（一）外显子组数据分析之软件安装大全

软件安装

备注：一些常用，好安装的软件尽量自己手动安装，对于一些比较复杂的软件，可以用conda安装管理。此外，由于是刚刚使用的服务器，所以，需要安装许多基础软件。

## 安装conda
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
#更改镜像配置
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
#用conda安装软件
conda  create -n wes  python=2 bwa
conda info --envs
source activate wes
# 下载安装软件之前先搜索该软件名是否正确，地址：https://bioconda.github.io/recipes.html可以用search先进行检索
conda search sratools
# 保证所有的软件都是安装在 wes 这个环境下面
conda install sra-tools
conda install samtools
conda install -y bcftools vcftools  snpeff
conda install -y multiqc qualimap
#安装的samtools不能使用，输入samtools --version显示软件安装不正确
#重新手动编译samtools
#首先删除conda安装的samtools
conda uninstall samtools
## 退出conda环境
conda deactivate
#下载samtoolsa安装包
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.12/samtools-1.12.tar.bz2
ls
tar xvf samtools-1.12.tar.bz2 
#这个过程提示没有安装bzip包（由于是新的服务器，很多基础包都没有，因此，这个地方需要安装不少基础包）
#安装bzip2
yum -y install bzip2
#开始解压samtools包
tar xvf samtools-1.12.tar.bz2
cd samtools-1.12/
./configure --prefix=/opt/samtools1.2
#报错，显示缺少zlib包，安装zlib包
wget http://www.zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz
tar zxvf zlib-1.2.11.tar.gz 
cd zlib-1.2.11/
./configure 
make test
make install
继续安装其他缺少的包
sudo yuminstall bzip2-level
sudo yum install bzip2-devel
sudo yum install ncurses-libs
sudo yum install ncurses-devel
# 安装git
yum install -y git
#安装htslib
git clone https://github.com/samtools/htslib.git
autoheader
autoconf
./configure 
yum -y install xz-devel
#所有的辅助包安装好后（缺啥安啥）
#进入samtools所在文件夹，开始安装
cd mysoftware/samtools-1.12/
./configure #也可以为 ./configure --prefix=/opt/samtools
make
make prefix=/opt/samtools install
#添加环境变量
vim ~/.bashrc
#将samtools添加到环境变量中
export PATH=/opt/samtools/bin:$PATH

source ~/.bashrc
#查看samtools版本
samtools --version
#如果没有出错，samtools安装成功。
##安装Java
sudo yum install java-1.8.0-openjdk

##安装fastqc
wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip
unzip fastqc_v0.11.9.zip 
chmod 775 fastqc
./fastqc
##添加软链接
sudo ln -s /root/mysoftware/FastQC/fastqc /usr/local/bin/fastqc
#安装snpeff
conda search snpeff
conda install -y snpeff
##安装GATK
wget  https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.0.6.0/gatk-4.0.6.0.zip
unzip gatk-4.0.6.0.zip
cd gatk-4.0.6.0/
./gatk
##检检查是否可以运行
./gatk --help

软件安装完成，开始进行下一步工作，数据准备~~