R语言（ggplot2）画KEGG信号通路气泡图

MurphyStar

已于 2023-09-11 14:35:14 修改

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文章标签： r语言开发语言

于 2023-03-21 11:18:33 首次发布

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文章介绍了如何使用R语言的ggplot2包来绘制KEGG信号通路的气泡图。首先，需要将数据处理成特定格式并保存为Excel文件，然后使用openxlsx包读取数据。接着，通过ggplot2进行数据可视化，以EnrichmentScore为横坐标，Term为纵坐标，点的大小表示Count，颜色表示pValue。最后，通过coord_fixed调整比例以优化图形展示。

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R语言（ggplot2）画KEGG信号通路气泡图

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个综合性的生物信息学数据库，其中包含了有关基因、蛋白质、代谢途径和信号通路的详细信息。KEGG信号通路是KEGG数据库中的一部分，提供了有关生物体内分子间相互作用、信号传导和代谢途径的信息。

1. KEGG信号通路的数据表be like⬇

需要将原始数据处理成至少包含Term\Count\pValue\EnrichmentScore四列的数据处理，上述还经过了对Count降序排序，最终保存为Excel数据，通过R语言中的openxlsx程序包来读取该数据。

2. R语言ggplot2画气泡图

ggplot2 是一种用于数据可视化的R语言包，它提供了一种高度灵活和强大的方法来创建各种类型的图表和图形。ggplot2 是 Hadley Wickham 开发的，它基于“图形语法”理念，允许用户通过构建图层来轻松地控制图形的各个方面。以下是用ggplot2处理KEGG数据绘制气泡图的步骤。

2.1 R code

#修改工作路径(win下的路径使用“\\”)
setwd("C:\\Users\\Lin\\KEGG-plot")

#读入Excel数据
library(openxlsx)
data_kegg<-read.xlsx("up-KEGG.xlsx",sheet = 1)

#查看数据列名
colnames(data_kegg)
dim(data_kegg)

#ggplot2画气泡图，修改横坐标的名称为“Enrichment Score”，scale_color_gradient设置蓝红配色
library(ggplot2)
ggplot(data_kegg,aes(x=EnrichmentScore,y=Term))+geom_point(aes(size=Count,color=pValue))+theme_bw()+labs(y="",x="Enrichment Score")+ scale_color_gradient(low="blue",high="red")

#修改气泡图横向缩放度：coord_fixed(ratio=1/200)
ggplot(data_kegg,aes(x=EnrichmentScore,y=Term))\
+geom_point(aes(size=Count,color=pValue))\
+theme_bw()\
+labs(y="",x="Enrichment Score")\
+scale_color_gradient(low="blue",high="red")\
+coord_fixed(ratio=1/200)

3. 结果展示图

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