Igenebook的博客

8月23日，国自然放榜，从目前的公开信息看，基于表观的的基金项目占了近半壁江山。今年，RNA甲基化、DNA甲基化、组蛋白修饰、乳酸化修饰、超级增强子、染色质重塑以及转录调控等研究方向，依旧是科研资助的热点领域。这些前沿课题不仅体现了科研界的关注焦点，也预示着未来生物医学研究的发展趋势。

同时，KDM6A，一种H3K27me3的去甲基化酶，其ChIP-seq结果显示KO细胞中KDM6A峰值显著增加，但与H3K27ac的增加重叠较少 (Fig.3j)，两种KO细胞系之间增加的独特的KDM6A峰值多于共有的(Fig.3k)，这可能影响H3K27me3的水平。同时证明通过抑制KDM6A的活性，可以减少MMP3的表达，并可预防由KMT2C/D突变引起的脑转移(Fig.6g)，不仅增进了人们对TNBC转移机制的理解，也为开发新的治疗策略提供了有价值的信息。然而，本文的数据表明，KDM6A可能是。

在这里，研究发现组蛋白乳酸化增强了ALKBH3的表达，同时通过去除SP100A的m1A甲基化减弱了肿瘤抑制性前髓细胞白血病蛋白（PML）凝聚体的形成，从而促进了癌症的恶性转化。本期，我们分享了组蛋白乳酸化和RNA甲基化联合的思路案例，这些案例不仅展示了这两种修饰在细胞代谢及疾病发生中的协同作用，还揭示了它们如何共同影响基因表达的复杂网络。此外，研究结果表明，乳酸化驱动的ALKBH3对PML核凝聚体的形成至关重要，这架起了我们对m1A修饰、代谢重编程和相分离事件的理解的桥梁。

2024年，一篇诱导多能干细胞(iPSCs)重编程的研究报道了Brg1蛋白是组蛋白乳酸化的阅读器，这是首次报道的组蛋白乳酸化Reader。此外，研究对H3K18la免疫共沉淀实验的蛋白质组学分析揭示了在重编程过程中Brg1的特异性募集，H3K18la和Brg1都富集在与多能性和上皮连接相关的基因启动子上，从而促进细胞MET（间充质-上皮转变）的过程[6]。2024年，Nature Communications上的一篇报道发现一个赖氨酸乳酸化的转移酶HBO1，它可以在体外和细胞内调节组蛋白Kla[4]。

用RNA干扰或（R）-GNE-140抑制LDH活性后，再将成肌细胞与15 mM乳酸钠一起培养4天，结果表明，补充乳酸钠不仅恢复了成肌细胞的分化活性，而且还防止了用siRNA或抑制剂处理的细胞中MyHC蛋白表达和组蛋白赖氨酸乳酸化的下降（图2E，F）。此外，Neu2蛋白表达在乳酸处理后明显增加（图5D）。为了进一步证实H3K9乳酸化在成肌细胞分化中的作用，作者用C646（P300抑制剂）处理成肌细胞，WB结果显示，P300抑制剂显著降低了乳酸盐处理的成肌细胞中H3K9la和MyHC表达的水平（图3C-F）。

如果有多个CUT&Tag样本处理，为了确保反应的一致性和准确性，建议首先在单个1.5-2 mL离心管中批量处理所有反应需要的ConA磁珠，之后再将磁珠分装到8连排的PCR管中，这样可以确保每个样本中磁珠的数量和活性保持一致，从而提高实验结果的可比性和可靠性。相比于传统的ChIP-seq技术，CUT&Tag反应在细胞内进行，创新性地使用了ProteinA/G-Tn5融合蛋白来结合目的蛋白上的抗体，并特异性切割目的蛋白结合的DNA，最终通过结合NGS实现靶蛋白结合位点的精准定位。

CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作的新兴实验方法，该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶在目标蛋白结合的DNA位置进行切割并且在序列两端加上测序接头，经过PCR扩增后形成可以用于高通量测序的文库，随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。组蛋白修饰常见的功能包括：转录激活和抑制、细胞分化、细胞有丝分裂、DNA损失修复，但最为普遍的功能是对基因表达的调控（转录激活和抑制）。在研究组蛋白修饰时，四种标准组蛋白中的每一种都可能在多个位点被修饰，其N末端具有不同的修饰。

这和文献报道的结果一致。Zm00001eb096400编码一种卵磷脂-胆固醇酰基转移酶，在干旱处理的B73中下调峰最多（5个），RNA-seq数据表明与浇水的B73相比，该基因的表达显著降低。作者将他们的乳酸化基因集与之前发表的NCC基因集相交，NCC基因集是比较了6个发育阶段的NCC和全胚胎（WE）细胞的基因表达数据。研究团队聚焦于该基因，为了证实YTHDF2的转录是被H3K18la激活的，通过ChIP-seq数据的peak可视化图可以观察到YTHDF2启动子上的H3K18la信号的显著富集。

乳酸是人体循环系统最丰富的代谢产物之一。乳酸由糖酵解的终产物丙酮酸盐通过乳酸脱氢酶（LDH）产生。有氧条件下，丙酮酸盐可以穿梭进入线粒体，以促进生物合成途径和ATP产生。当氧气不足时，丙酮酸转化为乳酸，该反应再生NAD+，这是维持糖酵解所必需的[1]。对于癌细胞，其即使在有氧条件下也更倾向于将葡萄糖转化成乳酸来产生能量，这就是Warburg 效应。此外，乳酸的累积在表观遗传方面也具有重要影响，乳酸作为前体物质进行组蛋白上的乳酸化修饰，进而影响基因转录。

该研究证明分泌型蛋白Uv1809是一个关键致病性因子。Uv1809靶向增强水稻组蛋白脱乙酰酶OsSRT2介导组蛋白脱乙酰化，降低H4K5ac和H4K8ac水平，从而干扰防御基因的转录激活，进而抑制水稻免疫。此外由CRISPR-Cas9技术编辑的ossrt2水稻株系在生长和产量方面无不良影响，但对水稻病原菌表现出广谱抗性，这为抗病育种提供了潜在有价值的遗传资源。

2013年，美国学者Richard A. Young首次提出超级增强子，其是具有超强转录激活特性的顺式调控元件。与普通增强子相比，超级增强子具有更大的区域跨度（8-20kb）以及更高密度的转录激活相关组蛋白修饰，Mediator复合体，Bromodomain containing 4 蛋白(BRD4)和其他转录因子。超级增强子典型特征就是具有高密度的H3K27ac和H3K4me1修饰。今天我们就带大家来了解超级增强子的重要标记——H3K27ac。

首次利用染色质免疫沉淀测序技术对不同条件太平洋亚历山大藻进行了H3K4me3的研究。在HL条件下，氮代谢和内吞作用与H3K4me3的调节显著相关。此外，H3K4me3也与HN下的维生素代谢途径显著相关。这些发现表明，H3K4me3在调节太平洋亚历山大藻的快速生长中发挥着潜在的重要作用。这些关于这种甲藻中组蛋白修饰调控网络的知识，为未来相关领域的研究奠定了必要的基础。

作者阐明谱系可塑性在晚期PDAC肿瘤在消除中心致癌驱动基因Yap后发生自发复发的机制。实验表明Jun与PTF Sox2/5、Twist2、Nr2f1/2形成相互连接的前馈转录环，并招募PTF激活与Yap非依赖性相关的SEs。此外，单独的PTF或Jun单独占据的CRE在很大程度上没有H3K27乙酰化和Brd4结合，这表明PTF和Jun之间的协同作用是维持YAP非依赖性PDAC细胞活跃转录所必需的。

H3K4me3作为一种广为人知的组蛋白修饰，不仅参与转录起始、延伸和RNA剪接，而且该修饰也与多种疾病以及其他一些生命活动相关。进一步的研究将有助于揭示H3K4me3在基因调控网络中的作用机制，并为相关疾病的诊断和治疗提供新的靶点和策略。