【CytoTRACE】trajectory reconstruction analysis

cytotrace有网页端和R包。

CytoTRACE

web端分析,分为单个dataset和多个需要整合的dataset.单样本主要用CytoTRACE功能,多样本、多batch、甚至10x和smart-seq2这种不同平台的，用conbat进行批次效应去除。

对于前者（单样本）需要：

1，表达矩阵，首行为细胞名，首列为基因名。不要pre filter genes，也不要normalization（但是log2，TPM可以，只要表达量不要出现负值就行）

A1那格可以瞎填一个 

2，phenotype table。第一列是细胞id，与表达矩阵相对应。第二列是cell label。注意此表不要包括headers

对于后者（多个样本），每个dataset各自准备好上述两个文件即可，多余5个dataset只能用R包分析。

代码版：

不少单细胞的包本身集成了python模块的机器学习，学好R reticulate包可以无痛安装这些包