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本文详细介绍新鲜冷冻（FF）样本的时空转录组全流程步骤以及关键要点。

2024年12月10日，武汉爱基百客生物科技有限公司（以下简称“爱基百客”）与深圳华大智造科技股份有限公司（以下简称“华大智造”）宣布双方共建DCS Lab实验室，爱基百客总经理李泽卿、副总经理李新平与华大智造副总裁、中国区总经理彭欢欢及华大智造中国营销中心科研合作部总监黎万顺等进行了 “爱基百客-华大智造DCS Lab认证实验室”签约与揭牌仪式，爱基百客与华大智造其他领导同事共同见证，标志着双方在生命科学领域的合作迈入了一个新的里程碑。随后，参会人员移步至爱基百客测序中心，进行了揭牌仪式。

空间转录组（Spatial Transcriptomics）是一种新兴的高通量基因组学技术，它允许我们在组织切片中同时获取基因表达信息和细胞的空间位置信息。其可以帮助我们更好地理解细胞在组织中的空间分布和相互作用，揭示组织发育、器官功能和疾病进程中的细胞异质性和空间异质性。此外，空间转录组还可以为精准医学、个体化治疗和药物研发提供重要的信息，帮助我们理解药物在组织内的作用机制以及治疗效果的影响因素。目前空间转录组成为了众多高分文章青睐的对象，那么文章里面都是以什么角度或者什么方式来对其进行解析呢？今天小

研究结果推进了对CAFs在癌症免疫逃逸中精确作用的理解，并为HNSCC更有效的免疫疗法铺平了道路。通过单细胞转录组（scRNA-seq）和空间转录组（ST）技术的联合应用，我们能够深入理解细胞的分子特性及其在组织中的空间分布，从而揭示细胞异质性、细胞间相互作用以及它们在疾病中的作用。（Single-cell RNA-sequencing，scRNA-seq）是一项在单细胞水平上分析基因表达的技术，它允许研究者直接分析单个细胞中的RNA表达谱，揭示细胞内群体异质性、定义细胞类型、细胞状态和细胞的动态转变。

在这项研究中，研究者利用两种单细胞RNA测序技术（Smart-seq2和DNBelab C4）对来自18位CRC患者的15,115个免疫和非免疫细胞进行了分析，揭示了肿瘤微环境中T细胞和B细胞的比例和功能状态的广泛变化。研究还发现IgA+IGLC2+浆细胞与CRC的不良预后相关，并揭示了B细胞和髓系细胞信号之间的显著相互作用，以及CCL8+循环B细胞/CCR5+T细胞相互作用可能是晚期CRC肿瘤中的一种潜在的抗肿瘤机制。TME不仅调节肿瘤细胞的生长、转移和免疫逃逸，还影响治疗的耐药性和疗效。

SpotClean是一种新的概率模型，旨在解决空间转录组实验中的点位交换问题，通过去除邻近点位之间的交叉污染，提供更准确的基因表达估计，从而显著改善标记基因的识别和空间区域的检测。通过基因的表达矩阵，首先对矩阵数据使用PCA进行降维处理，之后使用UMAP算法进行细胞聚类，并将细胞类群的每个细胞在样品组织切片的空间位置中进行展示，结果见图5。对得到的Marker基因，统计其在不同细胞类群中的表达情况，使用聚类热图、气泡图和小提琴图等方式进行可视化展示，每个细胞类群中Top3基因的结果分别见图6。

本文提出了一种集成的空间分辨多组学分析方法，通过结合非靶向质谱成像、Stereo-seq空间转录组学和靶向的seqIF免疫组化技术，对高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）和非典型子宫内膜增生（AEH）的FFPE样本进行了深入研究。华大时空转录组FFPE技术解决方案，以其全面的Total RNA捕获能力、多样化的样本提交选项和可定制的芯片尺寸，有效地解决了传统FFPE样本在进行时空组学研究时面临的挑战。爱基百客承诺以专业的技术专长和周到的服务理念，陪伴您科研的每一步，让探索之旅更加顺畅愉快。

通过Stereo-seq，可以在单细胞或细胞群体的水平上绘制出基因表达的空间图谱，从而揭示组织中的细胞异质性、细胞间相互作用以及病理特征的空间分布。患有孤独症的人，就像星星的孩子一样，生活在自己的世界里，难以与他人建立正常的社交关系，这种疾病目前仍困扰着全球无数家庭。在本研究中，研究人员对。在本研究中，作者对早期妊娠小鼠体内由不同的免疫细胞、内皮细胞、滋养层细胞和蜕膜基质细胞 (DSC) 构成的蜕膜中枢进行了空间可视化并揭示了DSC的分化轨迹，发现了一种具有双重免疫功能特征的DSC (iDSC)。

首先作者使用卵巢癌和非典型子宫内膜增生患者的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤组织样本，通过对这些样本进行连续切片和多组学分析，包括非靶向质谱成像（MSI）、Stereo-seq（空间转录组学）和靶向seqIF（免疫组化蛋白质组学），成功构建了3D空间转录组图谱，并进一步通过分析空间转录组和MSI数据，发现了基质以及肿瘤-基质界面区域相关的新标记物，然后利用相邻技术的优势构建了一个全面的肿瘤微环境图谱，为识别新的治疗靶点和预测生物标志物提供了可能，并且加深了对肿瘤微环境空间结构的理解。

研究背景成功妊娠涉及免疫细胞、内皮细胞（ECs）和基质细胞之间极其复杂的细胞通讯。子宫内膜蜕膜化是成功妊娠的首要和核心步骤之一，其特征是子宫内膜基质成纤维细胞（eSF）转化为被称为蜕膜基质细胞（DSCs）的特殊细胞类型，这一过程涉及间质-上皮转化（MET）。这些转分化干细胞可以提供营养，保护胚胎免受母体免疫系统的影响，并支持孕早期的母体血管化。子宫内膜蜕膜化是短暂的，尚未对其进行系统表征。2023年9月11日，北京大学杜鹏教授课题组在Cell杂志在线发表了题为“Spatiotemporal in

通过精确定位基因表达的空间位置，我们能够更深入地理解细胞在各种生理和病理条件下的行为和功能，如肿瘤微环境、器官发育、神经网络等。通过DNBSEQ技术对固定在芯片上的DNB进行测序，得到Coordinate ID(CID)信息，CID和DNB坐标位置一一对应，可以通过建立CID与坐标位置的映射关系，还原后续捕获到的mRNA的空间为止。芯片上所有点的CID序列信息，都被编制成一个叫“MASK”的文件，这个MASK文件包含了每个点上CID序列的信息，后续用于分析。、空间分辨转录组图谱构建。对CID序列进行测序；

再次观察组织是否完全包埋，如未完全包埋，需再覆盖一层包埋剂后，包埋盒上方再覆盖预冷好的包埋盒，让目标组织均匀受冷，快速冷冻，减少冰晶产生，等待完全凝固变白再进行下一步操作。检查包埋块底部是否被完全覆盖，如未完全覆盖，则将组织块放置在预冷的金属块上，底部朝上，在表面涂上OCT，直至将组织完全覆盖。如果未及时进行包埋的样本，用吸水纸将组织周边的液体吸取干净，干冰速冻，可放-80℃进行储存，短期内安排OCT包埋。在包埋盒底部加入少量OCT包埋液，避免目标组织直接接触包埋盒底部，可不用等包埋液凝固。

腭裂是人类最普遍的出生缺陷之一，不幸的是，腭裂的早期筛查仍然是一个挑战，即使是先进的技术，如三维产前超声，也无法提供可靠的唇裂和/或腭裂诊断。RCTD【4】(Robust cell-type decomposition)，是一种空间反卷积工具，整合了统计学模型，能够利用带注释的scRNA-seq数据来定义空间转录组学数据中空间位点的细胞类型组成，可选择不同模式预测位点内1-2种或多种细胞类型。成功整合单细胞和空间转录组数据的分析将有助于理解细胞类型分布的结构以及构成这种结构的细胞间通讯的假定机制。

除了揭示了葱属植物的基因组进化过程外，研究进行的病原体感染实验和比较代谢组学和基因组学分析表明，编码葱特有风味化合物代谢途径的酶的基因可能是从一个古老的未被鉴定的植物防御系统进化而来的，该系统广泛存在于许多植物谱系中，但在葱属植物中得到了广泛的促进。根茎是生长在地下的经过改造的茎，能产生与母株基因相同的新个体。相对于动物和医学领域，尽管空间组学在植物中的研究进展缓慢，最近一些在植物研究中的项目已成功应用于识别细胞类型，重建细胞命运谱系，并揭示细胞间的相互作用，这将大大推进我们对植物生物学关键方面的理解。