利用Jaspar进行转录因子结合位点预测

前期我们介绍了如何进行ChIP-qPCR验证，里面提到了一个比较重要的因素——扩增范围的选择及引物的设计。相比双荧光素酶、酵母单杂-点对点验证等允许完整启动子验证的实验，ChIP-qPCR要求单次验证的范围尽量控制在150-200bp内。但一个基因的启动子一般有2-3k，如果漫无目的地选择区域去验证，不仅花费的成本会很高，检测效果也会大打折扣。在没有进行前期ChIP-seq的基础上，如何对感兴趣的转录因子（TF）以及靶基因pro进行验证，以及如何筛选靶点，也成为了许多老师困惑的地方。

前期我们介绍了当拥有motif矩阵时，如何利用fimo进行结合位点预测，详见【一文GET寻找motif在序列上的定位】。这里，给大家介绍一下如何利用Jaspar去寻找感兴趣TF的motif以及利用Jaspar-scan进行结合位点预测。

 一  「 确定目标转录因子名称与靶基因启动子序列 」

要做验证，当然就要确定好验证对象。当验证对象为转录因子时，大多数老师都会将靶基因的验证区域锁定为启动子序列。那么，我们可以通过NCBI（其他数据库也行，在此以NCBI为例）去找到某个靶基因的启动子序列。我们以STAT3（TF）以及CXCL1-pro（靶基因启动子）（物种：human；参考文献：doi：10.1038/s41419-024-06843-y）作为研究对象。核心数据库JASPAR CORE包含的物种类群主要包括vertebrata（脊椎动物），insecta（昆虫），nemat