clusterprofile进行ID转换

之前用的比较多的biomart
这里记录一下clusterprofile的ID转换功能
需要clusterprofile包

#查看支持的ID转换类型
keytypes(org.Hs.eg.db)

#转换ID
geneid<-bitr(rownames(expr), fromType='ENSEMBL', toType='SYMBOL', OrgDb='org.Hs.eg.db', drop = TRUE) #去除空值
geneid

#注释ID
#挑出表达文件中数据库中有的基因的所有行
expr = expr[ rownames(expr) %in% geneid[ , 1 ], ]
geneid = geneid[ match(rownames(expr), geneid[ , 1 ] ), ]
rownames(expr)<-geneid$SYMBOL
expr[1:5,1:5]

参考链接：http://www.360doc.com/content/19/0506/00/30846661_833639624.shtml

setwd("/Users/Desktop/xx")
expr<-read.table("xx.txt",sep="\t",header=T,check.names=F) 
rownames(expr)=expr$gene_id
keytypes(org.Hs.eg.db)
geneid<-bitr(rownames(expr), fromType='ENSEMBL', toType='SYMBOL', OrgDb='org.Hs.eg.db', drop = TRUE) #去除空值
geneid
head(geneid)
colnames(expr)[1]="ENSEMBL"
c=merge(expr,geneid,by="ENSEMBL",all=T)
write.table(c,"rxx.txt",sep="\t",quote=F,row.names=F)

如何卸载R
https://osxuninstaller.com/uninstall-guides/uninstall-r/