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爱基百客
这个作者很懒,什么都没留下…
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ChIP-seq项目文章 | Adv Sci&转录因子FOXK1通过驱动小管上皮细胞糖酵解促进慢性肾脏疾病
为了确定单个FOXK1 IDR对相分离的贡献,作者使用mEGFP-tagged质粒生成了三种肽:含有第一个IDR的肽(FOXK11-133),含有第二个IDR的肽(FOXK1210-303),以及含有第三和第四个IDR的肽(FOXK1415-733)。细胞内生物大分子,如蛋白质和核酸,通过LLPS的物理化学机制自组装成液体状凝聚物,它提供了基本上无膜的隔间、浓缩和分离的细胞成分,以实现一系列独特的生理功能,包括活细胞中的转录活动。然而,在纤维化肾脏的背景下,仍然缺乏支持TECs强劲糖酵解的直接证据。原创 2024-08-28 11:50:34 · 850 阅读 · 0 评论 -
项目文章 | Plant Cell &转录因子ChIP-seq助力解析瓜类果实长度相关的调控新机制
结果显示,在4个含有纯合CsSEP22667T等位基因(长果实)的近等基因系中,CsCRC的表达水平显著高于含有纯合CsSEP22667A等位基因(短果实)的近等基因系(图6D),这与之前报道的CsCRC在果实长度变异中的积极作用一致。的显著转录抑制,而在CmSEP2HAP1和CmSEP2HAP2之间未检测到差异(图7D),这与CmSEP2HAP3中的果实长度长于CmSEP2HAP1和CmSEP2HAP2的表型数据相一致,表明只有C端中的7638G/A-SNP调节甜瓜中的果实长度(图7A-B)。原创 2024-08-26 11:44:39 · 786 阅读 · 0 评论 -
项目文章PBJ | 转录因子ChIP-seq助力揭示真菌与水稻互作抑制水稻免疫的新机制
在利用大肠杆菌纯化的重组OsWRKY31-GST和UvSec117-His进行的pull-down实验中,OsWRKY31-GST被包被有UvSec117-His的His磁珠拉下(图1c)。1、DNA结合蛋白和基因表达调控:通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白(如转录因子)的结合位点,然后与转录组数据结合分析,可以获得转录因子直接调控的靶基因,为全面理解转录因子调控功能提供依据。基于DNA-蛋白质复合体在聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)中的迁移率不同,检测活化的与DNA结合的蛋白转录或调节因子。原创 2024-08-22 11:38:59 · 440 阅读 · 0 评论 -
项目文章 | 一套转录因子ChIP-seq数据,2篇一区SCI?快来瞅瞅
这两篇SCI论文的发表,为我们提供了一个宝贵的启示:即使是同一套ChIP-seq数据,通过不同的视角和分析策略,也能够揭示出不同的科学问题。整体来看,本文的研究思路是通过一系列体外和体内实验,系统地研究了AMPK/FoxO3a信号通路在能量应激条件下对铁死亡的调控机制,并探索了TFP作为潜在的神经保护剂的作用。通过这一系列的研究步骤,本文揭示了FOXO3a在微胶质细胞中对PPAR-γ的调控作用,并阐明了其在神经炎症和抑郁症发展中的潜在机制,为开发新的抗抑郁治疗策略提供了科学依据。原创 2024-07-22 13:47:41 · 633 阅读 · 0 评论 -
项目文章|EMBO J(IF=9.4):16S+代谢组解析肠道菌群代谢物改善高脂饮食诱导的胰岛素抵抗机制
通过Akt-SPARK报告基因检测了胰岛素刺激下ECs中Akt活性的变化,显示HFD喂养的小鼠肠细胞中Akt活性降低,而补充TA或过表达CRTC能够恢复这种活性(Fig.7A,B),同时,TA补充或CRTC过表达也能显著恢复HFD喂养果蝇的肠细胞中的胰岛素敏感性(Fig.7C),进一步实验证实了这些处理能够抑制HFD引起的系统性高脂血症(Fig.7D)。在 ND(正常饮食)或HFD(高脂饮食)喂养4天后,肠道中中性脂质水平的定量检测发现,仅4天的HFD就足以增加肠道脂质水平(Figs.1G),ECs中的。原创 2024-07-15 11:38:06 · 856 阅读 · 0 评论 -
ChIP项目文章CMI(IF=24.1)|IRF1激活可促进辐射诱导的细胞死亡和炎症反应
IRF1缺陷小鼠表现出正常发育和正常皮肤结构(图6.D),与IRF1+/+和IRF1+/-小鼠相比,IRF1−/−小鼠表现出较轻的辐射诱导的皮肤损伤及炎症浸润(图6.E、F),与辐射的WT小鼠相比,IRF1基因敲除小鼠辐射皮肤组织中IL-7和IL-21的浓度显著降低(图6.G),IRF1的敲除显著影响了淋巴细胞的增殖、分化和活化以及组织重塑(图6.H),并且对部分x射线诱导的皮肤损伤具有保护作用(图6.I-K),促进了联合损伤模型中的伤口愈合(图6.L-N)。原创 2024-07-11 11:53:57 · 689 阅读 · 0 评论 -
项目文章 | Cell Reports&ChIP-seq和RNA-seq联合鉴定伯克霍尔德氏菌毒性的重要调节因子
群体感应也是许多病原微生物完全发挥其毒力所必需的,有研究表明伯克霍尔德氏菌可利用顺式-2-十二烯酸(Burkholderia DSF,BDSF)和N-酰基高丝氨酸内酯(AHL)两种QS系统调节其生理和毒性,其中BDSF通过激活RpfR蛋白的磷酸二酯酶活性,降低细胞内环二聚鸟苷酸(c-di-GMP)水平,从而增强RpfR-GtrR复合物的转录调控活性,其原理如图1所示。结果显示,BDSF增强了DsfR对这些启动子的结合,且随着BDSF浓度的增加,DsfR与探针的结合量也增加(图6A-6C)。原创 2024-06-13 11:56:29 · 704 阅读 · 0 评论 -
项目文章 | Nature Commun&蓝藻转录因子PhoB对磷/铁的营养元素限制的调控机制
qRT-PCR结果分析表明,在WT中,slr1908的转录水平受到磷缺乏的强烈诱导,在+Fe−P和−Fe−P条件下分别上调7.5倍和4.6倍(图6c)。相反,当缺磷与-Fe同时发生时,Fe限制细胞(-Fe-P)对O2−的抵抗力明显增强(图4a)。O2−耐受性测定表明,当phoB被敲除时,磷缺乏不再能增强-Fe蓝细菌的O2−抵抗力,并且-Fe-P细胞表现出类似于-Fe+P细胞的反应(图5e)。是 Fe 依赖性的,这种金属酶的高表达可能会增加细胞对 Fe 的需求,导致更严重的 Fe 缺乏和更缓慢的生长。原创 2024-06-07 11:49:12 · 877 阅读 · 0 评论 -
Science项目文章 | 中国农科院作科所研究团队解析“复粒稻”多粒簇生的机制
尽管无法在CL1和NCL1的PBM中检测到OsMADS1蛋白,但特定的荧光信号仅在CL1的SBM中检测到,而在NCL1中没有检测到(图6A和B)。研究测量了普通辣椒Tianyu 2(TY2)和TY2 CL(一种簇类辣椒,显示出花朵聚集和缩短的花梗,同时在植被和生殖形态上与TY2非常相似)的花梗中的BR含量(图7I和J)。基于这些观察,研究团队得出结论,有三种发育现象驱动了CL的形成:(i)更多的SBMs(次级分生组织)的发育,(ii)多生SM(小穗分生组织)的启动,以及(iii)缩短的花梗。原创 2024-06-05 15:34:48 · 732 阅读 · 0 评论 -
项目文章 |NC揭示真菌中A-to-I mRNA编辑机制及其调控和演化
此外,三个氨基酸位点(Fig.5e)特别是(MV500-501)对Ame1在Sordariomycetes中的功能创新至关重要(Fig.5d,f),这些位点的变异对Ame1与FgTad3的相互作用和mRNA编辑功能有重要影响。-GFP融合蛋白时,检测到两个较小的蛋白条带,而非在菌丝中检测到的预期的73kDa蛋白(Fig.3a)。通过DNA-seq和RNA-seq分析,研究人员在两种转化株中鉴定出大量A-to-I编辑位点(Fig.7b),其中细菌BL21菌株中的编辑水平显著高于酵母菌株(Fig.7c)。原创 2024-05-27 11:51:00 · 1057 阅读 · 0 评论 -
单细胞+RIP-seq项目文章| Cell Reports&hnRNPU蛋白在小鼠精原干细胞池建立的关键作用
精原干细胞(SSCs)是负责精子发生的干细胞,具有自我更新和分化产生功能性精子的能力。SSCs的持续再生对于维持雄性生育力至关重要。然而,SSC池的发育起源尚不清楚。在哺乳动物中,SSCs源自名为 prospermatogonia(ProSG)的前精原细胞,依次发育为增殖型前精原细胞(M-ProSG)、初级过渡型前精原细胞(T1-ProSG)和次级过渡型前精原细胞(T2-ProSG)三种类型。ProSG的迁移和分化过程对于SSC池的建立至关重要,但这一过程的调控机制仍不完全清楚。2024年04月原创 2024-04-22 11:56:59 · 1049 阅读 · 0 评论 -
项目文章 | Nature Commun细菌转录因子ChIP-seq揭示第二信使2‘,3‘-cGMP的新调控机制
ChIP-seq技术将染色质免疫共沉淀和二代测序技术结合,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,可用于组蛋白修饰、RNA聚合酶、转录因子和辅因子以及G4链体(G4)等方面的研究,技术成熟稳定。原创 2024-04-15 14:58:30 · 1134 阅读 · 0 评论 -
项目文章| Plant Cell&DAP-seq解析草莓NAC转录因子FvRIF的调控网络
通过RNA-seq进行的表达分析(图7E)和RT-qPCR(图7F)显示,相对于野生型,在突变系(Fvrif-6和Fvrif-13)的果实中,FvMYB10、FvSEP3和FvSPT表现出降低的表达水平,而FvARF2表现出增加的表达水平。分别得到Fvrif-6与WT的差异基因以及Fvrif-13和WT的差异基因信息。其中,769个基因(37.0%)代表FvRIF正向调控的靶标,在Fvrif系中下调,而1,311个基因(63.0%)被认为是FvRIF负向调控的靶标,在Fvrif突变系中上调(图4A)。原创 2024-04-10 14:01:53 · 712 阅读 · 0 评论 -
项目文章|IF=9.2 & ChIP-seq解析转录因子STAT3在代谢性脂肪性肝病中的调控机制
此外,OGTT和ITT结果表明,在HFD下,VAV3的过表达改善了HFD组的葡萄糖稳态和胰岛素敏感性受损(图6D-E)。之前研究表明,在MAFLD的发展过程中,STAT3在肝脏中被激活,STAT3一旦被激活,它就会磷酸化(P-STAT3),后形成二聚体转运到细胞核,并作为转录因子发挥对应调控作用。为了进一步验证ox-LDL诱导的肝脏胆固醇紊乱的刺激是否由于STAT3的激活,利用siRNA敲低STAT3的表达,结果导致胆固醇积累减轻(图2D),而STAT3的过表达加剧了胆固醇的过度积累(图2E)。原创 2024-03-27 12:00:34 · 844 阅读 · 0 评论 -
项目文章|真菌ChIP-seq+RNA-seq解析脱落酸生物合成的调控机制
BcHda1和BcDIM5共同介导的H3K9me3去除位点分布在注释基因的不同区域,包括外显子、启动子、内含子和基因间区域,外显子和启动子的比例占比较大(图4C)。其中,809个基因有重叠的H3K9me3占据峰(图4E),说明这些基因的H3K9me3富集区的修饰可能受到BcHda1和BcDIM5的共同调控。敲低对ABA合成途径的影响。结果显示,除了ABA合成基因簇的转录水平显著下降(图2E)外,其他相关通路的表达变化都没有,这表明BcDIM5和BcHda1通过调节ABA基因簇的转录水平来影响ABA的合成。原创 2024-03-18 12:00:40 · 812 阅读 · 0 评论 -
项目文章 | METTL3敲减通过m6A-YTHDC2介导的AMIGO2调控抑制RA-FLS活化
综合这些结果,研究表明。此外,在分别用放线菌素D和CHX处理后观察到YTHDC2敲减促进了RA-FLS中AMIGO2 mRNA的降解,而在YTHDC2沉默的RA-FLS中,AMIGO2蛋白稳定性没有显著变化(图6H和I),表明沉默YTHDC2主要通过加速AMIGO2 mRNA的降解来降低AMIGO2的表达,而不是调节其蛋白稳定性。此外,将METTL3敲除效率最高的RA-FLS用于RA-FLS/软骨植入实验的体内模型,发现与对照组相比,METTL3敲除组的RA-FLS对软骨的侵袭性降低(图1G)。原创 2024-03-08 15:31:23 · 798 阅读 · 0 评论 -
新年新气象——植物、动物和微生物转录组项目文章三连发
研究利用RNA-seq分析、RT-PCR、基因克隆、融合蛋白表达的检测和α-淀粉酶活性的分析,对毕氏酵母进行一系列改造,结果表明,在高表达GS115菌株中,Sec复合物的亚单位Sss1p、Sbh1p、Sec66p和Sec72p的表达水平上调。此外,METTL3的敲低降低了AMIGO2前体mRNA (pre-mRNA) 5 'UTR区域的m6A修饰,RIP-qpcr确定YTHDC1与AMIGO2 pre-mRNA相互作用,其可能通过调节AMIGO2 pre-mRNA的剪接过程来调控AMIGO2的表达。原创 2024-02-21 11:49:22 · 959 阅读 · 0 评论 -
LUC项目文章|14-3-3蛋白BdGF14a增加了BdbZIP62的转录调控活性,从而在烟草中赋予了抗旱和抗盐能力
结果显示BdbZIP62能激活pNtNECD1-LUC,并且相比单独表达pGreenII 62-SK-BdbZIP62,共表达pGreenII 62-SK-BdGF14a和带pNtNECD1-LUC的pGreenII 62-SK-BdbZIP62导致更高的LUC/REN比率,这表明,为了确定BdbZIP62在BdGF14a依赖的胁迫响应中的功能,首先使用qRT-PCR验证BdbZIP62在不同组织和处理的表达情况,它在所有组织均有表达,在根和叶子中表达最高。研究分析了在正常调节、干旱和盐胁迫下,原创 2024-01-26 11:53:49 · 1164 阅读 · 0 评论 -
项目文章 | IF=8.4&转录因子Egr-1是脑膜炎型大肠杆菌引起的血脑屏障损伤的关键调节因子
在野生型细胞中,感染导致Egr-1表达上调,而敲除Egr-1的细胞中未观察到Egr-1表达。此外,研究者发现,在感染1小时后,野生型细胞中RhoA、Rac1和Cdc42的GTP结合(活跃)形式增加,但在Egr-1敲除细胞中,这种激活作用得到了很大程度的抑制。为了更好地了解Egr-1在细菌性脑膜炎发展中的调节作用,采用生物信息学方法进行了感染组中启动子区富集的独特peak峰的GO功能分析和KEGG富集分析,结果表明,脑膜炎型大肠杆菌诱导的Egr-1具有强烈破坏血脑屏障完整性和增加感染期间炎症反应的能力。原创 2024-01-24 12:02:51 · 946 阅读 · 0 评论 -
项目文章 | Plant Physiology 华南农业大学揭示组蛋白修饰调节水稻器官大小的表观遗传机制
植物器官大小有助于水稻(Oryza sativa L .)的生长和发育,影响重要的产量性状,如种子大小、叶片大小、株高和茎粗。植物激素如细胞分裂素(CKs)在这一过程中起着重要作用,其生物合成和降解是涉及多个基因调控的一系列复杂反应。CKs主要由异戊烯基转移酶(IPTs)和细胞分裂素核糖核苷5’-单磷酸水解酶(也称为LONELY GUY [LOG])生物合成,而CK分解代谢主要由细胞分裂素氧化酶/脱氢酶(CKXs)进行。组蛋白H3K27me3是一种常见的抑制基因表达的表观遗传标记,一项研究表明SDG711和原创 2023-10-30 12:00:11 · 378 阅读 · 0 评论 -
WGBS项目文章 | 在缺氮情况下,细胞自噬对植物DNA甲基化会产生怎样的影响?
细胞自噬是真核生物维持细胞稳态的关键生物学过程,广泛参与植物生长发育和生物非生物逆境响应等多种生理过程。作者通过WGBS和RNA-seq技术,发现了许多基因在缺氮条件下的表达会处于激活,特别是当自噬功能缺陷时,DNA甲基化水平发生了显著变化,这揭示了自噬在调控拟南芥DNA甲基化中的潜在影响。这项研究为进一步理解自噬的分子机制以及植物如何应对氮缺乏提供了坚实的基础,也为未来研究提供了更多关于细胞如何应对各种环境压力的机制的新见解。原创 2023-10-19 15:25:01 · 187 阅读 · 0 评论 -
Hortic Res. | 茶树中5mC DNA甲基化对组织功能分化和加工过程中风味代谢物变化的全面影响
该研究整合了5mC DNA甲基化组、转录组和代谢组学的数据分析,揭示了5mC DNA甲基化在调控茶树根中茶氨酸生物合成及茶叶加工过程中风味代谢物变化的分子作用机制。原创 2023-10-07 15:18:45 · 80 阅读 · 0 评论 -
项目文章| PBJ(IF:13.8)发表稻曲病菌效应因子Uv1809增强组蛋白去乙酰化抑制水稻免疫的分子机制
该研究证明分泌型蛋白Uv1809是一个关键致病性因子。Uv1809靶向增强水稻组蛋白脱乙酰酶OsSRT2介导组蛋白脱乙酰化,降低H4K5ac和H4K8ac水平,从而干扰防御基因的转录激活,进而抑制水稻免疫。此外由CRISPR-Cas9技术编辑的ossrt2水稻株系在生长和产量方面无不良影响,但对水稻病原菌表现出广谱抗性,这为抗病育种提供了潜在有价值的遗传资源。原创 2023-09-26 16:00:57 · 219 阅读 · 0 评论 -
项目文章 | Plant Commun(IF:10.5)发表附属染色体调节植物-真菌互作从寄生到共生转换的分子作用机制
这项研究在一个树根相关的子囊菌中描述了一个新的AC。AC有助于在各种非生物胁迫下最大限度地提高真菌的适应性,并可能调节复杂的根-真菌相互作用。换句话说,AC可以将真菌的依赖宿主的生活方式定义为共生或寄生。图7显示了互惠作用中AC介导变化的工作模型。未来的研究将需要调查ACs在生态关键的非菌根根团-深色有隔内生菌(DSEs)的起源、多样性和功能中的角色。原创 2023-09-21 17:34:40 · 117 阅读 · 0 评论