Nature|单细胞泛转录组揭示物种进化差异

       在禾本科植物中，不同的物种是平行进化的，例如玉米和高粱，本身就大约1200万年前有一个共同的祖先，不过后来通过一系列进化事件产生了如今性状和根系分泌物完全不同的两种物种。从而产生了各自独特的进化历史和特征，通过特有的细胞可以区分这些物种的关键性状。

       单细胞转录组测序（Single cell RNA sequencing，scRNA-seq）是在单细胞水平对转录组进行测序的一项新技术，可以研究单个细胞内的基因表达情况，同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题，让解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实。

       2023年5月，Nature发表了题为“A pan-grass transcriptome reveals patterns of cellular divergence in crops”的研究论文。主要对拟南芥、玉米、高粱、狗尾草共26个单细胞和部分单细胞核测序数据进行了深入分析。

1.原生质体vs抽核

       基于对拟南芥的单细胞和单核RNA测序数据进行比较，发现单细胞核转录组中虽然mRNA含量较低，但依然能够提供更完整的。通过物种间的细胞类型映射，在识别可靠的直系同源标记基因上敏感度也不错。认为是在难以构建原生质体情况下可以采取的补充手段。

       研究利用了之前在玉米、高粱和狗尾草的比较基因组序列，结合一系列生物信息学手段进行分析，揭示了三个物种中均有保守的15个转录因子和假定靶点。这些结果突出了比较细胞类型分析能够揭示跨物种保守细胞机制，并将特定基因与特定细胞功能联系起来。

图1. 单细胞和单细胞核转录组均能识别相同的标记，但表现出不同的敏感性

2.玉米进化过程中的WGD事件

        跨物种的单细胞分析为研究三个物种的同源细胞分化过程提供了机会。研究发现全基因组复制事件（WGD）提供了丰富的产生新基因的区域，有利于细胞类型的快速进化。

图2. 从玉米到高粱的细胞身份和基因重复分析

3.根粘液促进细胞进化

        为了更广泛地探索细胞差异，研究对整个转录组数据集进行检索，以确定玉米和高梁中哪些细胞类型变化最大。分析表明，在玉米和高粱中，与狗尾草相比，根冠、LRC、皮层亚集群2、内皮层、中柱鞘和中柱细胞比其他细胞类型差异更大。

        研究对根部与粘液合成有关的所有基因进行比较，发现高粱和狗尾草的皮层细胞表达模式相同，玉米和狗尾草的根冠细胞表达模式相同。

图3. 与Setaria相比，玉米细胞类型的差异

总结

        文章利用利用单细胞和单细胞核RNA测序在双子叶植物和单子叶植物中提供互补的细胞类型识别，证明了联合分析的必要性，同时展示利用单细胞技术快速生成泛转录组，以深入了解植物细胞类型进化，并提供新方法来探索重要作物物种遗传模块和细胞特征之间的联系。

参考文献

A pan-grass transcriptome reveals patterns of cellular divergence in crops. Nature ,2023