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ATAC-seq和RNA-seq的联合分析已成为多组学研究的重要策略。通过重叠分析，可识别染色质开放状态与基因表达同步变化的基因集（如Venn图/Upset图展示）。联合散点图能直观呈现染色质可及性与基因表达的正相关性。进一步通过富集分析筛选关键功能通路，结合Motif分析和足迹分析挖掘核心转录因子，最终构建TF-靶基因调控网络（Cytoscape可视化）。该整合策略能有效揭示表观遗传调控机制，为功能基因组学研究提供有力工具。

本文通过5篇文献案例展示了ATAC-seq与RNA-seq联合分析在植物抗逆研究中的应用价值。研究涉及辣椒耐涝、马铃薯抗旱耐盐、结缕草抗旱、月季耐热和巨桉耐冷等不同胁迫响应机制，揭示了染色质可及性与基因表达的动态关联。这些研究不仅鉴定了关键转录因子（如CaMYB96、RcHSF30等）及其调控网络，还阐明了植物通过激素信号、抗氧化防御等通路适应胁迫的分子机制。多组学联合分析为解析植物抗逆性提供了高效策略，有助于作物改良和育种工作。

ATACdb2.0数据库重磅升级，为染色质可及性研究提供强大工具。该数据库样本量达5,304个，收录3.95亿个染色质开放区域（CARs），较1.0版本分别增长3.5倍和7.5倍。新增人类样本4,031个，并整合scATAC-seq数据构建伪批量测序谱，同时新增小鼠样本1,273个。核心功能包括：1）基于多证据的高置信度靶基因预测；2）深度注释表观特征；3）GWAS机制研究SNP检索；4）基因-CAR逆向追踪分析。数据库提供数据浏览、搜索、分析等功能，并采用三色点可视化标注样本质量，助力研究人员将ATAC-

为确定候选因果变异并探究基因组变异对尾部脂肪沉积的影响，研究整合了不同尾型选择性清除分析结果、尾部脂肪重量性状的GWAS分析结果，以及绵羊尾部脂肪组织的表观基因组数据（包括ATAC测序、H3K27ac、H3K4me3CUT&Tag和Hi-C数据）。eQTL分析是将基因的表达信息作为表型，开展基因表达与遗传位点基因型间的相关性分析，识别遗传变异（eSNP）与基因（eGene）表达之间的调控关系，从而将遗传变异、基因表达、性状表型变化三者关联起来，解析复杂性状的分子发生机制。答案就藏在多组学联合分析中。

摘要：Nature Communications最新研究发现，微重力环境下血管平滑肌细胞（VSMC）会因SREBP1介导的脂肪生成加速衰老。研究揭示乙酰辅酶A积累通过重塑染色质可及性，导致收缩基因关闭和衰老基因激活。实验证实敲低Srebf1可逆转微重力诱导的血管衰老样改变，为太空任务血管保护及地面血管衰老疾病治疗提供了新靶点。该研究获得ATAC-seq技术支持，揭示了脂质代谢在血管生物学中的关键作用。

水产研究进入多组学时代：从现象描述到机制解析 近年来，水产科研正从传统表型观察转向分子机制解析，多组学技术成为核心驱动力。转录组、代谢组、微生物组、表观组学及单细胞测序等技术，为研究水生生物生长发育、抗病机制、营养代谢等提供了系统工具。研究热点包括： 经典组合：转录组+代谢组揭示基因表达与代谢物变化的关联 宿主互作：微生物组+代谢组+转录组解析肠道菌群对宿主的影响 深度调控：表观组+转录组探索环境胁迫的长期效应 典型案例显示，多组学技术已成功应用于小龙虾营养品质的温度响应、罗非鱼低温适应机制等研究，推动水产

ATAC-seq技术正成为解析基因调控机制的关键工具，四篇高分研究（Redox Biology、Advanced Science、Nature Communications、Cell Host & Microbe）展示了其在多领域的突破性应用：1）揭示Trem1通过染色质重塑调控中性粒细胞代谢；2）发现PRMT1非酶活性依赖的耐药机制；3）阐明SREBP1介导脂质生成引发血管衰老；4）证实嗜酸乳杆菌通过表观遗传改善脑缺血。这些研究共同验证了ATAC-seq在连接表型与转录调控中的核心价值，为机

染色质开放性与ATAC-seq技术应用 染色质开放性指基因组中易被调控蛋白访问的DNA区域，是基因表达调控的关键。ATAC-seq技术利用Tn5转座酶精准标记开放区域，具有超低样本量、高分辨率等优势。该技术已成功应用于疾病机制、发育分化、作物育种等领域，通过整合多组学数据揭示染色质动态与基因表达的关联。

将二者的数据进行深度关联分析，就如同开启了一扇洞察基因表达奥秘的大门，能够深入探究基因表达量与ATAC信号之间的复杂相关性，精准锁定哪些染色质开放区域的变化与基因表达的上调或下调密切相关，进而构建出精细的基因表达调控网络，清晰解析转录因子在基因表达调控中的关键作用机制。本文通过对黑豹蠕虫的基因组测序，结合ATAC-seq技术和转录组分析，揭示了全身再生的分子机制。随着技术的不断发展和应用的不断拓展，ATAC-seq与RNA-seq的结合必将在未来的研究中发挥更大的作用，为生命科学的进步贡献更多力量。

片段分布：呈现典型的“核小体周期性条带”，即第一个主峰：~200 bp（无核小体区域，即开放程度最高的区域），第二个峰：~400 bp（mono-nucleosome），后续峰：~600 bp，~800 bp等（di-, tri-nucleosome）。Tn5会随机插入到开放的染色质区域，在完成DNA的切割的同时也完成测序接头的连接。酶切反应后，对于DNA片段需进行纯化，通常通过磁珠纯化的方式来富集目标长度的片段（主要去除过短的片段和酶本身），以最大化测序数据利用率。2.计数： 细胞核活率<5%。

脑缺血是指一种病理状态，其特征为脑部血液循环不足，从而导致脑组织缺氧和营养供应中断。由于其高患病率和严重的神经后遗症，阐明其潜在的病理生理机制对于开发针对这种普遍的脑血管疾病的精准治疗干预措施至关重要。患有脑缺血的患者往往会出现诸如胃肠道出血、微生物群失调以及便秘等并发症。肠道微生物群失调不仅是脑缺血的后果，还会通过肠道-大脑轴的双向交流加剧其进展和预后。对肠道微生物的多种调节手段，包括粪便移植、益生菌等，为脑缺血提供了乐观的治疗潜力。然而，目前的方法存在局限性：粪便移植需要特定的方案，而益生菌在菌株特异性

这种靶向性的Tagmentation，使得CUT&Tag能够以极低的细胞输入量实现高分辨率、高信噪比的表观基因组图谱绘制，成为了继ChIP-seq的另外一种蛋白质-DNA互作技术的选择，极大简化了实验流程并提高了效率。从最初被发现时的"跳跃基因"现象，到如今成为实验室不可或缺的"瑞士军刀"，Tn5转座酶的发展历程堪称分子生物学工具改造的典范。相较于传统的超声破碎或酶切片段化后进行多步连接的方法，Tn5的一步法文库制备流程更快、更高效，尤其适用于处理微量或珍贵的DNA样本。

为了探究RcHSF30在月季中的生物学功能，作者在月季“Baobai”中过表达RcHSF30发现显著提高了植株耐热性，将致死温度从44.73℃升至47.16℃，热胁迫下转基因植株萎蔫程度轻，NBT和DAB组织化学染色表明，野生型叶片相对于RcHSF30-OE植物表现出更深的染色（图8B、8C），且热胁迫相关基因（HSP18.1、HSP70、BAG6和GOLS2）表达显著上调，证实RcHSF30通过调控靶基因增强植物热适应性（图8D）。图5 基因本体（GO）分析和核心转录因子（TF）及其靶基因的网络。

针对木瓜采后极易软化、1-MCP处理时长不当又会产生硬芯“橡胶质感”这一产业痛点，本研究以破色期果实为材料，设置无1-MCP处理、1-MCP 2h和1-MCP 16h三组，通过ATAC-seq与RNA-seq联合分析，系统解析染色质开放图谱与基因表达谱。将ATAC-seq差异peaks与RNA-seq差异表达基因（DEGs）交叉整合，锁定CpAGL18等MADS-box转录因子及CpACS1（乙烯合成）、CpSAUR32（生长素响应）等8个关键通路基因，其染色质开放度与转录水平呈正相关。

与木聚糖合成相关的GhGUX基因（GUX2和GUX3）显著上调，这将对植物次生壁的合成产生重大影响，最终影响纤维的发展（图3D）。在染色质的Peak区域，可能存在调节附近基因表达的TF结合位点（图4A）。而在WT中，1906个基因与启动子Peak相关，分别与60个下调和28个上调DEG重叠，这些基因被称为差异靶基因（图3B）。突变体的peak包含87个过表示的motif，而WT 的peak包含39个过表示的motif。突变体中的Peak分布在启动子区域，而WT中的大多数Peak主要分布在内含子（图2B）。

利用ATAC-seq获取染色质可及性的高分辨率图谱，不仅可以展示哪些区域的染色质是开放的，哪些区域是封闭的，还能揭示不同细胞类型和组织中基因表达的调控模式。通过对不同生物体、不同组织和不同发育阶段的染色质可及性数据进行系统分析，研究人员能够揭示基因表达的复杂调控网络，识别关键的转录因子和调控元件，并验证其在生物学过程中的功能。该技术通过利用转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，将转座DNA设计为接头，随机插入染色质的开放区域，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序，从而获取染色质可及性的高分辨率图谱。

在这篇文章中，作者为了探究肾脏代偿性肥大的信号机制，构建了单侧肾切除的小鼠模型，通过三种不同的组学方法（ATAC-seq、RNA-seq 和蛋白质组学），鉴定了转录因子PPARα可能在肾脏代偿性肥大的过程中发挥重要的调节作用，肾脏中内源性PPARα配体水平的显著增加，可能是PPARα激活的潜在机制，接着通过在小鼠体内进行PPARα激动剂处理和基因敲除进行验证，证明了PPARα是近端小管细胞大小的重要调节因子。图1.单侧肾切除术（UNx）后的代偿性肥大发生迅速，主要是由于近端小管中细胞体积的增加。

这些结果表明OsHMGB1是一个转录促进因子，通过增加包含PSR基因的基因组区域的染色质可及性来调节这些基因的表达，从而维持水稻中的Pi稳态，揭示了植物适应Pi限制环境的关键表观遗传机制。最后，在生物和非生物胁迫篇中，ATAC-seq技术被应用于解析植物在面对各种胁迫时的染色质和基因表达变化，为培育抗性更强的植物品种提供了新的分子靶点。选择爱基百客，就是选择专业与信赖。随着技术的不断进步和应用的深入，我们有理由相信，ATAC-seq将继续在植物科学研究中发挥更加重要的作用，推动植物科学向更深层次的发展。

本研究通过比较基因组学、ATAC-seq技术、RNA-seq分析和CRISPR/Cas9基因编辑技术，深入探究了6种葫芦科作物（黄瓜、西瓜、甜瓜、南瓜、丝瓜和葫芦）早期果实发育中的保守顺式调控元件（CREs）。本研究利用多组学分析方法，包括代谢组学、转录组学和ATAC-Seq，探究了LED白光处理对杏果实成熟过程中生理和营养品质的影响，以及对果实转录调控和代谢物变化的作用。此外，研究还预测并验证了多个可能调控糖分和酸度积累的关键转录因子，构建了一个转录调控网络，为识别控制这些品质特性的候选基因提供了平台。

此外，通过整合ATAC-seq和RNA-seq，鉴定了349个开放式DACR中的上调基因和126个封闭式DACR的下调基因，其中34个转录因子（TF）通过上游基序的搜索得到进一步鉴定，8个转录因子的转录水平通过RT-PCR得到验证。研究还统计ATAC-seq片段在所有染色体上的分布（图1d），绘制了转录起始位点（TSS）的上游和下游3 kb的基因的ATAC-seq信号图，并发现TSS区域具有最高的信号，这意味着与其他区域相比，首先，使用BiFC鉴定了上述筛选的TF（图5a）和RSV蛋白之间的相互作用。

qRT-PCR结果表明，DlbZIP家族受多种激素的影响，在吲哚-3-乙酸（IAA）、脱落酸（ABA）和茉莉酸甲酯（MeJA）处理下均表现出不同程度的上调表达，表明它们在龙眼早期SE相关的激素合成途径中发挥重要作用。基因中的大多数在GE（10）中高度表达，并且它们中的大多数对热应激和2，4-D处理有反应。总之，在基因家族分析中加入ATAC-seq的结果，不仅可以为理解家族不同成员的差异表达模式提供表观遗传调控的见解，还能预测调控关键基因的上游因子，为后续构建特定生物过程的转录调控网络奠定基础。

ATAC-seq广泛用于染色质开放性研究，该技术利用Tn5转座酶可以接近核小体疏松区域切割暴露的DNA，获得开放染色质区段（open chromatin），然后结合高通量测序和生物信息学分析来挖掘潜在的活跃转录因子及其靶基因，以此探究生物学相关问题。

CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作新兴的实验方法，该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶精确切割目标蛋白结合的DNA区域，并在这些序列的两端加上测序接头，经过PCR扩增后形成可用于高通量测序的文库，随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。，即哪些区域对转录因子和其他调控蛋白是可及的，它可以用于研究基因调控网络、细胞类型特异性的染色质状态以及疾病状态下的表观遗传变化。，可以提供更详细的蛋白-染色质相互作用信息，有助于深入理解蛋白在基因调控中的具体作用机制；

相较于动物细胞，植物与真菌细胞具有细胞壁结构，部分物种的细胞壁坚韧且成分复杂，剧烈的破壁方法可能会破坏细胞核完整性，而温和的方法又无法使细胞壁破裂释放细胞核。获得质量较高的细胞核悬液后，用细胞计数仪检测细胞核浓度，取约10万个细胞核用于转座酶切，加入Tn5酶混合液，混合液中加入适量Tween20、Digitonin成分等裂解细胞核，37℃酶切30min。，通过常规建库在捕获的片段两端加上特异性接头对该片段进行测序，从而研究染色质的可及性，以及与此相关的基因表达调控、表观遗传图谱、细胞分化、发育等问题。

2023年11月，美国国家癌症研究中心的研究团队在Cell Reports期刊(IF=8.8)上发表了题为“Genome-wide profiling of transcription factor activity in primary liver cancer using single-cell ATAC sequencing”的文章。研究人员通过对16例原发性肝细胞癌（PLC）患者，包括13例HCC和3例iCCA，进行单细胞ATAC-seq，发现了31个转录因子的基序富集水平可以区分肝细胞癌（HCC）

急性淋巴细胞白血病（ALL）是最常见的儿童癌症。B 系急性淋巴细胞白血病 (B-ALL) 约占儿童 ALL 病例的 80%。对大型队列的基因组分析已识别出 20 多种具有不同遗传改变的 B-ALL 亚型，这使得风险分层和精准治疗成为可能。这与其他治疗进展相结合，已将患者生存率提高到 90% 以上。然而，难治性和复发性B-ALL患者的预后较差，5年生存率

脊椎动物胚胎发生是一个值得注意的过程，在这个过程中，不同谱系的细胞类型在短时间内出现。理解这一过程的一个巨大挑战是缺乏动态的染色质可及性信息来关联细胞命运决定层次中的顺式调控元件(CREs)和基因表达。

苹果是世界范围内温带地区最重要的经济水果作物之一，但在气候变化的背景下，苹果树常遭受干旱胁迫的挑战。分子育种是增强苹果抗旱性的有效方法，了解苹果应对干旱胁迫的潜在机制至关重要。尽管已经研究了苹果响应干旱的生理变化、转录调节和表观遗传调节，但是参与响应干旱的染色质重塑仍然难以捉摸。

胰腺β细胞是一种长寿的终末分化细胞，对维持葡萄糖稳态至关重要。作者采用成年小鼠β细胞补偿的急性胰岛素抵抗模型，研究染色质重塑和基因表达的时间序列，观察到染色质重组具有显著的早期可塑性，以及控制细胞分裂和蛋白质合成的增殖β细胞（PβCs）的独特转录和功能特征。重要的是，作者发现FoxM1调节蛋白质翻译、内质网应激反应、线粒体生物发生和β细胞活性。

通过ATAC-Seq和ChIP-Seq技术，揭示了在淋巴瘤细胞中CDK9抑制剂（CDK9i）通过染色质可及性的双向改变诱导表观遗传重塑，抑制启动子激活，并导致超级增强子景观的持续重编程，并且发现超级增强子驱动的选择癌基因的恢复可能有助于对CDK9i的抗性。

这项研究在一个树根相关的子囊菌中描述了一个新的AC。AC有助于在各种非生物胁迫下最大限度地提高真菌的适应性，并可能调节复杂的根-真菌相互作用。换句话说，AC可以将真菌的依赖宿主的生活方式定义为共生或寄生。图7显示了互惠作用中AC介导变化的工作模型。未来的研究将需要调查ACs在生态关键的非菌根根团-深色有隔内生菌（DSEs）的起源、多样性和功能中的角色。

近年来，发展了多种新技术和方法用于研究H3K4me1修饰，包括ChIP-seq、CUT&Tag以及单细胞ChIP-seq等。这些技术的发展使我们对H3K4me1在基因调控和疾病发生中的作用有了更深入的了解。

研究发现Spic在基态 ESC 中快速诱导，并响应细胞外信号调节激酶 （ERK）的 抑制。SPIC 与增强子元件结合并稳定 NANOG 与染色质的结合，特别是在涉及胆碱/单碳代谢的基因（例如Bhmt、Bhmt2和Dmgdh）上。此外，Spic在单碳代谢中起关键作用，降低SAM/SAH比率，从而影响H3R17me2a水平在基态多能性中增加。