tradeSeq是同一团队做的R包,主要功能有:
(1)比较不同conditions的lineages.例如一组mock stimulation, 一组TGF stimulation,检验两个lineages是否分布相同,如果不相同,可以做差异分析
(2)同一个lineage的不同branch,也可以做差异分析
bioconductor workshop讲解,很好
https://www.youtube.com/watch?v=Fbd08bIv4yk
tutorial 作者提到里面一些功能还处于beta版(2020年时, v0.9),可以从github安装。bioconductor上成熟的功能也不少,应该是已经发布了(v1.8)。
另外,在本教程中,integration等上游分析用的Seurat,核心slingshot又回归到了SingleCellExperiment-bioconductor体系,之中有两句代码完成了从seurat到sce的转换
本文章将综合bioconductor-tradeSeq上的三个教程,完成slingshot拟时序分析-tradeSeq差异分析的pipeline。分成两个部分:(1)tradeSeq的workflow(2)拟合模型时的特殊注意事项。
- 概述
示例数据集为展示上皮-间质转化的细胞,一组TGF刺激,