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CUTTag技术通过原位酶切原理实现低背景的表观遗传分析，但其对照设计与传统ChIP-seq存在本质差异。本文提出三层次优化方案：1）实验内需采用同源IgG对照（非Input），消除抗体非特异结合噪声；2）样本间对照需根据研究目标（药物处理/基因编辑/发育时序等）设计匹配的生物学对照组；3）生物学重复建议细胞系研究至少3重复，复杂样本需3-4重复。特别提示标签蛋白实验需设置空载/野生型对照以排除干扰。合理的对照排布可避免90%的数据假阴性问题，显著提升研究可靠性。

组蛋白多巴胺修饰，新型修饰介绍，研究技术及应用

M6AREG2.0是由浙江大学医学院开发的综合性数据库，专注于m6A修饰与其他表观遗传调控（如组蛋白修饰、DNA甲基化、RNA修饰和非编码RNA）之间的交互作用。

中国农科院茶叶所联合西南大学团队在《The Plant Journal》发表研究，揭示了茶树越冬芽萌发的表观遗传调控机制。研究发现CHH低甲基化与H3K4me3/H3K27ac组蛋白修饰协同激活生长素信号通路，促进细胞周期重启和细胞壁重塑，驱动芽萌发。通过多组学分析发现，DNA去甲基化（特别是CHH型）和激活型组蛋白修饰共同调控激素信号基因表达，其中生长素信号起关键作用。功能验证表明抑制DNA甲基化可促进芽萌发，CsARF18基因通过激活下游效应基因调控该过程。该研究为常绿植物休眠解除提供了新理论依据。

【研究摘要】两项独立研究揭示了组蛋白修饰在棉花耐盐性中的关键作用。河南农业大学团队发现盐胁迫会降低棉花根部H3K27me3修饰水平，通过激活GhNCED3等基因表达增强耐盐性，抑制该修饰可改善离子稳态和抗氧化能力。中国农科院团队则发现盐胁迫会升高根尖H3K27me3水平，鉴定出负调控因子GhERF114，其通过抑制抗氧化基因表达降低耐盐性。两项研究均采用CUT&Tag技术，但观察到H3K27me3的相反变化趋势，可能源于品种差异，提示组蛋白修饰调控具有背景依赖性。这些发现为棉花耐盐育种提供了重要靶点

甲基化在分子生物学中有三种主要形式：DNA甲基化、RNA甲基化和组蛋白甲基化。DNA甲基化主要发生在胞嘧啶上，由DNMTs酶催化，具有稳定遗传特性；RNA甲基化（如m6A）动态调控RNA加工和翻译；组蛋白甲基化则影响染色质结构和基因表达。三者虽都涉及甲基修饰，但作用对象和功能不同：DNA甲基化维持基因组稳定性，RNA甲基化调控转录后过程，组蛋白甲基化塑造染色质状态。它们通过共享代谢底物SAM形成调控网络，在表观遗传中协同作用，共同参与基因表达调控、细胞分化和疾病发生等过程。

研究摘要 重庆医科大学团队在《ACS Nano》发表研究，提出利用磷掺杂单原子铁纳米酶（Fe@CN-P）调控乳酸代谢与表观遗传，治疗糖尿病慢性伤口。该纳米酶通过电子结构工程，兼具乳酸氧化酶（LOX）活性与多酶催化功能，实现乳酸“逆转-再利用”：将乳酸转化为丙酮酸并促进三羧酸循环，同时抑制组蛋白乳酸化修饰（H3K18la），下调促炎基因（FGR、IL-1α、MMP9）。体内实验显示，Fe@CN-P可加速伤口愈合，兼具抗菌、抗炎和代谢重编程作用。这一“代谢-表观遗传协同调控”策略为代谢性疾病治疗提供了新思路。

本文介绍了表观遗传学的基础概念，将DNA序列比作"硬件"，表观调控则是决定基因表达的"软件"。文章重点解析了四大表观机制：DNA甲基化（最稳定的沉默信号）、组蛋白修饰（复杂精密的"密码本"）、染色质可及性与三维结构（宏观的空间折叠）、染色质重塑（基因组的"搬运工"）。此外还介绍了表观重编程、表观记忆、二价染色质和表观时钟等常见概念。这些知识为科研新人提供了理解表观遗传学的基础框架，帮助掌握该领域的核心内容。

从组蛋白修饰因子（如OsSHH5、HDA705和CsPRMT5）对防御基因染色质状态的直接重塑，到转录因子协同MTA介导的RNA m6A抗病毒靶向降解，再到病原菌侵染诱导的DNA甲基化全基因组重编程，这些研究深刻揭示了植物免疫反应的表观遗传学本质。无论是组蛋白修饰（如甲基化、乙酰化及新型酰化修饰）、RNA甲基化修饰（如m6A），还是全基因组层面的DNA甲基化，这些多维度的表观遗传变化不仅能够精准调控防御基因的激活与沉默，还在平衡植物生长发育与抗病性之间扮演着核心角色。

哈尔滨医科大学团队在《Nucleic Acids Research》发布了SEdb 3.0数据库，实现了超级增强子研究的重大突破。该版本首次将拟南芥和玉米纳入数据库，打破了动植物研究壁垒，涵盖4个物种的5387个ChIP-seq样本数据。新增eRNA、转录辅因子等深度功能注释，并提供SEBlast比对、核心转录因子富集等实用工具。通过整合多维数据和完善分析功能，SEdb 3.0为解析细胞命运决定机制和作物农艺性状调控提供了重要平台。

植物表观遗传学研究揭示了一系列新型组蛋白短链酰化修饰（如巴豆酰化、乳酸化等）正在改写传统组蛋白密码认知。这些修饰直接来源于代谢中间产物，构建了环境胁迫-代谢波动-染色质重塑-基因表达的直接通路。最新综述系统梳理了植物中近200个酰化修饰位点、相关代谢酶及其在发育和胁迫响应中的调控功能，特别强调了这些修饰在植物特有的代谢调控网络中的独特作用。尽管研究取得进展，但植物酰化修饰间的串扰机制、代谢调控特异性以及关键阅读器蛋白的鉴定仍是未来研究的重点方向......

自 1989 年 “肠 - 脑轴” 命名以来，肠道菌群研究已从 “差异描述” 进阶到 “机制 - 干预 - 临床价值” 三位一体的因果闭环阶段，2026 年国自然将其列为持续热点方向。菌群 - 宿主共代谢是核心赛道：微生物可将膳食纤维、胆固醇等日常底物，转化为短链脂肪酸、次级胆汁酸等信号分子；这些代谢物可作用于宿主组蛋白的乙酰化、m6A 等位点，重塑染色质开放度，调控基因转录的 “开 / 关”，进而影响疾病表型。

1. 组蛋白修饰由“书写器”、“阅读器”和“擦除器”调控，它们各自在基因激活和沉默中扮演着独特的角色。“书写器”和“擦除器”直接改变激活型或沉默型标记的水平；然而，“阅读器”的作用更为复杂，它们既可以增强也可以抵消这些标记，甚至可以介导额外的下游功能。2. 目前对染色质修饰因子的研究主要局限于基因突变体，且评估方式多为位点特异性的，侧重于其表型效应，而非其精确的分子功能和生化特性。3. 组蛋白修饰通过调节多能性因子的表达来维持分生组织中的干细胞状态，并使其能够分化为其他组织。

中期SUV39H2/HP1脱离后，后期SUV39H2先回贴染色体（fig.3g），末期HP1再聚集，而G2E3-KO严重阻断这一重定位（fig.3g）。本文围绕哺乳动物异染色质组装机制展开，揭示了E3泛素连接酶G2E3通过催化组蛋白H3第14位赖氨酸的单泛素化（H3K14ub），在细胞分裂过程中驱动SUV39H甲基转移酶定位于中心粒周围异染色质，进而促进H3K9me3修饰和HP1蛋白招募，从而维持异染色质结构和功能，并防止SUV39H错误定位于常染色质，确保染色质正确分隔和基因表达调控。

增强子还展现相分离（Phase Separation）特性，活跃增强子区域（尤其是超级增强子）能促进转录相关因子的局部浓缩，形成动态的“转录工厂”或“转录中心”。图：在超级增强子处，高密度的转录因子、共激活子（BRD4、MED1 和 p300）以及 RNA 聚合酶 II 的富集，通过相分离驱动转录凝聚体的形成。利用改造后的Tn5转座酶，检测细胞核中哪些DNA区域是“开放”的（即容易被蛋白质访问），这些区域往往是调控元件如启动子、增强子或绝缘子的所在位置，增强子也需要在开放状态发挥调控作用。

CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作的新兴实验方法，该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶在目标蛋白结合的DNA位置进行切割并且在序列两端加上测序接头，经过PCR扩增后形成可以用于高通量测序的文库，随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。有趣的是，这种表型差异在E11.5后消失，研究人员认为这可能与小鼠基因组中增强子的功能冗余有关，暗示鲸类肢体形态的复杂变化可能是由多个CNEs和/或基因共同驱动的。鲸类四肢形态的改变是其适应水生环境的关键特征。

爱基百客提供领先的表观组学技术服务，针对多种组蛋白修饰（组蛋白甲基化、乙酰化、乳酸化、巴豆酰化、血清素化等）有丰富的项目经验，可提供ChIP-seq和CUT&Tag的技术服务。

华中科技大学同济医学院附属同济医院器官移植研究所与山东中医药大学附属医院神经外科在《Theranostics》杂志发表题为Histone lactylation-driven B7-H3 expression promotes tumor immune evasion研究文章；此研究利用RNA-seq、ChIP-seq、CUT&Tag-qpcr、WB、CRISPR/Cas9基因编辑等技术探究了乳酸通过组蛋白乳酰化调控肿瘤免疫逃逸的机制，研究揭示了乳酸代谢在肿瘤免疫微环境中的重要作用，并为靶向乳酸代谢的肿瘤免

表观修饰在水果研究中的应用，就像一把神奇的钥匙，为我们打开了深入理解水果从田间到餐桌的转变之门。它不仅关乎基因本身，更关乎基因如何被“调控”，这种调控不涉及DNA序列的改变，却能深刻影响水果的品质、成熟和抗逆性。

本文研究主要探讨了组蛋白乳酸化在肝癌微波消融术后转移中的作用机制，并揭示了其通过调控NFS1介导的铁死亡抵抗促进肿瘤进展的分子通路。爱基百客为该研究提供ChIP-seq的技术支持。

组蛋白乳酸化蛋白再添新的调控蛋白，爱基百客提供领先的表观组学，ChIP-seq和CUT&Tag产品在组蛋白修饰上有丰富的经验。

8月23日，国自然放榜，从目前的公开信息看，基于表观的的基金项目占了近半壁江山。今年，RNA甲基化、DNA甲基化、组蛋白修饰、乳酸化修饰、超级增强子、染色质重塑以及转录调控等研究方向，依旧是科研资助的热点领域。这些前沿课题不仅体现了科研界的关注焦点，也预示着未来生物医学研究的发展趋势。

同时，KDM6A，一种H3K27me3的去甲基化酶，其ChIP-seq结果显示KO细胞中KDM6A峰值显著增加，但与H3K27ac的增加重叠较少 (Fig.3j)，两种KO细胞系之间增加的独特的KDM6A峰值多于共有的(Fig.3k)，这可能影响H3K27me3的水平。同时证明通过抑制KDM6A的活性，可以减少MMP3的表达，并可预防由KMT2C/D突变引起的脑转移(Fig.6g)，不仅增进了人们对TNBC转移机制的理解，也为开发新的治疗策略提供了有价值的信息。然而，本文的数据表明，KDM6A可能是。

在这里，研究发现组蛋白乳酸化增强了ALKBH3的表达，同时通过去除SP100A的m1A甲基化减弱了肿瘤抑制性前髓细胞白血病蛋白（PML）凝聚体的形成，从而促进了癌症的恶性转化。本期，我们分享了组蛋白乳酸化和RNA甲基化联合的思路案例，这些案例不仅展示了这两种修饰在细胞代谢及疾病发生中的协同作用，还揭示了它们如何共同影响基因表达的复杂网络。此外，研究结果表明，乳酸化驱动的ALKBH3对PML核凝聚体的形成至关重要，这架起了我们对m1A修饰、代谢重编程和相分离事件的理解的桥梁。

2024年，一篇诱导多能干细胞(iPSCs)重编程的研究报道了Brg1蛋白是组蛋白乳酸化的阅读器，这是首次报道的组蛋白乳酸化Reader。此外，研究对H3K18la免疫共沉淀实验的蛋白质组学分析揭示了在重编程过程中Brg1的特异性募集，H3K18la和Brg1都富集在与多能性和上皮连接相关的基因启动子上，从而促进细胞MET（间充质-上皮转变）的过程[6]。2024年，Nature Communications上的一篇报道发现一个赖氨酸乳酸化的转移酶HBO1，它可以在体外和细胞内调节组蛋白Kla[4]。

用RNA干扰或（R）-GNE-140抑制LDH活性后，再将成肌细胞与15 mM乳酸钠一起培养4天，结果表明，补充乳酸钠不仅恢复了成肌细胞的分化活性，而且还防止了用siRNA或抑制剂处理的细胞中MyHC蛋白表达和组蛋白赖氨酸乳酸化的下降（图2E，F）。此外，Neu2蛋白表达在乳酸处理后明显增加（图5D）。为了进一步证实H3K9乳酸化在成肌细胞分化中的作用，作者用C646（P300抑制剂）处理成肌细胞，WB结果显示，P300抑制剂显著降低了乳酸盐处理的成肌细胞中H3K9la和MyHC表达的水平（图3C-F）。

如果有多个CUT&Tag样本处理，为了确保反应的一致性和准确性，建议首先在单个1.5-2 mL离心管中批量处理所有反应需要的ConA磁珠，之后再将磁珠分装到8连排的PCR管中，这样可以确保每个样本中磁珠的数量和活性保持一致，从而提高实验结果的可比性和可靠性。相比于传统的ChIP-seq技术，CUT&Tag反应在细胞内进行，创新性地使用了ProteinA/G-Tn5融合蛋白来结合目的蛋白上的抗体，并特异性切割目的蛋白结合的DNA，最终通过结合NGS实现靶蛋白结合位点的精准定位。

CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作的新兴实验方法，该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶在目标蛋白结合的DNA位置进行切割并且在序列两端加上测序接头，经过PCR扩增后形成可以用于高通量测序的文库，随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。组蛋白修饰常见的功能包括：转录激活和抑制、细胞分化、细胞有丝分裂、DNA损失修复，但最为普遍的功能是对基因表达的调控（转录激活和抑制）。在研究组蛋白修饰时，四种标准组蛋白中的每一种都可能在多个位点被修饰，其N末端具有不同的修饰。

这和文献报道的结果一致。Zm00001eb096400编码一种卵磷脂-胆固醇酰基转移酶，在干旱处理的B73中下调峰最多（5个），RNA-seq数据表明与浇水的B73相比，该基因的表达显著降低。作者将他们的乳酸化基因集与之前发表的NCC基因集相交，NCC基因集是比较了6个发育阶段的NCC和全胚胎（WE）细胞的基因表达数据。研究团队聚焦于该基因，为了证实YTHDF2的转录是被H3K18la激活的，通过ChIP-seq数据的peak可视化图可以观察到YTHDF2启动子上的H3K18la信号的显著富集。

乳酸是人体循环系统最丰富的代谢产物之一。乳酸由糖酵解的终产物丙酮酸盐通过乳酸脱氢酶（LDH）产生。有氧条件下，丙酮酸盐可以穿梭进入线粒体，以促进生物合成途径和ATP产生。当氧气不足时，丙酮酸转化为乳酸，该反应再生NAD+，这是维持糖酵解所必需的[1]。对于癌细胞，其即使在有氧条件下也更倾向于将葡萄糖转化成乳酸来产生能量，这就是Warburg 效应。此外，乳酸的累积在表观遗传方面也具有重要影响，乳酸作为前体物质进行组蛋白上的乳酸化修饰，进而影响基因转录。

该研究证明分泌型蛋白Uv1809是一个关键致病性因子。Uv1809靶向增强水稻组蛋白脱乙酰酶OsSRT2介导组蛋白脱乙酰化，降低H4K5ac和H4K8ac水平，从而干扰防御基因的转录激活，进而抑制水稻免疫。此外由CRISPR-Cas9技术编辑的ossrt2水稻株系在生长和产量方面无不良影响，但对水稻病原菌表现出广谱抗性，这为抗病育种提供了潜在有价值的遗传资源。

2013年，美国学者Richard A. Young首次提出超级增强子，其是具有超强转录激活特性的顺式调控元件。与普通增强子相比，超级增强子具有更大的区域跨度（8-20kb）以及更高密度的转录激活相关组蛋白修饰，Mediator复合体，Bromodomain containing 4 蛋白(BRD4)和其他转录因子。超级增强子典型特征就是具有高密度的H3K27ac和H3K4me1修饰。今天我们就带大家来了解超级增强子的重要标记——H3K27ac。

首次利用染色质免疫沉淀测序技术对不同条件太平洋亚历山大藻进行了H3K4me3的研究。在HL条件下，氮代谢和内吞作用与H3K4me3的调节显著相关。此外，H3K4me3也与HN下的维生素代谢途径显著相关。这些发现表明，H3K4me3在调节太平洋亚历山大藻的快速生长中发挥着潜在的重要作用。这些关于这种甲藻中组蛋白修饰调控网络的知识，为未来相关领域的研究奠定了必要的基础。

作者阐明谱系可塑性在晚期PDAC肿瘤在消除中心致癌驱动基因Yap后发生自发复发的机制。实验表明Jun与PTF Sox2/5、Twist2、Nr2f1/2形成相互连接的前馈转录环，并招募PTF激活与Yap非依赖性相关的SEs。此外，单独的PTF或Jun单独占据的CRE在很大程度上没有H3K27乙酰化和Brd4结合，这表明PTF和Jun之间的协同作用是维持YAP非依赖性PDAC细胞活跃转录所必需的。

H3K4me3作为一种广为人知的组蛋白修饰，不仅参与转录起始、延伸和RNA剪接，而且该修饰也与多种疾病以及其他一些生命活动相关。进一步的研究将有助于揭示H3K4me3在基因调控网络中的作用机制，并为相关疾病的诊断和治疗提供新的靶点和策略。