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爱基百客
这个作者很懒,什么都没留下…
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云平台教程 | 手把手教你GSEA富集分析和解读
1. 计算富集分数(ES) 富集分数:S 反应基因集(比如某个通路内的基因集)成员 s 在排序基因集 L(比如根据 logFC 排序的差异基因集,默认降序,所以上调基因在顶端)的两端富集的程度。正值ES表示基因集 S 在基因集 L 的顶部富集,负值ES表示基因集 S 在基因集 L 的底部富集。第三部分是排序后所有基因 rank 值的分布,热图红色部分对应的基因在 A 组高表达,蓝色部分对应的基因在 B 组高表达,每个基因对应的信噪比(Signal2noise,前面选择的排序值计算方式)以灰色面积图展示。原创 2024-05-29 11:59:29 · 837 阅读 · 0 评论 -
富集分析不求人,零代码可视化GO/KEGG分析结果
ORA以fisher精确检验(一种超几何分布检验)为代表,需要目标基因集(对什么基因集进行富集分析),通常是差异基因,当然也可以是其他目标基因集,比如上期我们分享的时序分析聚类基因、多个组学联合筛选的候选基因集、WGCNA分析中关注的模块基因等等。右侧的工具介绍和常见问题对富集分析小工具的主要用途,使用方法以及结果解读做了详细的说明。富集柱状图展示的是差异基因在不同条目(通路)中的数目分布情况,通常以x轴表示该条目的数量,y轴表示富集条目,柱子的颜色表示显著性,用红蓝渐变色表示,颜色越红代表该条目越显著。原创 2024-04-24 16:10:19 · 871 阅读 · 0 评论 -
云平台教程 | 手把手教你绘制时序分析
通过分析基因在不同时间点上的表达水平变化,可以识别关键的调控因子和信号通路,深入探索基因调控的动态机制。membership指的是数据点属于每个聚类的程度,通常用一个0到1之间的值表示,表示该数据点与每个聚类中心的相似程度。在转录组数据分析过程中,我们最常做的是不同处理方式的样本之间的比较(Treated vs Control),这时候我们采用“DEG分析+pathway分析”的方式就可基本完成对数据的分析,但有时会获得。等子模块,本着用户至上的理念,平台小工具将会持续更新维护,积极接受用户的反馈和意见。原创 2024-03-29 11:52:25 · 657 阅读 · 0 评论