourne shell users:
$vi .bashrc
RCSBROOT=/home/ty/maxit/maxit-v11.100-prod-src
export RCSBROOT
export PATH="$RCSBROOT/bin:"$PATH

PDB chain ID(s)自动重排的命令

$process_entry -input inputfile -input_format pdb -output outputfile -output_format pdb -log logfile

一般是修完结构以后最后一轮优化前，运行它。