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华中农业大学邓秀新院士团队通过两篇论文系统解析柑橘体细胞胚胎发生的分子机制。首篇（The Plant Journal 2024）发现转座子MITE插入激活FhRWP基因表达，揭示其通过染色质重塑调控无融合生殖与开花发育的多效性功能；次篇（New Phytologist 2026）阐明CitRWP作为新型先锋转录因子，通过开放染色质激活下游CsDAZ3基因驱动细胞重编程，首次串联体内珠心胚与离体体细胞胚的共享通路。研究为柑橘遗传改良和作物无融合生殖研究提供了关键靶点与技术体系。

本文介绍了利用DAP-seq结合RNA-seq研究植物转录因子调控网络的策略。相较于传统ChIP-seq，DAP-seq具有高通量、无需抗体、保留甲基化修饰等优势。研究思路包括：通过表型筛选关键转录因子，利用DAP-seq鉴定结合位点，结合RNA-seq差异基因锁定靶基因，最后通过Y1H、EMSA等实验验证。文章以石斛兰花青素调控为例，展示了该策略在解析DntMYB1调控花青素合成通路中的应用。该方案适合5分左右期刊发表，爱基百客可提供相关技术服务。

西南大学团队发现StRAP2.7a/b转录因子通过双通路调控马铃薯块茎形成：一方面促进反式玉米素（tZ）合成以抑制分枝负调控因子StBRC1A/B的表达，另一方面直接激活结薯核心基因StSP6A的转录。研究还揭示StCOL1通过与StRAP2.7a/b互作形成负反馈调控机制。该成果发表于《Journal of Agricultural and Food Chemistry》，为马铃薯高产育种提供了新靶点，研究中的DAP-seq技术由爱基百客提供支持。

本文系统介绍了ChIP-seq实验设计中关键对照体系与重复规划的要点。实验内对照包括Input（校正本底噪音）、IgG（排除非特异吸附）和阳性对照（验证实验体系）；实验外对照则根据不同研究目的设计处理方式、时间梯度、组织发育等样本间对照。生物学重复建议转录因子≥2次、组蛋白修饰≥3次。通过科学设置对照与重复，可有效降低假阳性，提高数据可靠性，为后续分析奠定基础。文章还列举了多个科研案例，展示了对照设计的实际应用价值。

转录因子（TF）结合位点图谱（cistrome）的解析对理解植物基因调控至关重要。综述探讨了植物cistrome研究的四大技术（ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag、DAP-seq），比较了其优劣及适用场景，并指出天然cistrome受TF剂量、染色质环境、辅因子和顺式元件结构的影响。强调需结合RNA-seq、ATAC-seq等多组学数据区分功能性结合位点，未来需整合单细胞和三维基因组技术以提升分辨率。该领域的发展将深化对植物发育、抗逆及性状调控机制的认识。

近期，重庆大学雷明星教授团队联合美国南加州大学钟正明院士团队、陆军军医大学烧伤研究所罗高兴教授团队在国际知名期刊Nature Communications发表研究论文。该研究以皮肤类器官为研究模型，整合了scRNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq、RNA-seq等多组学和分子功能实验，揭示了低氧如何驱动皮肤类器官从球状聚合体向平面化皮肤结构转变。

本文介绍了爱基百客CUT&Tag的详细信息，技术原理、适用对象、实验流程、分析流程、项目文章解读、项目经验和客户文章。

本文通过5篇文献案例展示了ATAC-seq与RNA-seq联合分析在植物抗逆研究中的应用价值。研究涉及辣椒耐涝、马铃薯抗旱耐盐、结缕草抗旱、月季耐热和巨桉耐冷等不同胁迫响应机制，揭示了染色质可及性与基因表达的动态关联。这些研究不仅鉴定了关键转录因子（如CaMYB96、RcHSF30等）及其调控网络，还阐明了植物通过激素信号、抗氧化防御等通路适应胁迫的分子机制。多组学联合分析为解析植物抗逆性提供了高效策略，有助于作物改良和育种工作。

DAP-seq技术通过体外表达带标签的转录因子蛋白，与基因组DNA文库结合后测序，解决了ChIP-seq对抗体和转基因体系的依赖问题。该技术特别适用于抗体缺乏、遗传操作困难或蛋白表达量低的体系，已成为植物转录因子研究的重要工具。三个真菌研究案例展示了DAP-seq的广泛应用：在指状青霉中解析风味物质代谢调控机制，在金针菇中揭示MAPK通路与疏水蛋白表达的关联，在尖孢镰刀菌中阐明全局调控因子的多效性功能。DAP-seq为难以满足ChIP-seq条件的转录因子研究提供了可靠替代方案。

转录因子ETV4在肝内胆管癌(ICC)中通过赖氨酸2-羟基异丁酰化修饰(ETV4K97-Khib)发挥促癌作用。该修饰由KAT2A/HDAC1动态调控，通过双重机制抑制TXNIP介导的铁死亡：一方面直接抑制TXNIP转录表达，另一方面上调ZBED1促进TXNIP的SUMO化降解。研究通过CUT&Tag、RNA-seq等技术证实，ETV4K97-Khib可促进ICC增殖、转移并赋予铁死亡抗性。此外，研究还筛选出靶向ETV4Khib的小分子药物硫链丝菌素(TST)，为ICC治疗提供了新策略。

面对日益庞大且复杂的基因组学研究需求，DAP-seq无疑是广大科研工作者深挖分子机制、提升课题深度与广度、冲击高水平学术期刊的核心利器。期待在未来的科研探索中，DAP-seq技术能为您的前沿突破插上强有力的翅膀。

在当前的基因表达调控研究中，许多科研人正面临一个显著的痛点：尽管通过DNA Pulldown、酵母单杂交等技术成功鉴定了靶基因上游的转录因子，或利用ChIP-seq、CUT&Tag、DAP-seq等手段精准锁定了转录因子的下游靶基因，但在获得这些关键的分子互作线索后，往往缺乏明确的后续研究思路。本期，我们介绍了验证类技术：ChIP-qPCR、双荧光素酶、酵母单杂和EMSA。

北京市农林科学院蔬菜所西瓜课题组在《New Phytologist》发表研究，揭示了miR159a-MYB33模块通过调控果胶降解酶PG活性影响西瓜花药开裂的分子机制。研究发现，Cl-miR159a过表达会抑制ClMYB33表达，导致花药开裂区细胞壁果胶降解受阻，从而引发雄性不育。通过DAP-seq和RNA-seq联合分析，证实ClMYB33直接调控ClPG1和ClQRT2基因表达，其中ClQRT2是调控花药开裂的关键因子。该研究为西瓜雄性不育机制提供了新见解，并为作物杂种优势利用提供了理论基础。

中国科学院植物研究所王利军团队研究发现葡萄耐热性调控新机制。研究揭示HSFA2-HSFB2a-WRKY10转录级联通路在葡萄耐热性中的关键作用：HSFA2激活HSFB2a，后者抑制WRKY10表达，从而解除WRKY10对耐热基因APX3和HSP18.1的抑制作用。研究还发现野生葡萄V.davidii的HSFB2a启动子活性显著高于栽培葡萄V.vinifera，这可能是其耐热性更强的重要原因。该成果为培育耐热葡萄品种提供了理论依据，发表在《Plant Physiology》期刊。

本文系统介绍了11个专业转录调控数据库工具，涵盖人类基因综合知识库Genecards、表观基因组数据平台ChIP-Atlas、转录因子结合位点预测库MotifMap等。这些数据库各具特色：TRANSFAC是转录因子领域的金标准数据库；GRNdb专注于单细胞基因调控网络；TransmiR研究转录因子与miRNA的调控关系；RiceTFtarget则是水稻专用的转录调控预测平台。每个数据库都详细说明了适用物种、网址链接和核心功能，为研究者提供了从基因表达调控到蛋白质-DNA相互作用分析的全面解决方案。

ChIP-seq实验关键问题解析 成功进行ChIP-seq实验需关注抗体选择、样本质量、前期验证及实验细节： 抗体选择：必须使用ChIP级别抗体，若无则推荐标签系统（如Flag/GFP）； 样本要求：探索性实验需1-2个样本，比较实验建议2-3个重复，运输需-80℃保存； 前期验证：通过WB确认抗体特异性及目标蛋白表达； 实验步骤：交联样本需充分清洗，超声片段化后浓度需≥20ng/μL； 富集评估：Input主峰应在100-500bp，IP片段较大，DNA浓度建议≥0.5ng/μL。 做好这些关键步骤可大幅

福建农林大学吴建国团队联合国际学者在《Cell》发表重要研究，揭示了独脚金内酯(SL)激素信号通路调控水稻抗病毒RNAi的新机制。研究发现SL通过激活转录因子MID1与ONAC131协同作用，上调RDR1/RDR6表达促进抗病毒小RNA产生。病毒P3蛋白通过占据SL受体D14结合界面抑制该通路，而基于冷冻电镜结构设计的D14D102N突变体可阻断P3干扰，使水稻在保持正常生长的同时获得抗病毒能力。该研究为作物抗病育种提供了新思路，爱基百客为研究提供了DAP-seq技术支持。

东北农业大学陈庆山团队发现大豆三螺旋转录因子GmGT-2F通过直接激活α-半乳糖苷酶基因GmAGAL的表达，显著提高种子油含量并改变脂肪酸组成。该研究整合RNA-seq和DAP-seq技术，揭示GmGT-2F通过增强GmAGAL的酶活性促进油脂积累，同时鉴定出其互作蛋白GmCYP2的抑制作用。通过对547份种质资源的单倍型分析，发现与高油含量相关的基因变异，为大豆分子育种提供了新靶点。

转录因子作为植物免疫反应中的“战时指挥官”，其功能远不止于单一基因的开关。从SlJIG调控次生代谢产物到MYC2介导的复杂级联反应，再到miR172a-SNB-MYB30模块揭示的表观遗传调控，上述案例清晰地勾勒出植物抗逆研究演进的轨迹：我们正从鉴定单个抗病基因的“单点突破”，迈向解析多蛋白复合体、多层级转录级联以及激素互作的“多维网络”时代。随着DAP-seq、CUT&Tag、ChIP-seq等组学技术的广泛应用，转录因子在基因组范围内的结合图谱正变得愈发清晰。

摘要：PNAS研究揭示拟南芥转录因子NLP7通过整合氮素和干旱信号通路，平衡植物生长与防御反应。研究发现氮素与干旱信号存在显著的基因拮抗关系，82%共调控基因受ABA主导。NLP7作为核心调控因子，在干旱条件下直接抑制ABA信号通路关键转录因子（如HB6、ABF4），影响气孔关闭和水分保持。多组学分析显示NLP7通过层级调控网络协调生长与胁迫响应，其突变体表现出增强的耐旱性。该研究为理解植物环境适应机制提供了新见解，并展示了从表型到分子机制的系统研究范式。

植物作为固着生物，无法逃避环境胁迫，因此进化出了复杂的调控机制来适应各种不利条件。在这些机制中，WRKY转录因子家族扮演了关键角色。WRKY转录因子不仅调控植物的生长发育，还在应对干旱、盐碱、高温、低温、病虫害等逆境胁迫中发挥重要作用。然而，植物在增强抗逆能力时往往会牺牲部分生长能力，这种“生长—防御权衡”现象是植物生存策略的核心问题之一。因此，深入研究WRKY转录因子在生长与抗逆之间的调控机制，不仅有助于理解植物如何适应复杂环境，还能为培育高产且抗逆性强的农作物提供理论基础，这对于全球粮食安全和农业可持续

近期，华中农业大学刘继红教授团队在期刊Plant Biotechnology Journal（IF=10.5)发表一项研究，通过DAP-seq和RNA-seq揭示了通过调控CiCAD7介导的桔皮素生物合成和CiGSTF6依赖的ROS清除来调节抗寒性，此外，CiWRKY27还与受其调控的CiRAP2.7蛋白相互作用，形成一个关键的抗寒调控模块。沉默CiRAP2.7的VIGS植株对低温更为敏感，表现为更严重的叶片萎蔫、更低的叶绿素荧光（Fv/Fm）以及更高的电解质渗漏和丙二醛含量（图9）。

总体而言，在实验证据支撑下，该研究系统描绘了荔枝DREB/ERF家族的结合图谱，揭示了复杂的转录调控网络，并为复杂基因组背景下，特别是DREB/ERF基因家族的转录因子研究提供了重要资源。解析转录因子的结合靶点，是构建基因调控网络的关键一步。纵观本期精选的五项前沿成果，无论是宜昌橙中CiWRKY27-CiRAP2.7协同抗寒模块的解析，还是葡萄TTC4单核苷酸多态性（SNP）介导的耐热性分化机制，亦或是荔枝和菊花中复杂的生长发育调控网络，DAP-seq技术都展现出了其在非模式植物研究中的重要作用。

此外，MYB3R1具有双重功能，可协调激活与抑制实现阶段特异性调控，R2R3-MYB（如AtMYB46）也参与周期与细胞壁合成基因的共调控，FLP/MYB88则通过抑制CDKB1限制气孔保卫细胞过度分裂。大量MYB蛋白已被证实在调控植物特有过程中发挥重要作用，包括初级和次级代谢的生物合成、细胞分裂与分化、植物发育、激素响应以及对生物和非生物胁迫的适应，因此可被视为普遍存在的转录因子。研究表明，MYB TFs作为关键的整合因子，精细调控植物对外部环境线索和内部激素信号的响应，从而调节植物的代谢和胁迫响应。

抗冷型等位基因HSF21Hap1的启动子区域存在的天然变异，可通过抑制碱性亮氨酸拉链蛋白bZIP68（冷敏感的负调控因子）的结合，从而在低温胁迫下提高HSF21的表达水平。综上所述，在近1-2年的研究中，转录因子作为植物非生物胁迫应答的核心调控元件，其从信号感知到基因表达的精细机制正日益清晰。它们作为信号通路末端的执行者，能够特异性地识别并结合到下游胁迫应答基因启动子区域的顺式作用元件上，通过激活或抑制这些基因的转录，从而在分子、细胞乃至整个植物体水平上启动广泛的生理生化适应性改变。

针对木瓜采后极易软化、1-MCP处理时长不当又会产生硬芯“橡胶质感”这一产业痛点，本研究以破色期果实为材料，设置无1-MCP处理、1-MCP 2h和1-MCP 16h三组，通过ATAC-seq与RNA-seq联合分析，系统解析染色质开放图谱与基因表达谱。将ATAC-seq差异peaks与RNA-seq差异表达基因（DEGs）交叉整合，锁定CpAGL18等MADS-box转录因子及CpACS1（乙烯合成）、CpSAUR32（生长素响应）等8个关键通路基因，其染色质开放度与转录水平呈正相关。

以“sna/MA0086.2/Jaspar(0.681)”为例，其含义是这个比对结果来自Jaspar数据库的sna转录因子，MA0086.2是Jaspar的编号，可通过这个具体编号找到对应sna-motif信息（当没有MA编号时，可以直接搜索转录因子的名称），0.681代表该denovo motif与这个sna-motif的序列相似打分。call peak： 将bam文件进行Peak检测，得到富集区域的信息，并进行Peak在基因功能元件的分布，最近基因寻找及motif预测。图1 DNA提取质控报告。

肠道是人体最大的外周免疫器官，其机械屏障功能与免疫密切相关。机械屏障由肠上皮细胞和紧密连接蛋白复合物组成，能够防止有害物质进入血液并增强肠道免疫力。然而，在炎症和创伤等病理状态下，肠道屏障完整性受损，通透性增加，导致有害物质进入体循环，免疫力下降。固有层是大量免疫细胞的聚集部位，活性物质（如多糖）在穿过机械屏障后可进入固有层发挥免疫活性......

本研究以黄瓜为对象，聚焦研究了光信号与激素调控侧芽萌发的分子机制。作者利用转录组、ChIP-seq、酵母杂交、双荧光素酶报告基因、EMSA等实验结合表型实验挖掘了“CsphyB-CsPIF4-CsBRC1-ABA”的调控网络......

爱基百客为该研究提供ChIP-seq的技术支持。

高作物产量需要充足的养分，特别是硝酸盐（N）和磷（P），因此确定小麦中有效利用氮-磷的调控因子至关重要。为了探究氮-磷之间的相互作用，作者分析了在不同氮-磷供应条件下的根系转录组，并鉴定出TaTCP6是一个潜在的调控因子。硝酸盐刺激的TaTCP6直接触发与氮利用相关基因的表达。TaTCP6与TaSPX1/4竞争以释放TaPHR2，并与TaPHR2相互作用，从而增强下游基因的转录活性。TaTCP6的双重作用使得TCP6-SPX-PHR2模块能够激活磷饥饿反应（PSR）基因。

在前期的文章中我们已经介绍了很多关于根据转录因子找到目标靶基因的方法，例如ChIP-seq，CUT&Tag，DAP-seq等，那么如何根据目标基因找到转录因子呢？今天我们就来介绍如何从预测到验证研究某个基因上结合的特定转录因子信息。

ChIP-seq揭示MbpR在植物乳杆菌中的独特调控机制，转录因子不止讲述promoter~

在肿瘤研究中，FOX（Forkhead Box）转录因子家族涉及多个成员，除了FOXO类和FOXK类蛋白，还有其他一些FOX转录因子（FOXM1、FOXP3、FOXA 类 (FOXA1, FOXA2, FOXA3)等）也受到研究者的关注。比如说FOX家族蛋白，它是一个转录因子大家族，它共享一个高度保守的100个氨基酸的DNA结合结构域（DBD），称为叉头结构域。转录因子是具有DNA结合域的蛋白质，它与启动子和/或增强子区域的特定DNA序列结合，并与其他辅助因子和RNA聚合酶II相互作用，调控靶基因的转录。

结果显示，在NC条件下，BrJMJ18Par(A345T)和BrJMJ18Par(C633Y)的去甲基化酶活性高于BrJMJ18PC，而BrJMJ18Par(F654L)和BrJMJ18Par(C633Y)/(F654L)表现出较低的活性（Fig.8）。在所有六个氨基酸突变中，T345A发生在已知的催化JmjC域，Y633C和L654F都位于DNA结合的Zf-C5HC2域和FYRN域之间的间隙，这在染色质相关蛋白中很常见。群体的进化历史，估计了一个共同祖先的分裂和随后的群体分化时间（Fig.1b）。

根据HEATSTER平台的分析进行鉴定、分类和特性描述（图1A），ZmHsf17的蛋白包括一个保守的DNA结合域（DBD）、寡聚化域（OD）、核定位信号（NLS）、核出口信号（NES）和芳香族、疏水性和酸性氨基酸（AHA）。GO富集分析揭示了与应激反应显著相关的生物过程（BP）术语，特别是那些涉及“对应激的反应”、“对化学物质的反应”、“对非生物的反应”和“对热的反应”（图6E）。通过脂质亚类的差异化散点图，观察到MGDG、PG和DGDG是主要上调的脂质，许多脂质组分的倍数变化超过2（图10B）。

一文教您如何进行DAP-seq的数据挖掘，筛选验证位点：从分析前思路→分析思路→如何筛选验证位点。

为了确定单个FOXK1 IDR对相分离的贡献，作者使用mEGFP-tagged质粒生成了三种肽:含有第一个IDR的肽（FOXK11-133），含有第二个IDR的肽（FOXK1210-303），以及含有第三和第四个IDR的肽（FOXK1415-733）。细胞内生物大分子，如蛋白质和核酸，通过LLPS的物理化学机制自组装成液体状凝聚物，它提供了基本上无膜的隔间、浓缩和分离的细胞成分，以实现一系列独特的生理功能，包括活细胞中的转录活动。然而，在纤维化肾脏的背景下，仍然缺乏支持TECs强劲糖酵解的直接证据。

结果显示，在4个含有纯合CsSEP22667T等位基因（长果实）的近等基因系中，CsCRC的表达水平显著高于含有纯合CsSEP22667A等位基因（短果实）的近等基因系（图6D），这与之前报道的CsCRC在果实长度变异中的积极作用一致。的显著转录抑制，而在CmSEP2HAP1和CmSEP2HAP2之间未检测到差异（图7D），这与CmSEP2HAP3中的果实长度长于CmSEP2HAP1和CmSEP2HAP2的表型数据相一致，表明只有C端中的7638G/A-SNP调节甜瓜中的果实长度（图7A-B）。

在利用大肠杆菌纯化的重组OsWRKY31-GST和UvSec117-His进行的pull-down实验中，OsWRKY31-GST被包被有UvSec117-His的His磁珠拉下（图1c）。1、DNA结合蛋白和基因表达调控：通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白（如转录因子）的结合位点，然后与转录组数据结合分析，可以获得转录因子直接调控的靶基因，为全面理解转录因子调控功能提供依据。基于DNA-蛋白质复合体在聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）中的迁移率不同，检测活化的与DNA结合的蛋白转录或调节因子。