生信分析进阶13 - 甲基化SNP-Calling和甲基化聚类Nextflow管道

1. 分析管道简介

EpiDiverse/snp是一个生物信息学分析管道，用于从亚硫酸氢盐测序数据中执行Calling SNP和聚类分析。

该工作流程使用samtools预处理来自EpiDiverse/WGBS管道的bam文件，然后使用自定义脚本掩蔽相对于参考的基因组和/或亚硫酸氢盐变异。然后将基因组比对reads提取成fastq格式，并使用kmer对聚类组进行kmer多样性测试。使用Freebayes和bcftools的Calling后过滤的变异位点，将亚硫酸氢盐掩蔽比对用于变异Calling。

2. nextflow和JAVA安装

nextflow安装文档： https://www.nextflow.io/docs/latest/install.html

sdkman安装文档： https://sdkman.io/install/

############## nextflow安装 #################
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