ChIP-seq or CUT&Tag，谁能hold住蛋白质与DNA互作主战场？

最新推荐文章于 2024-12-20 15:07:00 发布

爱基百客

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分类专栏： CUT&Tag ChIP-seq 文章标签：表观遗传学 ChIP-seq 转录因子 cut tag 转录调控

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DNA与蛋白质的相互作用作为表观遗传学中的一个重要领域，对理解基因表达调控、DNA复制与修复、表观遗传修饰（组蛋白修饰）及染色质结构等基本生命过程至关重要。

自1983年James Broach首次公布染色质免疫共沉淀（ChIP）技术以来，这一技术迅速成为了生物学研究中的一个重要工具。ChIP-seq（Chromatin Immunoprecipitation with highthroughput sequencing）结合了染色质免疫沉淀和高通量测序技术，通过甲醛交联、染色质处理、抗体富集、目标片段建库、测序和分析等过程，可以获得蛋白质-DNA相互作用的全局视图，一跃成为该领域研究的“金标准”技术。

传统的ChIP-seq存在操作技术难度大，细胞需求量大，背景噪音等问题，科研人员致力于开发新的技术来简化实验流程提高检测灵敏性和特异性。2019年，Steven Henikoff团队创新性地利用刀豆蛋白A（ConA）包被的磁珠吸附细胞，并用洋地黄皂苷在细胞膜上“打孔”，在抗体引导下通过改良的pA-Tn5转座酶对目的蛋白附近的DNA 进行片段化并引入接头序列，然后PCR扩增获得测序文库，CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）技术应运而生。同为研究DNA与蛋白质互作的高通量测序技术，到底哪个更胜一筹？

首先，我们对比下ChIP-seq 和 CUT&Tag的实验原理：作为捕捉蛋白质-DNA复合物的核心关键，两种技术都依赖于特异性抗体来识别并结合目标蛋白质并对最终捕获的DNA进行二代文库构建。但ChIP-seq的方式为通过甲醛交联，染色质片段化，免疫共沉淀和解交联纯化DNA构建小片段文库。而CUT&Tag则是抗体入核孵育后通过改造后的pA(/G)-Tn5转座体直接完成切割并保留建库接头，通过PCR扩增完成文库构建。