全原子 MD 结合自适应采样技术揭示 Hsp70 构象循环突变的分子机制

本期介绍的文章是发表在J. Phys. Chem. B 上的，标题为：
“Exploring Mutation-Driven Changes in the ATP-ADP Conformational Cycle of Human Hsp70 by All-Atom MD Adaptive Sampling”

原文链接：
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.4c03603

本文通过全原子分子动力学（MD）模拟和自适应采样技术，研究了人类热休克蛋白 70（Hsp70） 中 ATP-ADP 构象循环的突变驱动变化。Hsp70 在细胞内负责协助蛋白折叠和防止聚集，其功能受 ATP 紧密调节。文章通过对野生型和 “变构受损” 突变体的研究，揭示了核苷酸交换对 Hsp70 结构和动力学的影响，为基于结构的药物设计提供了重要依据。

1. 作者信息

• • Silvia Rinaldi： 第一作者/通讯作者。意大利国家研究委员会有机金属化合物化学研究所（ICCOM），研究方向为利用计算化学方法研究生物分子的结构和功能，尤其是分子伴侣的变构机制，以及基于结构的药物设计。

• • Giulia Morra： 通讯作者。意大利国家研究委员会化学科学与技术研究所（SCITEC），研究方向聚焦于生物分子的动态行为和变构调节机制，运用分子动力学模拟等手段为药物研发提供结构基础。

2. 拟解决的问题

• • 阐明真核生物 Hsp70 同工型与细菌同源物 DnaK 在序列变异上的机制影响，尤其是在设计物种或同工型选择性 Hsp70 药物方面。

• • 探究人类 Hsp70 蛋白在 ATP-ADP 交换时的构象动力学变化，明确变构调节的分子机制和关键位点。

3. 用到的方法

• • 同源建模和分子动力学模拟： 利用 NCBI Protein Blast 选择模板，通过 MODELLER 软件进行 HSPA1 序列同源建模。使用 AMBER16 软件包和 AMBER ff99SB 力场进行 MD 模拟，模拟体系包含或不包含 NRLLLTG 肽。

• • 聚类分析： 对特定 loop 区域和 linker 进行聚类分析，研究其构象变化。
  距离波动和局部波动分析：计算距离波动（DF）和局部灵活性（LF），分析蛋白内部动力学与构象重排的关系。

• • 氢键和盐桥网络分析： 使用 VMD 插件分析 loop 之间以及与 linker 和 SBD 结构域原子间的氢键和盐桥。

• • tICA 分析和 MSM 构建： 运用 tICA 进行降维，构建马尔可夫状态模型（MSM），以探究构象动力学和最可能的构象转变路径。

4. 主要发现

• • ATP 促进更广泛的构象探索： ATP 结合使 Hsp70 在两个结构域界面处探索更大的构象空间，诱导蛋白从初始结构的局部最小值中逃逸并采取线性构象。

• • 突变影响局部动力学调制： Y149W 突变体部分模拟了 MKT-077 抑制剂的结合作用，限制了 NBD 中 lobe I 和 lobe II 的运动，改变了 ATP-ADP 交换诱导的局部动力学变化，影响了变构信号的传递。

• • ATP 激活 linker 并调节结构域相互作用： ATP-ADP 交换导致 linker 构象发生变化，涉及 Gln389、Asp390 等残基，影响 NBD 和 SBD 之间的相互作用；而 Y149W 突变体中，ATP 与 ADP 的交换不会引发 linker 的显著构象变化。

• • 部分 SBD 对接模型： 通过 tICA 降维和 MSM 分析，模拟了野生型 ATP 结合系统从初始未对接结构到部分对接状态的构象演化，确定了相关的中间结构状态和结构描述符的变化。

5. 数据获取

结构模型、拓扑文件和起始结构可在https://github.com/giuliamorra/Hsp70获取。

6. 总结

为人类应激诱导型 Hsp70 提供了与动力学相关的假定状态的高分辨率集合，揭示了不同核苷酸状态下构象动力学的差异，为识别新的变构位点和优化现有小分子变构调节剂提供了结构基础，有助于开发针对 Hsp70 相关疾病（如神经退行性疾病和癌症）的治疗药物。