CUT&Tag-蛋白质-DNA互作关系研究的新工具

CUT&Tag是一种新型的蛋白质-DNA互作研究方法,相较于ChIP-Seq,它提供了一种更简单、低起始量的实验流程,尤其适合无ChIP级别抗体的蛋白研究。该技术具有样品需求量低、操作简便、信噪比高等优势,广泛应用于哺乳动物细胞的蛋白-DNA互作研究,以及转录因子和组蛋白修饰的定位研究。
摘要由CSDN通过智能技术生成

ChIP-Seq相信很多老师已经很熟悉了,然而在做ChIP-Seq实验时,甲醛交联的效果,抗体的选择,超声的效果等因素都很大地影响了实验的成功率,您是否也在为此苦恼呢?下面派森诺生物就带大家了解一下ChIP-Seq的“升级版”- CUT&Tag,相较于传统的ChIP-Seq, CUT&Tag将繁复的ChIP-Seq变成更为便捷简单的操作,为研究DNA-蛋白质相互作用提供了更为有效的工具。

1.CUT&Tag 是什么?

CUT&Tag 是蛋白质-DNA 互作关系研究的新方法,能在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段,是新一代超微量ChIP-Seq技术,适用于无ChIP级别抗体的蛋白研究。CUT&Tag 有望将蛋白与染色质 DNA 互作的研究变成了一种类似 PCR 反应的常规操作,对基因调控、表观遗传等领域的研究具有重要的意义。

2.CUT&Tag的流程?

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① 收集细胞;

②分别孵育一抗和二抗;

③孵育pA/pG-Tn5转座子(HyperactivepA/pG-Tn5 Transposon);

④激活转座子,进行DNA片段化;

⑤DNA提取;

⑥文库扩增与纯化。

3.CUT&Tag 技术的基本原理?

在抗体引导下,ChiTag 酶仅在目的组蛋白修饰标志、或转录因子、或染色质调控蛋白结合染色质的局部进行目的 DNA 的片段化的同时添加测序接头࿰

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### 回答1: ChIP-seq(Chromatin Immunoprecipitation sequencing)是一种用于研究基因组上转录因子和其他蛋白质DNA互作用的方法。它通过先对特定蛋白质DNA的结合位点进行免疫沉淀,再对沉淀下来的DNA片段进行测序来确定该蛋白质结合的基因位点。 CUT(Chromatin Uptake Test)是一种用于评估基因组上DNA片段与转录因子结合位点的灵敏度和特异性的方法。它通过将转录因子和指定的DNA片段混合,再检测该片段与转录因子的结合情况,来评估该片段是否是有效的转录因子结合位点。 ### 回答2: &RUN和CUT&RUN。 ChIP-seq (染色质免疫共沉淀测序)是一种广泛应用于研究DNA蛋白质互作用的技术。它通过特定抗体选择性地富集感兴趣的染色质区域,然后将富集的DNA进行测序,从而揭示DNA上与特定蛋白质的结合位点。这种技术常用于研究转录因子结合位点、组蛋白修饰和表观遗传学等领域。ChIP-seq技术的发展使得我们能够全面了解基因组中与蛋白质结合相关的生物学事件。 CUT&RUN (在位关联与次世代测序)是一种近年来涌现的技术,用于研究蛋白质DNA互作用。CUT&RUN利用转录因子结合的DNA线索,将固定在细胞核中蛋白质DNA复合物释放,并以线粒体在胞浆液相中的镍作为固定荧光探针依赖式的。”CLEUR-inatableCLEUR发发挥增长实际形态用聚合物精确分子一次性直到整个复习常常经历。这种华丽奇妙的结果将DNA定点修复到某些酶反应的消息。 ChIP-seq和CUT&RUN都是现代生命科学中常用的技术,用于揭示蛋白质DNA互作用引发的生物学进程。虽然它们基本原理不同,但这两种技术的应用领域有许多重叠之处。使用这些技术,科学家可以研究基因组中特定区域的结构和功能,从而深入理解遗传和表观遗传学机制。 ### 回答3: &Tag=biotech.chapter.peak.finding and differential binding analysis ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)和CUT(染色质核苷酸可及性测序)是两种在研究染色质调控方面广泛使用的测序技术。 ChIP-seq是通过免疫沉淀染色质中特定蛋白质结合的DNA片段,并使用高通量测序技术对其进行测序。这种技术可以用来研究蛋白质与特定基因座的相互作用,从而帮助我们了解基因调控的分子机制。通过ChIP-seq,我们可以鉴定蛋白质结合位点的位置,进而确定哪些区域与基因表达相关。此外,ChIP-seq还可以用于研究转录因子的结合位点、组蛋白修饰和染色质重塑等过程。 CUT是一种用于研究染色质核苷酸可及性的测序技术。通过CUT技术,可以高通量测定染色质中DNA的特定区域是否处于开放的染色质结构。开放的染色质结构通常与基因的转录活性相关。CUT可以通过抑制DNA甲基化酶或降低染色质的凝结程度来确定染色质核苷酸的可及性。CUT技术还可以用于研究染色质可及性与某些疾病和发育过程之间的关联。 总而言之,ChIP-seq和CUT是两种重要的染色质测序技术,可以帮助我们揭示染色质调控的分子机制。ChIP-seq可以鉴定蛋白质结合位点,而CUT可以测定染色质核苷酸的可及性。这些技术的应用有助于我们进一步了解基因调控、转录因子结合、染色质修饰和疾病发生等过程。
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