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DAP-seq
文章平均质量分 91
爱基百客
这个作者很懒,什么都没留下…
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项目文章| Plant Cell&DAP-seq解析草莓NAC转录因子FvRIF的调控网络
通过RNA-seq进行的表达分析(图7E)和RT-qPCR(图7F)显示,相对于野生型,在突变系(Fvrif-6和Fvrif-13)的果实中,FvMYB10、FvSEP3和FvSPT表现出降低的表达水平,而FvARF2表现出增加的表达水平。分别得到Fvrif-6与WT的差异基因以及Fvrif-13和WT的差异基因信息。其中,769个基因(37.0%)代表FvRIF正向调控的靶标,在Fvrif系中下调,而1,311个基因(63.0%)被认为是FvRIF负向调控的靶标,在Fvrif突变系中上调(图4A)。原创 2024-04-10 14:01:53 · 657 阅读 · 0 评论 -
真菌DAP-seq|丝状真菌中与碳利用相关的调控和转录景观
丝状真菌Neurospora crassa,通过分泌一系列植物细胞壁降解酶、重塑代谢以适应分泌酶的生产,以及使植物生物质成分的运输和细胞内利用,非常高效地分解植物生物质。尽管已经鉴定了参与植物生物质利用的一些酶和转录调控因子,但目前尚不清楚丝状真菌如何感知和整合植物细胞壁中编码的营养信息,以实现对复杂碳源的最佳利用。原创 2023-11-21 15:18:05 · 161 阅读 · 0 评论 -
Plant Cell | DAP-seq和ATAC-seq助力构建玉米胚乳发育调控网络
禾本科植物,如水稻(Oryza sativa)和玉米(Zea mays)的胚乳,不仅是种子发芽和幼苗早期生长的能量来源,也是人类食物、畜禽饲料及工业用途的重要原料。胚乳的发展经历两个主要阶段:一是细胞发展阶段,此时细胞会经历大量的分裂与分化;二是籽粒灌浆阶段,细胞在此期间积累淀粉和蛋白质等储存物质。三个关键转录因子,即NAKED ENDOSPERM1 (NKD1)、NKD2和OPAQUE2 (O2),在玉米胚乳的细胞发展和储存物质积累中扮演了核心角色。这些转录因子的突变体在胚乳灌浆过程中展现出一系列相似原创 2023-10-30 10:51:21 · 253 阅读 · 0 评论 -
DAP-seq在植物转录因子的应用案例助你打通研究思路
蛋白质和DNA互作研究技术可以帮助我们研究转录因子结合的DNA序列到底是什么。目前应用较多的是染色质免疫共沉淀技术(ChIP-seq),但该实验对抗体要求较高,适用范围受到限制。另一种技术即DNA亲和纯化测序(DAP-seq),具有与ChIP-seq同样的功能,但该技术对样本量要求低,具有快速、高通量、节约时间成本等优势,更加适用于植物转录因子的研究。原创 2023-09-28 14:43:32 · 521 阅读 · 0 评论 -
BMC Plant Biol|DAP-seq和RNA-seq揭示转录因子ZmCCT调节玉米光周期依赖性开花和胁迫响应
通过DAP-seq和RNA-seq联合分析发现ZmCCT可以调节玉米光周期依赖性开花和胁迫响应。原创 2023-03-02 14:11:52 · 966 阅读 · 0 评论 -
转录因子和组蛋白修饰研究思路 | DNA蛋白互作专题
很多小伙伴对于ChIP-seq、CUT&Tag和DAP-seq如何选择比较纠结?结合技术特点,我们谈谈它们的差异点以及如何选择。ChIP-seq历史最悠久,技术比较成熟稳定。它首先利用染色质免疫共沉淀技术特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集到的DNA片段进行高通量测序。最后,利用生信分析在全基因组范围内获取与转录因子、组蛋白等互作的DNA区段信息。ChIP-seq实验流程CUT&Tag和DAP-seq技术是近几年发展起来的新技术。原创 2023-02-24 11:08:21 · 1104 阅读 · 0 评论 -
The Plant Journal | DAP-seq助力揭示乌龙茶树杂种优势形成的分子机制
本研究主要利用DAP-seq与ATAC-seq联合分析来揭示乌龙茶树杂种优势形成的分子机制。原创 2022-11-10 14:05:27 · 728 阅读 · 0 评论