epitope3D: 精准预测蛋白表面的“抗原决定簇”

构象型B细胞表位（conformational B-cell epitope）是指抗原蛋白三维结构中，由空间上靠近但在氨基酸序列上不连续的一组氨基酸残基组成的抗原决定簇。简单来说，这些表位不是由蛋白质序列中一段连续的氨基酸组成，而是蛋白折叠后空间相邻的不同片段共同形成的区域。

epitope3D针对传统方法难以准确识别构象型B细胞表位的问题，提出了一种基于图结构特征的机器学习方法。构象型表位依赖蛋白质的三维空间结构，其非连续的氨基酸残基组合使得预测复杂且具有挑战性。epitope3D通过将蛋白质表位区域建模为图，并提取节点间的空间距离模式，捕捉关键的三维结构信息，从而提升了表位识别的准确性和泛化能力。

网站地址

https://biosig.lab.uq.edu.au/epitope3d/prediction

网站主页

如上图所示，任务提交页面很简洁，可以支持用户上传本地的pdb文件(所研究的抗原蛋白)，也可以直接输入pdb id。

结果展示

如下图所示，展示了所预测出的所有可能的抗原表位残基。

继续向下滑动，能看到三维交互页面：

点击Show all Epitopes展示所有的抗原表位残基。

按照上图所示可以下载预测的结果。

参考文献：
da Silva BM, Myung Y, Ascher DB, Pires DEV. epitope3D: a machine learning method for conformational B-cell epitope prediction. Brief Bioinform. 2022;23(1):bbab423. doi:10.1093/bib/bbab423.