基因差异表达分析——基于RSEM对比，DESeq2操作实例

以下操作全部基于R中的DESeq2函数包

使用DESeq2的两点要求：

1. DEseq2要求输入数据是由整数组成的矩阵。
2. DESeq2要求矩阵是没有标准化的。

下面是基本流程：

一、准备工作：
确定工作路径，以确保上传文件时无误

getwd()  #显示当前工作目录
setwd()  #设置工作目录

操作实例：

> getwd()
[1] "C:/Users/Larkin/Documents"
> setwd("C:/Users/Larkin/Desktop")
> getwd()
[1] "C:/Users/Larkin/Desktop"

二、数据上传及初步求整和整理

database <- read.table(file = "文件路径", sep = "\t", header = T, row.names = 1)	 #上传文件时，文件路径一定用“/”
database <- round(as.matrix(database))  #使用“round”函数，对数据求整；as.matrix()可将table转为matrix格式

其中，read.table() 函数中
参数sep = “\t"代表上传文件中将每列分隔的分隔符为”;”
参数header = T 代表上传文件中第一行的列数比其余行列数少一（header = F 代表所有行的列数都一样）
参数row.names = 1 代表将每一行以第一列中元素命名。

操作实例：

> database <- read.table(file = "C:/Users/Larkin/Desktop/48h.matrix", sep = "\t", header = T, row.names = 1)

得到下表：