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爱基百客
这个作者很懒,什么都没留下…
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小白轻松入门GWAS:从数据准备到可视化结果
P值(p-value)是一个重要的统计指标,用于评估某个基因变异(通常是单核苷酸多态性,SNP)与研究的性状或疾病之间关联的显著性。在曼哈顿图中,横轴表示基因组的染色体位置,按照染色体的顺序排列,每个染色体用不同的颜色表示。单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)是指在基因组的特定位置上,单个核苷酸(A、T、C或G)发生变异,导致不同个体之间在该位置上的碱基不同。质量通常是由一个或少数几个基因控制的,表现为离散的、可区分的类别,例如豌豆的花色或人类的血型。原创 2024-06-11 11:28:56 · 661 阅读 · 0 评论 -
善用KEGG数据库挖掘目的基因
要注意的是KEGG通路图之间并非孤立的,而是常常会标注该通路中的基因或代谢物来自或流向其它相关的通路。通常得到相关的基因集或者代谢物后,我们都希望能够快速了解它们的蛋白功能和涉及的调控机制,从而进一步锁定接下来关注的核心基因。map编号:代表reference pathway,根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图。KEGG富集分析就是一种很好的手段。与富集分析不同,KEGG注释是基于基因本身比对数据库后给出对应的K号,K号表示基因,每个号代表的是所有物种的一个同源基因。原创 2024-05-24 11:42:12 · 1143 阅读 · 0 评论 -
富集分析不求人,零代码可视化GO/KEGG分析结果
ORA以fisher精确检验(一种超几何分布检验)为代表,需要目标基因集(对什么基因集进行富集分析),通常是差异基因,当然也可以是其他目标基因集,比如上期我们分享的时序分析聚类基因、多个组学联合筛选的候选基因集、WGCNA分析中关注的模块基因等等。右侧的工具介绍和常见问题对富集分析小工具的主要用途,使用方法以及结果解读做了详细的说明。富集柱状图展示的是差异基因在不同条目(通路)中的数目分布情况,通常以x轴表示该条目的数量,y轴表示富集条目,柱子的颜色表示显著性,用红蓝渐变色表示,颜色越红代表该条目越显著。原创 2024-04-24 16:10:19 · 872 阅读 · 0 评论 -
用Excel画差异代谢物和差异表达基因的共富集图
要记住每个都是对应的什么,比如我这张图里,粉色柱子代表基因,蓝色柱子代表代谢物,绿色虚线代表Pvalue=0.01,紫色虚线代表Pvalue=0.05。是转录组和代谢组整合分析的一项重要内容,一张好的图能方便读者阅览全部的富集结果和快速辨认关键的富集通路。按照2.3的步骤,设置主、次纵坐标的最大、最小值(设置为最大值的负数)。Excel虽然日常且简单,但也包含诸多功能,一些基础的柱状图和折线图等都是可以完成的,分享此文和大家共勉学习。2.2 删掉图表标题,去掉方格线,暂时去掉图例,将图的高度和宽度拉大。原创 2024-04-03 10:43:21 · 1065 阅读 · 0 评论 -
云平台教程 | 手把手教你绘制时序分析
通过分析基因在不同时间点上的表达水平变化,可以识别关键的调控因子和信号通路,深入探索基因调控的动态机制。membership指的是数据点属于每个聚类的程度,通常用一个0到1之间的值表示,表示该数据点与每个聚类中心的相似程度。在转录组数据分析过程中,我们最常做的是不同处理方式的样本之间的比较(Treated vs Control),这时候我们采用“DEG分析+pathway分析”的方式就可基本完成对数据的分析,但有时会获得。等子模块,本着用户至上的理念,平台小工具将会持续更新维护,积极接受用户的反馈和意见。原创 2024-03-29 11:52:25 · 657 阅读 · 0 评论