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DAP-seq技术通过体外表达带标签的转录因子蛋白，与基因组DNA文库结合后测序，解决了ChIP-seq对抗体和转基因体系的依赖问题。该技术特别适用于抗体缺乏、遗传操作困难或蛋白表达量低的体系，已成为植物转录因子研究的重要工具。三个真菌研究案例展示了DAP-seq的广泛应用：在指状青霉中解析风味物质代谢调控机制，在金针菇中揭示MAPK通路与疏水蛋白表达的关联，在尖孢镰刀菌中阐明全局调控因子的多效性功能。DAP-seq为难以满足ChIP-seq条件的转录因子研究提供了可靠替代方案。

面对日益庞大且复杂的基因组学研究需求，DAP-seq无疑是广大科研工作者深挖分子机制、提升课题深度与广度、冲击高水平学术期刊的核心利器。期待在未来的科研探索中，DAP-seq技术能为您的前沿突破插上强有力的翅膀。

北京市农林科学院蔬菜所西瓜课题组在《New Phytologist》发表研究，揭示了miR159a-MYB33模块通过调控果胶降解酶PG活性影响西瓜花药开裂的分子机制。研究发现，Cl-miR159a过表达会抑制ClMYB33表达，导致花药开裂区细胞壁果胶降解受阻，从而引发雄性不育。通过DAP-seq和RNA-seq联合分析，证实ClMYB33直接调控ClPG1和ClQRT2基因表达，其中ClQRT2是调控花药开裂的关键因子。该研究为西瓜雄性不育机制提供了新见解，并为作物杂种优势利用提供了理论基础。

中国科学院植物研究所王利军团队研究发现葡萄耐热性调控新机制。研究揭示HSFA2-HSFB2a-WRKY10转录级联通路在葡萄耐热性中的关键作用：HSFA2激活HSFB2a，后者抑制WRKY10表达，从而解除WRKY10对耐热基因APX3和HSP18.1的抑制作用。研究还发现野生葡萄V.davidii的HSFB2a启动子活性显著高于栽培葡萄V.vinifera，这可能是其耐热性更强的重要原因。该成果为培育耐热葡萄品种提供了理论依据，发表在《Plant Physiology》期刊。

福建农林大学吴建国团队联合国际学者在《Cell》发表重要研究，揭示了独脚金内酯(SL)激素信号通路调控水稻抗病毒RNAi的新机制。研究发现SL通过激活转录因子MID1与ONAC131协同作用，上调RDR1/RDR6表达促进抗病毒小RNA产生。病毒P3蛋白通过占据SL受体D14结合界面抑制该通路，而基于冷冻电镜结构设计的D14D102N突变体可阻断P3干扰，使水稻在保持正常生长的同时获得抗病毒能力。该研究为作物抗病育种提供了新思路，爱基百客为研究提供了DAP-seq技术支持。

东北农业大学陈庆山团队发现大豆三螺旋转录因子GmGT-2F通过直接激活α-半乳糖苷酶基因GmAGAL的表达，显著提高种子油含量并改变脂肪酸组成。该研究整合RNA-seq和DAP-seq技术，揭示GmGT-2F通过增强GmAGAL的酶活性促进油脂积累，同时鉴定出其互作蛋白GmCYP2的抑制作用。通过对547份种质资源的单倍型分析，发现与高油含量相关的基因变异，为大豆分子育种提供了新靶点。

转录因子作为植物免疫反应中的“战时指挥官”，其功能远不止于单一基因的开关。从SlJIG调控次生代谢产物到MYC2介导的复杂级联反应，再到miR172a-SNB-MYB30模块揭示的表观遗传调控，上述案例清晰地勾勒出植物抗逆研究演进的轨迹：我们正从鉴定单个抗病基因的“单点突破”，迈向解析多蛋白复合体、多层级转录级联以及激素互作的“多维网络”时代。随着DAP-seq、CUT&Tag、ChIP-seq等组学技术的广泛应用，转录因子在基因组范围内的结合图谱正变得愈发清晰。

近期，华中农业大学刘继红教授团队在期刊Plant Biotechnology Journal（IF=10.5)发表一项研究，通过DAP-seq和RNA-seq揭示了通过调控CiCAD7介导的桔皮素生物合成和CiGSTF6依赖的ROS清除来调节抗寒性，此外，CiWRKY27还与受其调控的CiRAP2.7蛋白相互作用，形成一个关键的抗寒调控模块。沉默CiRAP2.7的VIGS植株对低温更为敏感，表现为更严重的叶片萎蔫、更低的叶绿素荧光（Fv/Fm）以及更高的电解质渗漏和丙二醛含量（图9）。

总体而言，在实验证据支撑下，该研究系统描绘了荔枝DREB/ERF家族的结合图谱，揭示了复杂的转录调控网络，并为复杂基因组背景下，特别是DREB/ERF基因家族的转录因子研究提供了重要资源。解析转录因子的结合靶点，是构建基因调控网络的关键一步。纵观本期精选的五项前沿成果，无论是宜昌橙中CiWRKY27-CiRAP2.7协同抗寒模块的解析，还是葡萄TTC4单核苷酸多态性（SNP）介导的耐热性分化机制，亦或是荔枝和菊花中复杂的生长发育调控网络，DAP-seq技术都展现出了其在非模式植物研究中的重要作用。

以“sna/MA0086.2/Jaspar(0.681)”为例，其含义是这个比对结果来自Jaspar数据库的sna转录因子，MA0086.2是Jaspar的编号，可通过这个具体编号找到对应sna-motif信息（当没有MA编号时，可以直接搜索转录因子的名称），0.681代表该denovo motif与这个sna-motif的序列相似打分。call peak： 将bam文件进行Peak检测，得到富集区域的信息，并进行Peak在基因功能元件的分布，最近基因寻找及motif预测。图1 DNA提取质控报告。

该研究利用GWAS和RNA-seq鉴定到葡萄耐热性的一个关键基因TTC4，然后利用DAP-seq找到了它的两个靶基因HSP18.1和APX3。同时，关联分析及相关验证表明TTC4内含子中的SNP变异调控葡萄耐热性。

蛋白DNA互作调控网络探究中表观组数据分析的核心--peak。它到底是指什么？如何来的？该如何选择运用到文章中呢？

近日，陕西师范大学肖光辉课题组在期刊Developmental Cell（IF=10.7）发表题为Strigolactone promotes cotton fiber cell elongation by de-repressing DWARF53 on linolenic acid biosynthesis的文章，本研究利用ChIP-seq、DAP-seq、RNA-seq、Y1H/Y2H、Dual-LUC、EMSA等技术方法探究GhD53在棉花纤维发育中的作用及调控机制。爱基百客为该研究提供DA

分析发现，大多数基因（44.2%）被1到5个TF结合，而只有1.1%的基因被超过20个TF结合（Fig.2d）。与相邻序列相比，转录因子结合位点（TFBS）显示出较低的甲基化水平（Fig.1f）和较高的染色质可及性（Fig.1g），这表明表观遗传标记可能在调节转录因子结合中起作用，而转录因子的结合也可能影响这些表观遗传标记。用户可以在SoyTFBase中搜索特定TF的靶基因，或搜索调控特定基因的TF（Fig.7f），并使用“比较”工具发现不同基因的共同TF调控因子，或不同TF的共同靶基因（Fig.7g）。

一文教您如何进行DAP-seq的数据挖掘，筛选验证位点：从分析前思路→分析思路→如何筛选验证位点。

DAP-seq与转录组结合表明，2080个基因是FvRIF介导的调控的直接靶点，包括与果实成熟的各个方面相关的基因。DNA亲和纯化测序技术（DAP-seq）是体外研究DNA与蛋白结合情况的技术，将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合，使用体外表达的TF蛋白对裸露的全基因组DNA片段进行孵育，以确定结合序列。（3）比对完成后会生成bam文件，利用软件对bam文件进行call peak，简单来看就是看在哪些位置有reads的显著性堆积，这个位置能体现出研究的转录因子结合的位置在哪里；

通过RNA-seq进行的表达分析（图7E）和RT-qPCR（图7F）显示，相对于野生型，在突变系（Fvrif-6和Fvrif-13）的果实中，FvMYB10、FvSEP3和FvSPT表现出降低的表达水平，而FvARF2表现出增加的表达水平。分别得到Fvrif-6与WT的差异基因以及Fvrif-13和WT的差异基因信息。其中，769个基因（37.0%）代表FvRIF正向调控的靶标，在Fvrif系中下调，而1,311个基因（63.0%）被认为是FvRIF负向调控的靶标，在Fvrif突变系中上调（图4A）。

丝状真菌Neurospora crassa，通过分泌一系列植物细胞壁降解酶、重塑代谢以适应分泌酶的生产，以及使植物生物质成分的运输和细胞内利用，非常高效地分解植物生物质。尽管已经鉴定了参与植物生物质利用的一些酶和转录调控因子，但目前尚不清楚丝状真菌如何感知和整合植物细胞壁中编码的营养信息，以实现对复杂碳源的最佳利用。

禾本科植物，如水稻（Oryza sativa）和玉米（Zea mays）的胚乳，不仅是种子发芽和幼苗早期生长的能量来源，也是人类食物、畜禽饲料及工业用途的重要原料。胚乳的发展经历两个主要阶段：一是细胞发展阶段，此时细胞会经历大量的分裂与分化；二是籽粒灌浆阶段，细胞在此期间积累淀粉和蛋白质等储存物质。三个关键转录因子，即NAKED ENDOSPERM1 (NKD1)、NKD2和OPAQUE2 (O2)，在玉米胚乳的细胞发展和储存物质积累中扮演了核心角色。这些转录因子的突变体在胚乳灌浆过程中展现出一系列相似

蛋白质和DNA互作研究技术可以帮助我们研究转录因子结合的DNA序列到底是什么。目前应用较多的是染色质免疫共沉淀技术（ChIP-seq），但该实验对抗体要求较高，适用范围受到限制。另一种技术即DNA亲和纯化测序（DAP-seq），具有与ChIP-seq同样的功能，但该技术对样本量要求低，具有快速、高通量、节约时间成本等优势，更加适用于植物转录因子的研究。

通过DAP-seq和RNA-seq联合分析发现ZmCCT可以调节玉米光周期依赖性开花和胁迫响应。

很多小伙伴对于ChIP-seq、CUT&Tag和DAP-seq如何选择比较纠结？结合技术特点，我们谈谈它们的差异点以及如何选择。ChIP-seq历史最悠久，技术比较成熟稳定。它首先利用染色质免疫共沉淀技术特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集到的DNA片段进行高通量测序。最后，利用生信分析在全基因组范围内获取与转录因子、组蛋白等互作的DNA区段信息。ChIP-seq实验流程CUT&Tag和DAP-seq技术是近几年发展起来的新技术。

本研究主要利用DAP-seq与ATAC-seq联合分析来揭示乌龙茶树杂种优势形成的分子机制。