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植物表观遗传学研究揭示了一系列新型组蛋白短链酰化修饰（如巴豆酰化、乳酸化等）正在改写传统组蛋白密码认知。这些修饰直接来源于代谢中间产物，构建了环境胁迫-代谢波动-染色质重塑-基因表达的直接通路。最新综述系统梳理了植物中近200个酰化修饰位点、相关代谢酶及其在发育和胁迫响应中的调控功能，特别强调了这些修饰在植物特有的代谢调控网络中的独特作用。尽管研究取得进展，但植物酰化修饰间的串扰机制、代谢调控特异性以及关键阅读器蛋白的鉴定仍是未来研究的重点方向......

自 1989 年 “肠 - 脑轴” 命名以来，肠道菌群研究已从 “差异描述” 进阶到 “机制 - 干预 - 临床价值” 三位一体的因果闭环阶段，2026 年国自然将其列为持续热点方向。菌群 - 宿主共代谢是核心赛道：微生物可将膳食纤维、胆固醇等日常底物，转化为短链脂肪酸、次级胆汁酸等信号分子；这些代谢物可作用于宿主组蛋白的乙酰化、m6A 等位点，重塑染色质开放度，调控基因转录的 “开 / 关”，进而影响疾病表型。

不同于细胞表面受体需要通过复杂的胞内信号级联反应来传递信息，核受体拥有独特的“特权”：它们能够直接识别并结合脂溶性小分子配体（如类固醇激素、维生素D、甲状腺激素或脂质代谢物），发生构象改变后，直接结合到基因组特定的顺式作用元件上，从而招募辅调节因子，启动或抑制基因转录。然而，万变不离其宗。其包含配体依赖性转录激活功能域-2，当正确配体结合后，LBD会发生剧烈的构象变化，像“盖子”一样闭合，形成一个全新的表面，用于招募共激活因子等辅调节蛋白，从而启动基因转录。有配体时，构象改变，招募“辅激活因子”启动转录。

综上所述，鉴于表观变异的多源性及其与环境的紧密联系，未来的种质资源研究必须建立整合“遗传背景-表观遗传信息-生存环境”的综合分析框架。多项针对植物及水产动物（如牡蛎、海鲈、鲑鱼等）的研究证实，自然环境差异及人工驯化均能诱导显著的表观遗传分化，进而影响生物的免疫、繁殖及发育。它通过提供表型可塑性，不仅能“覆盖”或抵消近交带来的生理机能下降（如游泳能力、心脏功能受损），还能增强抗病力，从而减少养殖对抗生素的依赖，是解决水产养殖近交难题的潜在方案。种质包括遗传资源、可遗传的表观遗传资源以及可遗传的性状。

抽了半辈子烟，为什么有人得肺癌，有人却没事？最新研究发现，吸烟会在DNA甲基化上留下痕迹，这些痕迹不仅能加速生物衰老，还可能是预测肺癌风险的“生物时钟”！烟草中的化学物质会通过表观遗传机制（比如DNA甲基化）改变基因的表达方式——就像给DNA戴上一顶“隐形帽子”，默默影响细胞功能，甚至加速衰老过程。⭐与传统模型对比：目前临床常用的PLCOm2012肺癌风险模型（基于年龄、吸烟史等自报数据）的预测准确率（AUC=0.66），而PCGrimAge单独使用可达0.72，甚至结合后效果更优（AUC=0.72）！

在表皮组织中，多个基因协调增强屏障防御，例如CUT1、KCS1和KCS20基因增强蜡质沉积，加强表皮对病原体入侵的屏障，而RhWRKY13基因抑制细胞因子信号传导基因（如RhCKX3、RhABI4）的表达，降低ABA水平以增强抗性。相反，感病途径涉及防御基因（如OPR3、ICS、NPR1）的抑制和在感病品种中应激转录因子的上调。然而，蔷薇属植物的生长面临着诸多生物胁迫（如病虫害）和非生物胁迫（如干旱、盐碱、极端温度等）的挑战，这些胁迫因素会损害植物的生长、发育和花的品质，进而降低产量和经济收益。

然而，在水产养殖过程中，部分个体的皮肤上经常出现不规则的黑色素沉积（黑斑），这显著降低了其经济价值。研究对墨西哥丽脂鲤的肝脏组织进行了全基因组表观遗传分析，发现许多鉴定出的顺式调控元件在地表鱼和洞穴鱼形态之间已经发生了遗传分化，并具有差异化的染色质特征，但来自独立起源洞穴种群的调控特征却保留了惊人的相似性。从黄鳝的性逆转之谜到红罗非鱼的体色改良，从蓝点马鲛的种群追踪到洞穴鱼与鳉鱼的进化适应，这些研究不仅展示了表观遗传学在解析复杂生物学性状上的强大威力，更为水产育种和种质资源保护提供了全新的视角和工具。

通过CUT&Tag技术分析了四种组蛋白修饰（H3K4me3、H3K27ac、H3K4me1、H3K27me3），同时结合ATAC-seq检测染色质开放性，并利用TRAP-seq技术富集分析脂肪细胞中正在翻译的mRNA，实现了转录组与表观组的配对分析。研究者分析了人类和小鼠在减肥前后的脂肪组织，发现即使体重已明显下降，脂肪细胞中的基因表达模式仍然保留着肥胖时期的特征。研究人员对人类和小鼠的脂肪组织进行单细胞水平的基因表达分析，精准捕捉不同细胞类型（如脂肪细胞、免疫细胞、内皮细胞）在肥胖期和减肥后的转录变化。

更新后，系统为了稳定和节能，主动关闭了某些高耗能的“后台程序”（炎症），但同时优化了底层架构，为未来可能的需求（如二次感染）做好了更高效的准备。为精准医疗提供新思路：理解不同感染（如流感vs.新冠vs.疫苗接种）引起的独特表观遗传“印记”，有助于我们未来开发更智能的疫苗或免疫调节疗法，主动塑造有益的免疫记忆，避免有害的免疫失调。这种记忆不是针对特定病原体的抗体，而是整个免疫反应状态的“预调”。下一次当你从流感中康复，感觉“好了”的时候，也许你的免疫细胞们，才刚刚开始它们漫长的“复盘”与“重建”。

这些研究从拟南芥、水稻、棉花、玉米、不结球白菜、大豆和辣椒等模式和作物植物入手，不仅捕捉到细胞类型特异性的转录动态、代谢通路重塑和信号整合（如ABA调控、免疫激活和细胞壁屏障形成），还阐明了胁迫记忆的潜在分子基础，例如根部发育轨迹改变的时空异质性。这项技术已从动物和人类研究扩展到植物领域，特别是在非生物胁迫响应中，展现出巨大潜力：例如，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq），我们能识别出根系中特定细胞对盐胁迫的“先锋响应”，或叶片中对干旱的“耐受子群”。今天，从单细胞测序的角度谈谈植物的非生物胁迫。

衰老是一个复杂且不可避免的生物学过程，表现为机体功能随时间逐渐下降，并伴随多种慢性疾病（如心血管疾病、神经退行性疾病和癌症）的风险显著上升。近年来，随着全球人口老龄化趋势加剧，深入理解衰老机制并开发有效的干预策略已成为生命科学和医学研究的核心议题之一。表观遗传调控作为其核心机制之一，通过DNA甲基化、组蛋白修饰、RNA修饰及非编码RNA等多种方式动态影响基因表达，驱动细胞衰老、组织退行及慢性疾病的发生。系统解析表观遗传调控在衰老中的作用机制，不仅有助于揭示衰老的本质，还将为开发基于表观遗传的衰老评估工具和干

通过四组学数据构建的跨域网络分析揭示，海藻糖生物合成途径丰度的显著增加和糖转运蛋白SWEET基因的表达分别促进了蔗糖和海藻糖的分泌，从而导致了假单胞菌属和链霉菌属的富集，这一点在后续的验证试验中得到了证实。综上所述，研究通过揭示春小麦“自救”与向根际微生物“求助”相结合的策略，为其抗旱机制提供了新的见解，为增强春小麦的干旱适应能力带来了新的机遇。在此，研究以耐盐植物野生大豆为研究对象，证明了在盐胁迫植物的根系和根际微生物群中，以假单胞菌属（Pseudomonas）为主的高度保守微生物显著富集。

在植物科学研究领域，解析非生物胁迫的响应机制始终是核心议题之一。随着基因组学研究的深入，我们日益认识到，仅从DNA序列本身已不足以完全阐释植物在面对干旱、盐碱、极端温度等逆境时所表现出的高度可塑性。表观遗传调控，作为连接环境信号与基因表达谱动态变化的关键桥梁，正成为该领域的前沿和热点。它通过DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑及非编码RNA等多层次、可逆的分子机制，赋予了基因组在无序列变异下的功能多样性与环境适应性。近年来，得益于高通量测序技术的飞速发展，特别是ChIP-seq、ATAC-seq、WGBS和

抗冷型等位基因HSF21Hap1的启动子区域存在的天然变异，可通过抑制碱性亮氨酸拉链蛋白bZIP68（冷敏感的负调控因子）的结合，从而在低温胁迫下提高HSF21的表达水平。综上所述，在近1-2年的研究中，转录因子作为植物非生物胁迫应答的核心调控元件，其从信号感知到基因表达的精细机制正日益清晰。它们作为信号通路末端的执行者，能够特异性地识别并结合到下游胁迫应答基因启动子区域的顺式作用元件上，通过激活或抑制这些基因的转录，从而在分子、细胞乃至整个植物体水平上启动广泛的生理生化适应性改变。

其中，LIM家族转录因子LHX2在NEPC及小细胞肺癌中均过表达，并与不良预后相关，提示它可能在驱动NEtD中扮演着“先驱”转录因子的关键角色，但其具体功能和机制尚待深入阐明。本研究揭示了LHX2在前列腺癌中的作用机制，即LHX2在前列腺癌中的表观遗传学机制，在长期靶向治疗的情况下，LHX2 是驱动前列腺癌发生发展的关键因子，细胞命运由其特定的代谢和表观遗传环境决定，抑制AR后糖酵解酶上调，糖酵解活性增加，产生乳酸化，组蛋白乳酸化激活LHX2表达，加速DNA甲基化，促进NE信号和PCa进展。

核心问题：肝星状细胞（HSC）活化过程中，由己糖激酶2（HK2）介导的乳酸生成，是否通过诱导一种特定的表观遗传修饰——组蛋白乳酸化（histone lactylation），来驱动促纤维化基因的表达，从而推动肝纤维化的进程。基因序列给了我们“生命说明书”，但同样的基因，为何在不同环境、不同时期会表现出截然不同的状态？当我们将表观组学和代谢组学整合分析时，就像同时获得了“调控地图”和“燃料清单”，它既能解释复杂表型的来源，又能指向可操作的靶点，从肿瘤到免疫，从发育到衰老，都能给出机制与疗法的双重答案。

在肿瘤和慢性病毒感染中，CD8+T细胞会进入耗竭状态，表现为功能丧失、表观遗传重塑和代谢重编程。尽管代谢变化是TEX的标志，但营养物质如何通过表观遗传修饰调控T细胞分化命运尚不明确。

本期，我们将介绍表观组学ChIP-seq/CUT&Tag/ATAC-seq技术样本质量的“隐形杀手”和破解之道。

ATAC-seq与RNA-seq结合，可全面揭示染色质重塑对基因表达调控，助力理解细胞命运转化和疾病机制，为新疗法提供理论支持。

这项研究为理解运动训练引起的适应性变化提供了宝贵的资源，并且为未来的研究提供了新的途径，以探索运动对健康和疾病影响的分子机制。多组学技术的特点是将基因组、表观基因组、转录组、蛋白组及代谢组等多维层次的信息进行有机整合，构建基因的调控网络，全面探索和深层次理解各生物分子之间的调控及因果关系，从而正确解析生命体的生物功能和生理机制。基因组学主要研究机体内的遗传物质也就是DNA的组成、结构、功能、定位和编辑等，是对生物体内所有基因进行定量研究并分析他们的生物学意义，为理解基因表达调控奠定基础。

通过Akt-SPARK报告基因检测了胰岛素刺激下ECs中Akt活性的变化，显示HFD喂养的小鼠肠细胞中Akt活性降低，而补充TA或过表达CRTC能够恢复这种活性(Fig.7A,B)，同时，TA补充或CRTC过表达也能显著恢复HFD喂养果蝇的肠细胞中的胰岛素敏感性(Fig.7C)，进一步实验证实了这些处理能够抑制HFD引起的系统性高脂血症(Fig.7D)。在 ND（正常饮食）或HFD（高脂饮食）喂养4天后，肠道中中性脂质水平的定量检测发现，仅4天的HFD就足以增加肠道脂质水平(Figs.1G)，ECs中的。

5.飞行质谱法（MassArray）MassArray 技术通过碱基特异性酶切反应与灵敏可靠的MALDI-TOF质谱技术相结合，实现多重CpG位点分析。待测DNA经过Bisulfite处理，DNA中未甲基化胞嘧啶(C)转变为尿嘧啶(U)，而甲基化修饰的胞嘧啶不变。利用5'末端带有T7-启动子的引物进行PCR扩增，产物经SAP虾碱性磷酸酶处理后用于碱基特异性的酶切反应。

期（11月23日-12月4日），高分项目文章频出，涉及物种有梨、腰果、蘑菇、青枯雷尔氏菌和心肌细胞，我们提供的技术支持有ChIP、重测序、RNA-seq和代谢组，发表期刊包括Plant Journal、Circulation和Nature Communications等知名刊物，平均IF达18分。爱基百客一直致力于提供高质量的科研服务，这些项目文章无疑彰显了我们的技术水平和服务能力。

研究发现Spic在基态 ESC 中快速诱导，并响应细胞外信号调节激酶 （ERK）的 抑制。SPIC 与增强子元件结合并稳定 NANOG 与染色质的结合，特别是在涉及胆碱/单碳代谢的基因（例如Bhmt、Bhmt2和Dmgdh）上。此外，Spic在单碳代谢中起关键作用，降低SAM/SAH比率，从而影响H3R17me2a水平在基态多能性中增加。