在下了sratoolkit 软件后,我们首先创建一个fastq目录
mkdir fastq
fqdir=/home/centos/fastq
#此处的绝对路径可在进入fastq目录后用pwd显示出绝对路径,然后用fqdir=绝对路径
然后先转换单个文件
/home/centos/software/sratoolkit/bin/fastq-dump --gzip --split-3 -O ${fqdir} SRRxxxx
#此处我不能直接调用fastq-dump,因此需要在前面加入绝对路径
#--gzip是将输出fastq文件变为gz格式,方便节省空间
#--split-3 是把文件分成两个文件输出
#-O 输出文件名,前面设置了{fqdir},因此生成的文件会被直接放入fastq中