单细胞分析涉及的各种数据类型

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分类专栏： 单细胞分析 文章标签： 生物信息学
于 2022-03-22 22:59:45 首次发布
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韩建刚（CAAS-UCD）
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单细胞测序数据整合
G2530051386的博客
06-16 8534
基于Seurat 联合harmony进行单细胞数据整合分析
一文了解单细胞RNA测序的可视化与统计分析如何更简单高效
JMP数据分析的博客
04-13 1521
单细胞RNA测序（scRNA-seq）的出现为探索单细胞水平的基因表达谱提供了前所未有的机会。目前，scRNA-seq已成为研究细胞异质性的关键生物学问题（尤其是在肿瘤学和免疫学研究中）的首选。然而，由于它的高维、稀疏性、跨细胞群体的异质性、技术噪音以及缺乏可重复性，它在数据可视化和统计分析方面提出了新的挑战。 基于下一代测序的基因组学，转录组学和表观基因组学技术现在越来越关注于单个细胞的表征。例如，单细胞RNA测序（scRNA-seq）可以在细胞水平上全面表征转录变化，并有助于更好地了解单个细胞在其微环境
单细胞数据高级分析之构建成熟路径 | Identifying a maturation trajectory
weixin_33797791的博客
06-22 188
其实就是另一种形式的打分。  个人点评这种方法： 这篇文章发表在nature上，有点奇怪，个人感觉创新性和重要性还不够格，工具很多，但是本文基本都是自己开发的算法（毕竟satji就是搞统计出身的）。 但是仔细看了代码之后，发现这些方法确实是有点artificial！ 而且算法原创性不高，多半是基于现有的一些工具的二次开发。 Identifying a maturation traject...
单细胞数据高级分析之初步降维和聚类 | Dimensionality reduction | Clustering
weixin_34064653的博客
05-28 3144
个人的一些碎碎念： 聚类，直觉就能想到kmeans聚类，另外还有一个hierarchical clustering，但是单细胞里面都用得不多，为什么？印象中只有一个scoring model是用kmean进行粗聚类。（10x就是先做PCA，再用kmeans聚类的） 鉴于单细胞的教程很多，也有不下于10种针对单细胞的聚类方法了。 降维往往是和聚类在一起的，所以似乎有点难以区分。 PCA到底是...
单细胞分析（四）——数据读入
lijianpeng0302的博客
06-11 2320
在10X Genomics的单细胞测序中，每一个细胞都被分配一个唯一的barcode，用于标记该细胞所产生的所有reads。在10X Genomics的分析流程中，feature的信息可以通过基因或转录本的参考基因组或转录组进行获取。用户可以通过提供自己的参考基因组或转录组等方式，来获得更具有自定义性的feature信息，从而实现更加精细化的分析。要做单细胞分析，尤其是从公司拿回数据，或者从公共数据库下载的数据，看起来眼花缭乱的分析结果，首先第一步就是要把数据先读入，才能有后续的结果和分析。
2020常用单细胞数据库汇总
leroylee7的博客
11-10 1万+
今天总结一下收录有单细胞发表数据的数据库吧，可以帮助大家减少看文献的负担。 1.PanglaoDB 以上是该单细胞数据库的界面，左边有不同的检索方式，右面是对该数据库的大致介绍。该数据库的物种虽然只有人和小鼠，Tissue的种类和数目却有很多；我常用的是下载tissue数据，比如我现在要下载10X小鼠肺脏的rawdata文件，操作如下： 首先点击sample： 分别对species，protocol进行选择，然后找到Lung，点击SRA序列号即可进入rawdata下载目录： ...
harmonyos2-Augur:单细胞数据中的细胞类型优先级
07-01
包，用于对高维单细胞数据中的实验扰动响应中涉及的细胞类型进行优先级排序。 Augur 背后的直觉是，在分子测量空间中，对给定实验刺激产生深刻React的细胞比不受刺激影响的细胞更容易分离。 Augur 通过询问与每个...
scRNAseq-AML:急性髓细胞白血病数据集的单细胞分析
04-08
在生物信息学领域，单细胞RNA测序（scRNAseq）技术已经成为研究细胞异质性和理解复杂组织功能的重要工具。本项目"scRNAseq-AML"专注于急性髓细胞白血病（Acute Myeloid Leukemia，AML）的数据集分析，通过scRNAseq...
单细胞转录组数据分析
最新发布
07-27
单细胞转录组数据分析是一种生物信息学技术，用于研究单个细胞的基因表达模式。当对大量单个细胞的RNA分子进行测序时，会产生大量的转录本数据。这项分析涉及以下几个关键步骤： 1. **质量控制**：首先检查测序数据...
GEO数据库中单细胞测序数据下载
XIUXIU179的博客
10-30 2万+
首先GEO数据库是收集基因表达的数据库 一般高通量测序文章发表时会将原始数据上传至GEO数据库并在文章中提供GSE 号，如果想对某些文章的数据进行在分析，可以在GEO数据库搜索文章中的GSE号。 用户提供的原始数据有3种：Platform,Sample和Series。GEO数据库整理后的数据分为：数据集（datasets）和表达谱（profiles）。GEO数据库具体存放四类数据：GDS、GSE、GSM、和GPL。GDS号（GDSxxx）对应的一个同一平台的数据...
单细胞多组学数据介绍①——甲基化数据
weixin_46383931的博客
08-24 2650
单细胞多组学数据介绍1一、甲基化数据格式介绍二、分析方法met：1./QC/: 质量控制2. /differential/：胚层之间的差异分析3. /dimensionality_reduction/：降维4. /distributions/：绘制全基因组分布5. /stats/：全局统计功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不
手把手教你做单细胞测序数据分析（六）——组间差异分析及可视化
weixin_47195452的博客
07-19 1万+
在前面的课程中我们已经进行过“”、“”、“”等内容的学习，相信大家现在已经能够对单细胞测序数据分析流程及Seurat对象的基本结构拥有了一定的了解。这一讲主要带领大家进行组间差异的计算及可视化方法的学习，这部分内容能够帮助科研工作者直接证明该数据集的前期试验设计，从前期枯燥的数据预处理走向文章中的Figure！（B站同步播出，先看一遍视频再跟着代码一起操作，建议每个视频至少看三遍）代码：测试数据与。
scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程（数据格式和处理）（四）
m0_72224305的博客
10-05 4411
scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程（数据格式和处理）（四）
手把手教你做单细胞测序数据分析
weixin_45822007的博客
05-17 1147
搜索“基因组Genome”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech/单细胞测序近几年相当热门，这个技术能让我们获取每个测的细胞的转录组信息，但问题是单细胞测序相当大的数据量给后续的数据分析带来了不少挑战。为解决这一难题，深圳微科盟公司旗下《基因组Genome》公众号联合《Biomamba 生信基地 》公众号共同推广免费单细胞转录组测序分析视频课程。视频课程...
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）
悟道西方
04-22 1551
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（一） Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二） 收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享 生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得 - 限时免费 scRNA-seq原始数据加工 FastQC 得到单细胞RNA-seq测序数据后，首先检查测序reads的质量。为了完成这个任务，我们使用的工具是FastQC。Fa...
IaaS、PaaS、SaaS、CaaS、MaaS五者的区别_云计算概念大全
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纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行
08-08 5万+
云计算构架图           很明显，这五者之间主要的区别在于第一个单词，而aaS都是as-a-service（即服务）的意思，这五个模式都是近年来兴起的，且这五者都是云计算的落地产品，所以我们先来了解一下云计算是什么。   1、云计算是什么 云计算（cloud computing）是基于互联网的相关服务的增加、使用和交付模式，通常涉及通过互联网来提供动态易扩展且经常是虚拟
单细胞分析：数据整合（九）
冷冻工厂
11-20 3196
导读 本文将学习跨条件执行单细胞整合，以识别彼此相似的细胞。 1. 目标 跨条件对齐相同的细胞类型。 2. 挑战 对齐相似细胞类型的细胞，这样就不会因为样本、条件、模式或批次之间的差异而在后续分析中进行聚类。 3. 推荐 建议先不整合分析，再决定是否进行整合。 4. 整合与否 通常，在决定是否需要执行任何对齐之前，我们总是在没有整合的情况下查看聚类。不要仅仅认为可能存在差异而总是先执行整合，探索数据。如果在 Seurat 对象中同时对两种条件进行归一化并可视化细胞之间的相似性，会看到特定条件的聚类情况：
单细胞测序学习笔记（一）——细胞聚类和鉴定
weixin_63756017的博客
02-24 9713
使用的是10X Genomics 5k Peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from a healthy donor (v3 chemistry) Single Cell Gene Expression Dataset by Cell Ranger 3.0.2 的数据 1.保持好习惯，先清空一下环境 rm(list = ls()) 2. 读取下载的数据，文件夹中包括三个文件：1. barcodes.tsv 2. features.tsv ...
单细胞分析概览
白景屹的博客
04-30 3167
目录前置内容前提概念：细胞，基因，蛋白质的关系Alpha fold中的PAE单细胞数据上游来源质量控制去除细胞效应和基因效应 单细胞分析是重要的，应用：癌症研究，发育生物学，免疫学 前置内容 前提概念：细胞，基因，蛋白质的关系 蛋白质与多肽的区别在于它们的结构、功能和内涵不同。 多肽指的是，多个氨基酸脱水缩合形成的线性氨基酸链。 蛋白质，可能只具有一条多肽链，也可能是由多条多肽链构成。 蛋白质是由氨基酸（分子中具有氨基和羧基的一类有机化合物）构成的生物大分子； 基因：是遗传的基本单元，是携带遗传信息的DN
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