蛋白质互作数据库

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最早关注蛋白质互作网络，是在来GDMC第一年的时候，中间停了半年看互作-各种算法，网络分析停滞不前，没想到搞到最后，还是和网络碰到了一起，我总是会潜意识走近给自己第一印象不错的object，包括人。

用PPI来做证据，当然要选择证据性最强的网站，先列表如下：
1. DIP (database of interacting proteins)
     http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi 在页面点击
   Search by:[protein] [sequence] [motif] [article] [pathBLAST] 选项。如果搜索配体-受体相互作用，进入DLRP。
   经实验证实的PPI，高度可信

2. BIND (biomolecular interaction network database)
    www.bind.ca ， http://bond.unleashedinformatics.com/Action? 需要注册。

3.BioGRID (database of protein and genetic interaction)
     http://thebiogrid.org/ 首页可直接search。

4. I2D
       http://ophid.utoronto.ca 或 http://ophid.utoronto.ca/navigator/index.html
     有相互作用网络图
      这个试过，写详细些。例如查NF-κB，需要先查到其正式名称，如其一个亚基为nuclear factor NF-kappa-B，然后进入UniProt ( http://www.uniprot.org ), 查到accession number为P19838（human），粘贴在搜索框即可，用名称搜索也可，但是名称要准确、要全称，拿不准的话还是用accession number好些。结果用选项卡download下载，需要填写e-mail信息，然后系统向e-mail发送链接，用此链接下载文件。文件需用网站的NAViGaTOR软件打开，可从visualization选项卡免费下载，一般选用“For Microsoft Windows”这个版本。

5. IntAct molecular interaction database
    网址 http://www.ebi.ac.uk
   search选项下有ontology search；尚可预测pull down的最佳诱饵蛋白；鼓励在文献发表之前向该数据库直接提交PPI 信息

6. HPRD （human protein reference database）
     http://www.hprd.org
     只收录人的PPI，来源于文献挖掘的最大的人PPI数据库，有PTM(翻译后修饰)、亚细胞定位、结构域等信息。点击query进入搜索。
     有PhosphoMotif Finder ，在 http://www.hprd.org/PhosphoMotif_finder 。
     信号通路，在NetPath， http://www.netpath.org/ 。

7. MINT (molecular interaction database)
     http://cbm.bio.uniroma2.it/mint/index.html 或 http://mint.bio.uniroma2.it/mint/Welcome.do
    主要储存哺乳动物的PPI，包括人、大鼠、小鼠等物种。

8. PSIMAP (Prostein Structural Interactome Map)
     http://psimap.org

9. STCDB （Signal Transduction Classification）
     信号转导分类信息。 http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/stcdb/
     尚有其他工具： Genome Comparison，alignments，Primer Design，RNA Studio，Evolutionary Relationships

  RNA Studio下的工具（选）： KnotInFrame —— Prediction of -1 ribosomal frameshifts
                                 Locomotif —— RNA motif search
                                 paRNAss —— predict conformational switching in RNA
                                 pKiss —— secondary structure prediction including kissing hairpin motifs
                                 RapidShapes ，RNAhybrid， RNA Movies等。