科研绘图系列：R语言基因PPI互作网络图（PPI network plot ）

已于 2025-03-01 08:00:24 修改
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分类专栏： SCI科研绘图系列 文章标签： r语言 数据分析 数据挖掘 数据可视化
于 2024-08-30 10:08:58 首次发布
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网络药理学，利用R语言绘制基因相互作用网络图
DAT｜R科学与人工智能
09-07 665
在网络药理学中，R语言的igraph和ggraph包是两个非常强大的工具，它们分别用于图形分析和网络可视化。
R 语言PPI网络
Mrrunsen的博客
02-05 2322
一般来说网络图都是R语言导出数据放入cytoscape里面绘制，今天想试试在R语言内部去画，确实有相应的R包(igraph)可以做，不是专门针对PPI网络来的，自己组织一下数据可以画。 尤其是基因数量比较少的情况下，还是很好用的，省掉手动点鼠标的重复操作。要是基因数量多了，可能会有基因重叠，得把图导出去修改，就不如cytoscape里直接拖动方便了。 1.输入数据 string_interactions.tsv是从string网页下载的PPI网络输出结果文件。图上基因的颜色是按照上下调来分配的，在这个
R高级绘图 | 不用 Cytoscape 也能绘制精美的蛋白互作（PPI）网络图啦！| STRING 网站 + R 代码
weixin_43843918的博客
09-19 3445
在进行 PPI 网络图绘制时，我们通常会将 **STRING 网站与 Cytoscape 软件**结合使用。但是经常有小伙伴们苦恼，不太会用 Cytoscape 软件进行处理可咋整呐！
ios 部分string颜色_R语言可视化STRING分析的蛋白互作网络（PPI）
weixin_35662670的博客
12-20 917
使用STRING构建蛋白互作网络（PPI）STRING 链接 https://string-db.org/ 数据集我使用R语言包clusterProfiler中经常用作示例的基因列表 获取gene symbol的代码library(clusterProfiler) help(package="clusterProfiler") library(DOSE) data(geneList) geneLi...
300+SCI科研绘图系列教程（R和python）提供完整的数据和代码
最新发布
专注生信领域
11-08 875
300+SCI科研绘图系列教程（R和python）提供完整的数据和代码
用R的igraph包来画蛋白质互作网络图 | PPI | protein protein interaction network | Cytoscape...
weixin_34352449的博客
03-22 7367
igraph语法简单，画图快速。 Cytoscape专业，个性定制。   最终效果图：  当然也可以用Cytoscape来画。       参考：Network visualization with R Cytoscape http://www.360doc.com/content/17/0305/22/19913717_634279918.shtml  ...
R语言绘制无向的、颜色齐全的网络连通图
临风暖阳的博客
08-07 269
笔者主要介绍R语言绘制无向的、节点和边颜色齐全的网络连通图
KEGGgraph : 根据kgml 文件从pathway中重构出基因互作网络
庐州月光的博客
03-15 2269
KEGGgraph 包可以解析kgml 文件，从中得到不同对象之间的网络结构，并在此基础上进一步挖掘其中的信息。KEGGgraph 包提供了以下3种基本功能：将kgml 文件转换为基因互...
基因互作网络分析图
kerry_ma的博客
05-19 1万+
材料：差异基因的 “Gene Symbol”
用R语言构建蛋白质相互作用网络
TechChamp的博客
08-29 1593
通过使用R中的igraph包，我们可以方便地进行PPI网络的构建、可视化和分析。一旦我们构建了PPI网络并进行了可视化，我们就可以进行更深入的分析。上述代码将绘制一个简单的PPI网络图，其中节点表示蛋白质，边表示它们之间的相互作用关系。节点的标签将显示蛋白质的名称，节点的大小和颜色可以根据需要进行调整。假设我们已经有了一个名为"ppi_data.csv"的边列表文件，其中包含了蛋白质相互作用的信息。通过使用这些函数和算法，我们可以对PPI网络进行更详细的分析，并获得有关蛋白质相互作用网络特征的信息。
R语言生信图表学习之网络图
BtyqProgram的博客
09-17 426
R语言提供了强大的工具和库，可以用于创建、可视化和分析网络图。本文将介绍如何使用R语言绘制生信网络图，并提供相应的源代码。库提供的函数来绘制网络图，并可以进行一些自定义设置，如节点颜色、大小，边的颜色、宽度，以及图的标题和标签等。通过以上步骤，我们可以使用R语言绘制生信网络图。然后，我们创建一个空的网络图对象，并添加节点和边。希望以上内容能帮助到您，如果您有任何进一步的问题，请随时提问。在上述代码中，我们首先创建了一个空的网络图对象。函数添加了边，边的连接关系由。函数设置节点的大小和颜色，
Python版WGCNA分析和蛋白质相互作用PPI分析教程
weixin_43682390的博客
07-29 1140
在前面的教程中，我们介绍了使用omicverse完成基本的RNA-seq的分析流程，在本节教程中，我们将介绍如何使用omicverse完成加权基因共表达网络分析WGCNA以及蛋白质相互作用PPI分析。
跟着Cell学作图|9.PPI分析(GeNets数据库)
weixin_45822007的博客
05-04 5731
9.PPI分析(GeNets数据库)“实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习R语言的最好办法。”DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.032这篇2020年发表在cell...
【通俗理解】生物信息学数据分析——火山图、富集分析与PPI网络构建
神经美学_茂森的博客
08-26 2382
火山图 #富集分析 #PPI网络 #R语言 #生物信息学。
差异表达分析和PPI网络图构建
BioinfoDu
02-18 1122
在原文中，作者获得285个DEG，在此推文中共获得601个DEG。小杜的猜想是标准化的水段不同的原因吧，或是其他的原因。此外，惊奇的发现发表医学类的文章在附件中都不提供相关的信息文件，如DEG数据、GO、KEGG富集信息，或是其他相关的文件。唉！！！难道是怕别人复现结果不一致？仅仅提供对读者不关心的文件信息，我们猜想，这是不是期刊要求必须有附件，所以才产生两个文件呢？？？？20240218若我们的分享对你有用，希望您可以，这是对小杜最大的支持。
图网络常用数据集总结——Cora, CiteSeer, PubMed, PPI, BlogCatalog, Yelp
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weixin_43580130的博客
05-06 2万+
Cora数据集(引文网络)由机器学习论文组成，是近年来图深度学习很喜欢使用的数据集。该数据集共2708个样本点，每个样本点都是一篇科学论文，所有样本点被分为8个类别，类别分别是： 1）基于案例；2）遗传算法；3）神经网络；4）概率方法；5）强化学习；6）规则学习；7）理论 每篇论文都由一个1433维的词向量表示，所以，每个样本点具有1433个特征。词向量的每个元素都对应一个词，且该元素只有0或1两个取值。取0表示该元素对应的词不在论文中，取1表示在论文中。所有的词来源于一个具有1433个词的字典。 每篇论文
Android开发之显示篇（弄懂ppi、dpi、pt、px、dp、dip、sp之间的关系看这一篇就够了）
ShuSheng007的程序人生
12-25 3326
First what do they stand for? sp stands for scale-independent pixels. dp or dip (just use dp in your code if you’re cool) stands for density-independent pixels. What is the difference between the tw...
R语言数据可视化教程（ggplot2）_输入图形以展示
小哲的博客
06-01 5316
# 第14章 输出图形用以展示# 一般而言，数据可视化为两个目标服务：发现和沟通。# 14.1 输出为PDF矢量文件# 有两种方法输出PDF文件。一种方法是，使用pdf()打开图形设备，绘制图形，然后使用dev.off()关闭图形设备。这种方法适用于R中的大多数图形，包括基础图形和基于网格的图形# width(宽度)和height(高度)的单位为英寸library(ggplot2)pdf("3dp...
通过NetworkAnalyst在线服务构建PPI网络
庐州月光的博客
11-07 6793
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! NetworkAnalyst是一个在线网站，通过该网站可以方便的分析基因表达谱数据，比如聚类，差异分析，富集分析等等，而且可以基于基因来构建各种相互作用网络，该网站的地址如下 http://www.networkanalyst.ca/faces/home.xhtml 输入数据可以是基因或者蛋白的列表，也可以是基因在所有样本中表达量的表格。对于表达量数据，支...
网络分析-入门实验 R语言-igraph-斯坦福大学
u011644858的博客
01-17 1万+
文章原来地址来源：https://sna.stanford.edu/lab.php?l=1 入门实验室 ＃这个实验的重点是向学生介绍两个包SNA和 Igraph，以涵盖一些基本的R命令，加载和管理数据，以生成图形可视化，并导出数据在别处使用。 所有需要安装的包的地址如下，建议直接安装 source(“http://sna.stanford.edu/setup.R“) install.pa
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